EMDB-56793: MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold syste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-56793

タイトル

MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold system from split dataset with 4500 micrographs)

マップデータ

試料

複合体: MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold system from split dataset with 8694 micrographs)
- タンパク質・ペプチド: MBP
- タンパク質・ペプチド: DARPin

キーワード

MBP / maltose / DARPin / scaffold / SUGAR BINDING PROTEIN

生物種

synthetic construct (人工物) / Methanosarcina mazei

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å

データ登録者

Ferreira DSM / Noble M / Rowland RJ / Fairhead M / Gittins O / von Delft F / Endicott J / Martin M / Pike ACW / Dlamini LS / Sauer DB

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: An engineered symmetrical scaffold system enables high resolution imaging of small cargo proteins by cryo-electron microscopy
著者: Ferreira DSM / Noble M / Rowland RJ / von Delft F / Fairhead M / Endicott J / Martin M / Pike ACW / Sauer DB / Gittins O / Dlamini LS

履歴

登録	2026年2月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2026年4月8日	-
マップ公開	2026年4月8日	-
更新	2026年4月8日	-
現状	2026年4月8日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_56793.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_56793.map.gz	85.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-56793-v30.xml emd-56793.xml	19.1 KB 19.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_56793_fsc.xml	9.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_56793.png	32.9 KB
マスクデータ	emd_56793_msk_1.map	91.1 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-56793.cif.gz	5.4 KB
その他	emd_56793_additional_1.map.gz emd_56793_half_map_1.map.gz emd_56793_half_map_2.map.gz	45 MB 84.6 MB 84.6 MB
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-56793 ftp://data.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-56793	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	56749C 56750C 56751C 56783C 56784C 56785C 56786C 56787C 56788C 56789C 56790C 56791C 56792C 56794C 56795C 56796C 56797C 56798C 56799C 56800C 56801C 56802C 56803C 56804C 56805C 28qlC 28qmC 28qnC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_56793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.4 Å/pix. x 288 pix. = 404.554 Å	1.4 Å/pix. x 288 pix. = 404.554 Å	1.4 Å/pix. x 288 pix. = 404.554 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.4047 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.261
最小 - 最大	-2.0610366 - 3.312051
平均 (標準偏差)	0.0021992265 (±0.030619567)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_56793_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイル

emd_56793_additional_1.map

注釈

Unsharpened map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_56793_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_56793_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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全体 : MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold syste...

全体	名称: MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold system from split dataset with 8694 micrographs)
要素	複合体: MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold system from split dataset with 8694 micrographs) タンパク質・ペプチド: MBP タンパク質・ペプチド: DARPin

-
超分子 #1: MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold syste...

超分子	名称: MBP-maltose bound to distal DARPin (AHIR dodecamer scaffold system from split dataset with 8694 micrographs) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: synthetic construct (人工物)
分子量	理論値: 900 KDa

-
分子 #1: MBP

分子	名称: MBP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Methanosarcina mazei
組換発現	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列	文字列: MKIQEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW P LIAADGGY ...文字列: MKIQEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW P LIAADGGY AFKYENGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LIKNKHMNAD TDYSIAEAAF NKGETAMTIN GPWAWSNIDT SK VNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEFLENYLLT DEGLEAVNKD KPLGAVALKS YEEELAKDPR IAA TMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDEALKDAQ TNGSHHHH

-
分子 #2: DARPin

分子	名称: DARPin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列	文字列: ADLGRKLLEA ARAGQDDEVR ILMANGADVN AADNTGTTPL HLAAYSGHLE IVEVLLKHGA DVDASDVFGY TPLHLAAYWG HLEIVEVLL KNGADVNAMD SDGMTPLHLA AKWGYLEIVE VLLKHGADVN AQDKFGKTPK DLARDNGNQW IYELLEAAGR A

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 69762
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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