[日本語] English
万見
- EMDB-5680: Cryo-electron microscopy of a trimeric soluble HIV Env construct,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5680
タイトルCryo-electron microscopy of a trimeric soluble HIV Env construct, gp140 SOSIP, in complex with Fab Z13e1
マップデータReconstruction of trimeric HIV gp140 with MPER FAB
試料
  • 試料: Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with Z13e1 Fab
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: Fab portion of monoclonal antibody Z13e1
キーワードHIV / gp140 / SOSIP / Z13e1
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.5 Å
データ登録者Harris AK / Bartesaghi A / Milne JL / Subramaniam S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: HIV-1 envelope glycoprotein trimers display open quaternary conformation when bound to the gp41 membrane-proximal external-region-directed broadly neutralizing antibody Z13e1.
著者: Audray K Harris / Alberto Bartesaghi / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam /
要旨: We describe cryo-electron microscopic studies of the interaction between the ectodomain of the trimeric HIV-1 envelope glycoprotein (Env) and Z13e1, a broadly neutralizing antibody that targets the ...We describe cryo-electron microscopic studies of the interaction between the ectodomain of the trimeric HIV-1 envelope glycoprotein (Env) and Z13e1, a broadly neutralizing antibody that targets the membrane-proximal external region (MPER) of the gp41 subunit. We show that Z13e1-bound Env displays an open quaternary conformation similar to the CD4-bound conformation. Our results support the idea that MPER-directed antibodies, such as Z13e1, block viral entry by interacting with Env at a step after CD4 activation.
履歴
登録2013年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月21日-
マップ公開2013年8月21日-
更新2013年8月21日-
現状2013年8月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5680_1.jpg

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of trimeric HIV gp140 with MPER FAB
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 184 pix.
= 248.4 Å		1.35 Å/pix.
x 184 pix.
= 248.4 Å		1.35 Å/pix.
x 184 pix.
= 248.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-7.80842304 - 7.98503494
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-68-68-68
サイズ184184184
Spacing184184184
セルA=B=C: 248.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z184184184
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.400248.400248.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-68-68-68
NC/NR/NS184184184
D min/max/mean-7.8087.985-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with Z13e1 Fab

全体名称: Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with Z13e1 Fab
要素
  • 試料: Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with Z13e1 Fab
  • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: Fab portion of monoclonal antibody Z13e1

-
超分子 #1000: Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with Z13e1 Fab

超分子名称: Molecular structure of KNH1144 SOSIP gp140 with Z13e1 Fab
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 2

-
分子 #1: Envelope glycoprotein

分子名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Env / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate 00KE_KNH1144 / 別称: HIV-1
分子量実験値: 420 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: SOSIP-PPI4 and furin-pcDNA3.1

-
分子 #2: Fab portion of monoclonal antibody Z13e1

分子名称: Fab portion of monoclonal antibody Z13e1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Z13e1 Fab / 詳細: Fab fragment / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 50 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.42 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: TNE Buffer (10 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA)
グリッド詳細: Quantifoil, plasma cleaned
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Blot for 6 seconds (blot offset -2) and plunge into an ethane slurry cooled by liquid nitrogen.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2009年8月31日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 583 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 59500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1 / 使用した粒子像数: 7050

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1gc1

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body. Automated fitting procedures
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る