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万見
- EMDB-5795: Helical reconstruction of hREGIIIalpha filaments on vesicles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5795
タイトルHelical reconstruction of hREGIIIalpha filaments on vesicles
マップデータHelical reconstruction of hREGIIIalpha filaments on vesicles
試料
  • 試料: hREGIIIalpha filament
  • タンパク質・ペプチド: RegIIIalpha
キーワードC-type lectin / membrane permeabilization / pore formation / hexameric pore / innate immunity / bactericidal toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of detection of glucose / response to symbiotic bacterium / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of inflammatory response to wounding / negative regulation of keratinocyte differentiation / oligosaccharide binding / peptidoglycan binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Antimicrobial peptides / positive regulation of wound healing ...positive regulation of detection of glucose / response to symbiotic bacterium / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of inflammatory response to wounding / negative regulation of keratinocyte differentiation / oligosaccharide binding / peptidoglycan binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Antimicrobial peptides / positive regulation of wound healing / acute-phase response / hormone activity / response to peptide hormone / negative regulation of inflammatory response / response to wounding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / signaling receptor activity / carbohydrate binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Regenerating islet-derived protein 3-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Mukherjee S / Zheng H / Derebe M / Callenberg K / Partch CL / Rollins D / Propheter DC / Rizo J / Grabe M / Jiang Q-X / Hooper LV
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Antibacterial membrane attack by a pore-forming intestinal C-type lectin.
著者: Sohini Mukherjee / Hui Zheng / Mehabaw G Derebe / Keith M Callenberg / Carrie L Partch / Darcy Rollins / Daniel C Propheter / Josep Rizo / Michael Grabe / Qiu-Xing Jiang / Lora V Hooper /
要旨: Human body-surface epithelia coexist in close association with complex bacterial communities and are protected by a variety of antibacterial proteins. C-type lectins of the RegIII family are ...Human body-surface epithelia coexist in close association with complex bacterial communities and are protected by a variety of antibacterial proteins. C-type lectins of the RegIII family are bactericidal proteins that limit direct contact between bacteria and the intestinal epithelium and thus promote tolerance to the intestinal microbiota. RegIII lectins recognize their bacterial targets by binding peptidoglycan carbohydrate, but the mechanism by which they kill bacteria is unknown. Here we elucidate the mechanistic basis for RegIII bactericidal activity. We show that human RegIIIα (also known as HIP/PAP) binds membrane phospholipids and kills bacteria by forming a hexameric membrane-permeabilizing oligomeric pore. We derive a three-dimensional model of the RegIIIα pore by docking the RegIIIα crystal structure into a cryo-electron microscopic map of the pore complex, and show that the model accords with experimentally determined properties of the pore. Lipopolysaccharide inhibits RegIIIα pore-forming activity, explaining why RegIIIα is bactericidal for Gram-positive but not Gram-negative bacteria. Our findings identify C-type lectins as mediators of membrane attack in the mucosal immune system, and provide detailed insight into an antibacterial mechanism that promotes mutualism with the resident microbiota.
履歴
登録2013年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月27日-
マップ公開2013年11月27日-
更新2013年12月25日-
現状2013年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5795_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical reconstruction of hREGIIIalpha filaments on vesicles
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.26 Å/pix.
x 160 pix.
= 361.6 Å		2.26 Å/pix.
x 100 pix.
= 226. Å		2.26 Å/pix.
x 100 pix.
= 226. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.26 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-2.15929651 - 2.73892903
平均 (標準偏差)-0.00271109 (±0.24077381)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100160
Spacing100100160
セルA: 226.0 Å / B: 226.0 Å / C: 361.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.262.262.26
M x/y/z100100160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z226.000226.000361.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100160
D min/max/mean-2.1592.739-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : hREGIIIalpha filament

全体名称: hREGIIIalpha filament
要素
  • 試料: hREGIIIalpha filament
  • タンパク質・ペプチド: RegIIIalpha

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超分子 #1000: hREGIIIalpha filament

超分子名称: hREGIIIalpha filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Three-stranded helix / Number unique components: 1
分子量実験値: 732 MDa / 理論値: 880 MDa / 手法: Calculated from sequence

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分子 #1: RegIIIalpha

分子名称: RegIIIalpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HIP/PAP
詳細: The purified protein was incubated with lipid vesicles to form the filaments.
コピー数: 1 / 集合状態: monomer in solution / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Intestine / 細胞: Enterocyte
分子量実験値: 15 KDa / 理論値: 15 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21DE3-RIPL / 組換プラスミド: pET3a
配列UniProtKB: Regenerating islet-derived protein 3-alpha

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 5.5 / 詳細: 10 mM MES, 25 mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 200 mesh holey copper grids were covered with a layer of ultra-thin carbon film (1-3 nm) from the carbon side and were glow-discharged in a Denton Vacuum DV-502A instrument ...詳細: Quantifoil R2/2 200 mesh holey copper grids were covered with a layer of ultra-thin carbon film (1-3 nm) from the carbon side and were glow-discharged in a Denton Vacuum DV-502A instrument with a 35 mA current for 60 s in amylamine atmosphere.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92 % / チャンバー内温度: 95.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Blot for 2 seconds before plunging into liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 93 K / 最高: 103 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 60,000x magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 35.0 eV
日付2010年12月27日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 75 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: The Zeiss SCAI scanner can handle six 4 x 5 inches Kodak SO-163 films at one time, so only films with no obvious drift or astigmatism were scanned.
Od range: 1.5 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 61950 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細IHRSR method was used. We could not determine handedness from tilt pairs as our microscope did not allow stable high-quality data collection.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 18.52 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 54.21 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider
詳細: Final data were calculated from three separate datasets from three sessions of data collection.
CTF補正詳細: Each filament

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4mth


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera, Situs
詳細The docking of one X-ray model into a segmented map corresponding to one subunit was first done manually in Chimera, and then optimized using Situs.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 20.76 / 当てはまり具合の基準: cross-correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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