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- EMDB-5694: Type III secretion system (Injectisome) of Yersinia enterocolitic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5694
タイトルType III secretion system (Injectisome) of Yersinia enterocolitica in situ
マップデータIn situ structure of the Yersinia enterocolitica Injectisome
試料
  • 試料: Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type III secretion injectisomes
  • タンパク質・ペプチド: Bacterial Type III Secretion System
キーワードT3SS / YscC / YscD / YscJ / YscV / cryo electron tomography / sub-volume averaging.
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Kudryashev M / Stenta M / Schmelz S / Amstutz M / Wiesand U / Castano-Diez D / Degiacomi M / Muennich S / Bleck CKE / Kowal J ...Kudryashev M / Stenta M / Schmelz S / Amstutz M / Wiesand U / Castano-Diez D / Degiacomi M / Muennich S / Bleck CKE / Kowal J / Diepold A / Heinz DW / Dal Peraro M / Cornelis GR / Stahlberg H
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: In situ structural analysis of the Yersinia enterocolitica injectisome.
著者: Mikhail Kudryashev / Marco Stenta / Stefan Schmelz / Marlise Amstutz / Ulrich Wiesand / Daniel Castaño-Díez / Matteo T Degiacomi / Stefan Münnich / Christopher Ke Bleck / Julia Kowal / ...著者: Mikhail Kudryashev / Marco Stenta / Stefan Schmelz / Marlise Amstutz / Ulrich Wiesand / Daniel Castaño-Díez / Matteo T Degiacomi / Stefan Münnich / Christopher Ke Bleck / Julia Kowal / Andreas Diepold / Dirk W Heinz / Matteo Dal Peraro / Guy R Cornelis / Henning Stahlberg /
要旨: Injectisomes are multi-protein transmembrane machines allowing pathogenic bacteria to inject effector proteins into eukaryotic host cells, a process called type III secretion. Here we present the ...Injectisomes are multi-protein transmembrane machines allowing pathogenic bacteria to inject effector proteins into eukaryotic host cells, a process called type III secretion. Here we present the first three-dimensional structure of Yersinia enterocolitica and Shigella flexneri injectisomes in situ and the first structural analysis of the Yersinia injectisome. Unexpectedly, basal bodies of injectisomes inside the bacterial cells showed length variations of 20%. The in situ structures of the Y. enterocolitica and S. flexneri injectisomes had similar dimensions and were significantly longer than the isolated structures of related injectisomes. The crystal structure of the inner membrane injectisome component YscD appeared elongated compared to a homologous protein, and molecular dynamics simulations documented its elongation elasticity. The ring-shaped secretin YscC at the outer membrane was stretched by 30-40% in situ, compared to its isolated liposome-embedded conformation. We suggest that elasticity is critical for some two-membrane spanning protein complexes to cope with variations in the intermembrane distance. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00792.001.
履歴
登録2013年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月17日-
マップ公開2013年7月17日-
更新2013年8月14日-
現状2013年8月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5694_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ structure of the Yersinia enterocolitica Injectisome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 128 pix.
= 94.72 Å		0.74 Å/pix.
x 128 pix.
= 94.72 Å		0.74 Å/pix.
x 128 pix.
= 94.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報0.740.740.74
CCP4マップ ヘッダ情報0.740.740.74
EM Navigator ムービー #17.47.47.4
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 1.1 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-3.88122559 - 5.41991997
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99111927)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 94.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.740.740.74
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z94.72094.72094.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-3.8815.420-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type II...

全体名称: Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type III secretion injectisomes
要素
  • 試料: Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type III secretion injectisomes
  • タンパク質・ペプチド: Bacterial Type III Secretion System

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超分子 #1000: Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type II...

超分子名称: Yersinia enterocolitica intact bacterial cells containing type III secretion injectisomes
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Bacteria were taken from cell culture and were rapidly prepared for cryo imaging
集合状態: various / Number unique components: 9

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分子 #1: Bacterial Type III Secretion System

分子名称: Bacterial Type III Secretion System / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Injectisome, T3SS / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: PBS
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon grids with various hole sizes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Tridem
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2009年11月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
実像数: 61 / 平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 19500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -15.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用したサブトモグラム数: 941
CTF補正詳細: Each micrograph was phase flipped assuming the value of nominal defocus. Focal pair tomography was employed.
最終 3次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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