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万見
- EMDB-57166: Cryo-ET of a plasmodesma in GHL17 Physcomitrium patens protonema ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-57166
タイトルCryo-ET of a plasmodesma in GHL17 Physcomitrium patens protonema tissue
マップデータ
試料
  • 組織: UBQ:GHL17_1 Physcomitrium patens protonemal tissue
キーワードplasmodesmata / membrane contact site / endoplasmic reticulum / cell wall / PLANT PROTEIN
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Dickmanns M / Poege M / Xu P / Gombos S / Barr ZK / Miras M / Plitzko J / Simon R / Schulze W / Frommer WB / Baumeister W
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)951292European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ architecture of plasmodesmata in Physcomitrium patens resolved by cryo-electron tomography
著者: Dickmanns M / Poege M / Xu P / Gombos S / Barr ZK / Miras M / Plitzko J / Simon R / Schulze W / Frommer WB / Baumeister W
履歴
登録2026年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_57166.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_57166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 381.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.52 Å/pix.
x 464 pix.
= 1633.28 Å		3.52 Å/pix.
x 464 pix.
= 1633.28 Å		3.52 Å/pix.
x 464 pix.
= 1633.28 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-6652.733400000000074 - 6521.572799999999916
平均 (標準偏差)157.880950000000013 (±450.651949999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ464464464
Spacing464464464
セルA=B=C: 1633.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : UBQ:GHL17_1 Physcomitrium patens protonemal tissue

全体名称: UBQ:GHL17_1 Physcomitrium patens protonemal tissue
要素
  • 組織: UBQ:GHL17_1 Physcomitrium patens protonemal tissue

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超分子 #1: UBQ:GHL17_1 Physcomitrium patens protonemal tissue

超分子名称: UBQ:GHL17_1 Physcomitrium patens protonemal tissue / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Lamellae prepared from high-pressure frozen tissue by cryo-FIB milling. Cryo-electron tomogram reconstructed at bin4 and denoised using cryoCARE.
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物) / 組織: Protonema

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 5.8
凍結凍結剤: NITROGEN
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'BAL- ...詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM HPM100', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 3600 / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 25000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.25) / 使用した粒子像数: 41
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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