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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5720 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Yersinia enterocolitica secretin YscC | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of YscC secretin | |||||||||
試料 |
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キーワード | type III secretion system / Yersinia enterocolitica / Gram-negative bacteria / YscC / secretin / cryo-electron microscopy / outer membrane | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell outer membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kowal J / Chami M / Ringler P / Muller AS / Kudryashev M / Castano-Diez D / Amstutz M / Cornelis GR / Stahlberg H / Engel A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: Structure of the dodecameric Yersinia enterocolitica secretin YscC and its trypsin-resistant core. 著者: Julia Kowal / Mohamed Chami / Philippe Ringler / Shirley A Müller / Mikhail Kudryashev / Daniel Castaño-Díez / Marlise Amstutz / Guy R Cornelis / Henning Stahlberg / Andreas Engel / 要旨: The type III secretion system machinery, also known as the injectisome, delivers bacterial effector proteins into eukaryotic cells during infection. The outer membrane YscC secretin is a major part ...The type III secretion system machinery, also known as the injectisome, delivers bacterial effector proteins into eukaryotic cells during infection. The outer membrane YscC secretin is a major part of Yersinia enterocolitica's injectisome and is among the first components to assemble, solely assisted by its pilotin, YscW. We have determined the three-dimensional structures of the native complex and its protease-resistant core to 12 Å resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and show that YscC forms a dodecameric complex. Cryo-EM of YscC reconstituted into proteoliposomes defines the secretin's membrane-spanning region. Native YscC consists of an outer membrane ring connected via a thin cylindrical wall to a conical, periplasmic region that exposes N-terminal petals connected by flexible linkers. These petals harbor the binding site of YscD, a component of the inner membrane ring. A change in their orientation adapts the length of the YscC secretin and facilitates its interaction with YscD. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5720.map.gz | 7.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5720-v30.xml emd-5720.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5720.png | 59.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5720 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5720 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of YscC secretin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : YscC secretin from Yersinia enterocolitica
全体 | 名称: YscC secretin from Yersinia enterocolitica |
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要素 |
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-超分子 #1000: YscC secretin from Yersinia enterocolitica
超分子 | 名称: YscC secretin from Yersinia enterocolitica / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample contained detergent DDM / 集合状態: 12 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 900 KDa / 理論値: 768 KDa / 手法: Gel filtration, Superose 6 30/100 GL column |
-分子 #1: YscC secretin
分子 | 名称: YscC secretin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) / 株: W22703 / 別称: Yersinia / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 理論値: 768 KDa |
組換発現 | 生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) / 組換株: W22703 / 組換プラスミド: pMA6, pRS6 |
配列 | UniProtKB: Type 3 secretion system secretin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 0.04% DDM |
グリッド | 詳細: 200 mesh Cu grid, covered with a very thin additional continuous carbon film, glow-discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Plunging immediately after blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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日付 | 2010年10月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | Particles were selected using Boxer/EMAN1.9. Image processing was done using EMAN2. |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 詳細: Mask parameters were optimized to minimize the influence of a flexible N-terminal domain that impaired projection alignment. 使用した粒子像数: 35000 |
最終 2次元分類 | クラス数: 240 |