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万見
- EMDB-5711: Novel Structural Labeling Method using Cryo-electron Tomography a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5711
タイトルNovel Structural Labeling Method using Cryo-electron Tomography and Biotin-Streptavidin System
マップデータAveraged subtomogram of Chlamydomonas axoneme, labeled with Streptavidin
試料
  • 試料: Chlamydomonas axoneme, strain oda6-ic2-n-bccp, labeled with streptavidin
  • 細胞器官・細胞要素: axoneme
キーワードCryo-electron tomography / Chlamydomonas reinhardtii / biotin-streptavidin / cilia and flagella / dynein / structural labeling
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 57.0 Å
データ登録者Oda T / Kikkawa M
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013
タイトル: Novel structural labeling method using cryo-electron tomography and biotin-streptavidin system.
著者: Toshiyuki Oda / Masahide Kikkawa /
要旨: There are a number of large macromolecular complexes that play important roles in the cell, and identifying the positions of their components is a key step to understanding their structure and ...There are a number of large macromolecular complexes that play important roles in the cell, and identifying the positions of their components is a key step to understanding their structure and function. Several structural labeling methods have been applied to electron microscopy in order to locate a specific component within a macromolecular complex, but each method is associated with problems in specificity, occupancy, signal intensity or precision. Here, we report a novel method for identifying the 3D locations of proteins using biotin-streptavidin labeling and cryo-electron tomography. We labeled a biotinylation-tagged intermediate chain of an axonemal dynein by streptavidin within the Chlamydomonas axoneme and visualized the 3D positions of the labels using subtomogram averaging. Increase of the density attributed to the bound streptavidin was validated by Student's t-test. In conclusion, the combination of the biotin-streptavidin system and cryo-electron tomography is a powerful method to investigate the structure of large macromolecular complexes.
履歴
登録2013年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月24日-
マップ公開2013年7月24日-
更新2014年4月23日-
現状2014年4月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 34866
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 34866
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5711_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Averaged subtomogram of Chlamydomonas axoneme, labeled with Streptavidin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 1456.8 Å		6.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 1456.8 Å		6.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 1456.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 34866.0 / ムービー #1: 34866
最小 - 最大0.00241432 - 42416.484375
平均 (標準偏差)11595.213867189999291 (±14791.333007810000709)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 1456.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.076.076.07
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1456.8001456.8001456.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean0.00242416.48411595.214

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chlamydomonas axoneme, strain oda6-ic2-n-bccp, labeled with strep...

全体名称: Chlamydomonas axoneme, strain oda6-ic2-n-bccp, labeled with streptavidin
要素
  • 試料: Chlamydomonas axoneme, strain oda6-ic2-n-bccp, labeled with streptavidin
  • 細胞器官・細胞要素: axoneme

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超分子 #1000: Chlamydomonas axoneme, strain oda6-ic2-n-bccp, labeled with strep...

超分子名称: Chlamydomonas axoneme, strain oda6-ic2-n-bccp, labeled with streptavidin
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: axoneme

超分子名称: axoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: oda6-ic2-n-bccp / Organelle: flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.04 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 30 mM Hepes-NaOH pH 7.2, 5 mM MgCl2, 1 mM dithiothreitol, 1 mM EGTA, 50 mM CH3COOK, and 1 mM phenylmethylsulfonyl fluoride
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with home-made holey carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3100FFC
温度最低: 90 K / 最高: 95 K
日付2013年2月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 90 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 25700 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 15000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60.5 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60.5 °

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 57.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET, Ruby-Helix / 使用したサブトモグラム数: 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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