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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5688 | |||||||||
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タイトル | Structural insight into the thermoTRPV channels assembly | |||||||||
![]() | TRPV2 structure at 13.6 A | |||||||||
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![]() | TRP channel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / plasma membrane => GO:0005886 / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / plasma membrane => GO:0005886 / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / melanosome / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.6 Å | |||||||||
![]() | Huynh KW / Cohen MR / Chakrapani S / Holdaway HA / Stewart PL / Moiseenkova-Bell VY | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into the assembly of TRPV channels. 著者: Kevin W Huynh / Matthew R Cohen / Sudha Chakrapani / Heather A Holdaway / Phoebe L Stewart / Vera Y Moiseenkova-Bell / ![]() 要旨: Transient receptor potential (TRP) proteins are a large family of polymodal nonselective cation channels. The TRP vanilloid (TRPV) subfamily consists of six homologous members with diverse functions. ...Transient receptor potential (TRP) proteins are a large family of polymodal nonselective cation channels. The TRP vanilloid (TRPV) subfamily consists of six homologous members with diverse functions. TRPV1-TRPV4 are nonselective cation channels proposed to play a role in nociception, while TRPV5 and TRPV6 are involved in epithelial Ca²⁺ homeostasis. Here we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of functional, full-length TRPV2 at 13.6 Å resolution. The map reveals that the TRPV2 cytoplasmic domain displays a 4-fold petal-like shape in which high-resolution N-terminal ankyrin repeat domain (ARD) structures can be unambiguously fitted. Fitting of the available ARD structures for other TRPV subfamily members into the TRPV2 EM map suggests that TRPV subfamily members have highly homologous structural topologies. These results allowed us to postulate a structural explanation for the functional diversity among TRPV channels and their differential regulation by proteins and ligands. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 46.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | TRPV2 structure at 13.6 A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Rat Transient Receptor Potential Vanilloid 2 (TRPV2)
全体 | 名称: Rat Transient Receptor Potential Vanilloid 2 (TRPV2) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rat Transient Receptor Potential Vanilloid 2 (TRPV2)
超分子 | 名称: Rat Transient Receptor Potential Vanilloid 2 (TRPV2) タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: sample was monodisperse / 集合状態: tetramer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 360 KDa / 手法: Size-exclusion chromatography |
-分子 #1: Transient Receptor Potential Vanilloid 2
分子 | 名称: Transient Receptor Potential Vanilloid 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TRPV2 / コピー数: 1 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 300 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 GO: plasma membrane => GO:0005886 InterPro: Transient receptor potential cation channel subfamily V |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1.0mM DTT, 0.006% DMNG |
グリッド | 詳細: 400 mesh Quantifoil R2/1 copper grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot for 1, 2, or 3 sec |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
日付 | 2012年10月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 650 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 117293 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.12 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | EMAN2 |
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CTF補正 | 詳細: each image |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic, FREALIGN / 使用した粒子像数: 23051 |