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- EMDB-5699: CryoEM structure of EGFR-specific virus (derived from sindbis virus) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5699
タイトルCryoEM structure of EGFR-specific virus (derived from sindbis virus)
マップデータCryoEM structure of EGFR-specific virus derived from sindbis virus
試料
  • 試料: EGFR-specific virus (derived from sindbis virus)
  • ウイルス: synthetic construct (人工物)
キーワードEGFR-specific virus / sindbis virus
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.2 Å
データ登録者Dai H / Liu Z / Jiang W / Kuhn RJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Directed evolution of a virus exclusively utilizing human epidermal growth factor receptor as the entry receptor.
著者: Hong-Sheng Dai / Zheng Liu / Wen Jiang / Richard J Kuhn
要旨: Rational design and directed evolution are powerful tools to generate and improve protein function; however, their uses are mostly limited to enzyme and antibody engineering. Here we describe a ...Rational design and directed evolution are powerful tools to generate and improve protein function; however, their uses are mostly limited to enzyme and antibody engineering. Here we describe a directed-evolution strategy, named the tandem selection and enrichment system (TSES), and its use in generating virus with exclusive specificity for a particular cellular receptor. In TSES, evolving viruses are sequentially and iteratively transferred between two different host cells, one for selection of receptor specificity and the other for enrichment of the fittest virus. By combining rational design and TSES, we generated human epidermal growth factor receptor (EGFR)-specific virus 1 (ESV1). ESV1 has the backbone of Sindbis virus (SINV) and displays an EGF domain engrafted onto structural protein E2 after residue Pro192, together with eight amino acid changes stabilizing the E2-EGF chimera. ESV1 uses EGFR to initiate infection and has lost the capacity to interact with all known SINV receptors. A 12.2-Å cryoelectron microscopic (cryoEM) reconstruction of ESV1 reveals that the E2-EGF fusion adopts a fixed conformation, with EGF sitting at the top of the E2 spike; The EGFR binding interface faces outward, and the EGF domain completely masks SINV receptor binding. The cryoEM structure of ESV1 explains the desirable properties of ESV1 and provides insights for its further modification. TSES expands the scope of directed evolution and can be easily extended to other targeting molecules and viral systems.
履歴
登録2013年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月28日-
マップ公開2014年7月30日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5699.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5699.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 126.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of EGFR-specific virus derived from sindbis virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.24 Å/pix.
x 324 pix.
= 1049.76 Å		3.24 Å/pix.
x 324 pix.
= 1049.76 Å		3.24 Å/pix.
x 324 pix.
= 1049.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-11.02840233 - 21.569690699999999
平均 (標準偏差)0.49513358 (±1.9885757)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-162-162-162
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 1049.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.243.243.24
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1049.7601049.7601049.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-162-162-162
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean-11.02821.5700.495

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EGFR-specific virus (derived from sindbis virus)

全体名称: EGFR-specific virus (derived from sindbis virus)
要素
  • 試料: EGFR-specific virus (derived from sindbis virus)
  • ウイルス: synthetic construct (人工物)

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超分子 #1000: EGFR-specific virus (derived from sindbis virus)

超分子名称: EGFR-specific virus (derived from sindbis virus) / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: synthetic construct

超分子名称: synthetic construct / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: EGFR-specific Sindbis virus
詳細: EGF domain was engrafted onto an icosahedral virus scaffold, and directed evolution was conducted to stabilize the chimeric virus.
NCBI-ID: 32630 / 生物種: synthetic construct / Sci species strain: EGFR-specific no.1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: EGFR-specific Sindbis virus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: E1 and E2-EGF / 直径: 375.00 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged in air
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 97.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 6 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度最低: 93.15 K / 最高: 100.15 K / 平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2011年10月12日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 3.24 µm / 実像数: 166 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: jspr, EMAN2, EMAN / 詳細: Final maps were calculated from 2290 particles. / 使用した粒子像数: 2290

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j0f

ソフトウェア名称: veda
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1jl9

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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