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- EMDB-5720: Structure of the Yersinia enterocolitica secretin YscC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5720
タイトルStructure of the Yersinia enterocolitica secretin YscC
マップデータReconstruction of YscC secretin
試料
  • 試料: YscC secretin from Yersinia enterocolitica
  • タンパク質・ペプチド: YscC secretin
キーワードtype III secretion system / Yersinia enterocolitica / Gram-negative bacteria / YscC / secretin / cryo-electron microscopy / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Kowal J / Chami M / Ringler P / Muller AS / Kudryashev M / Castano-Diez D / Amstutz M / Cornelis GR / Stahlberg H / Engel A
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of the dodecameric Yersinia enterocolitica secretin YscC and its trypsin-resistant core.
著者: Julia Kowal / Mohamed Chami / Philippe Ringler / Shirley A Müller / Mikhail Kudryashev / Daniel Castaño-Díez / Marlise Amstutz / Guy R Cornelis / Henning Stahlberg / Andreas Engel /
要旨: The type III secretion system machinery, also known as the injectisome, delivers bacterial effector proteins into eukaryotic cells during infection. The outer membrane YscC secretin is a major part ...The type III secretion system machinery, also known as the injectisome, delivers bacterial effector proteins into eukaryotic cells during infection. The outer membrane YscC secretin is a major part of Yersinia enterocolitica's injectisome and is among the first components to assemble, solely assisted by its pilotin, YscW. We have determined the three-dimensional structures of the native complex and its protease-resistant core to 12 Å resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and show that YscC forms a dodecameric complex. Cryo-EM of YscC reconstituted into proteoliposomes defines the secretin's membrane-spanning region. Native YscC consists of an outer membrane ring connected via a thin cylindrical wall to a conical, periplasmic region that exposes N-terminal petals connected by flexible linkers. These petals harbor the binding site of YscD, a component of the inner membrane ring. A change in their orientation adapts the length of the YscC secretin and facilitates its interaction with YscD.
履歴
登録2013年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年11月13日-
マップ公開2013年11月13日-
更新2013年12月18日-
現状2013年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5720.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of YscC secretin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.95 Å/pix.
x 148 pix.
= 288.6 Å		1.95 Å/pix.
x 148 pix.
= 288.6 Å		1.95 Å/pix.
x 148 pix.
= 288.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.034 / ムービー #1: 0.034
最小 - 最大-0.14436568 - 0.11775511
平均 (標準偏差)0.0007342 (±0.0204073)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-74-74-74
サイズ148148148
Spacing148148148
セルA=B=C: 288.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.951.951.95
M x/y/z148148148
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z288.600288.600288.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-74-74-74
NC/NR/NS148148148
D min/max/mean-0.1440.1180.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : YscC secretin from Yersinia enterocolitica

全体名称: YscC secretin from Yersinia enterocolitica
要素
  • 試料: YscC secretin from Yersinia enterocolitica
  • タンパク質・ペプチド: YscC secretin

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超分子 #1000: YscC secretin from Yersinia enterocolitica

超分子名称: YscC secretin from Yersinia enterocolitica / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample contained detergent DDM / 集合状態: 12 / Number unique components: 1
分子量実験値: 900 KDa / 理論値: 768 KDa / 手法: Gel filtration, Superose 6 30/100 GL column

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分子 #1: YscC secretin

分子名称: YscC secretin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) / 株: W22703 / 別称: Yersinia / 細胞中の位置: outer membrane
分子量理論値: 768 KDa
組換発現生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) / 組換株: W22703 / 組換プラスミド: pMA6, pRS6
配列UniProtKB: Type 3 secretion system secretin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 0.04% DDM
グリッド詳細: 200 mesh Cu grid, covered with a very thin additional continuous carbon film, glow-discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Plunging immediately after blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2010年10月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Particles were selected using Boxer/EMAN1.9. Image processing was done using EMAN2.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2
詳細: Mask parameters were optimized to minimize the influence of a flexible N-terminal domain that impaired projection alignment.
使用した粒子像数: 35000
最終 2次元分類クラス数: 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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