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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5655 | |||||||||
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タイトル | Pseudorabies virus virion capsid from cryo-electron microscopy | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of pseudorabies virus (PRV) capsid from virion particles | |||||||||
試料 |
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キーワード | herpesvirus / capsid | |||||||||
生物種 | Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Homa FL / Huffman JB / Toropova K / Lopez HR / Makhov AM / Conway JF | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013 タイトル: Structure of the pseudorabies virus capsid: comparison with herpes simplex virus type 1 and differential binding of essential minor proteins. 著者: F L Homa / J B Huffman / K Toropova / H R Lopez / A M Makhov / J F Conway / 要旨: The structure of pseudorabies virus (PRV) capsids isolated from the nucleus of infected cells and from PRV virions was determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and compared to herpes simplex ...The structure of pseudorabies virus (PRV) capsids isolated from the nucleus of infected cells and from PRV virions was determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and compared to herpes simplex virus type 1 (HSV-1) capsids. PRV capsid structures closely resemble those of HSV-1, including distribution of the capsid vertex specific component (CVSC) of HSV-1, which is a heterodimer of the pUL17 and pUL25 proteins. Occupancy of CVSC on all PRV capsids is near 100%, compared to ~50% reported for HSV-1 C-capsids and 25% or less that we measure for HSV-1 A- and B-capsids. A PRV mutant lacking pUL25 does not produce C-capsids and lacks visible CVSC density in the cryo-EM-based reconstruction. A reconstruction of PRV capsids in which green fluorescent protein was fused within the N-terminus of pUL25 confirmed previous studies with a similar HSV-1 capsid mutant localizing pUL25 to the CVSC density region that is distal to the penton. However, comparison of the CVSC density in a 9-Å-resolution PRV C-capsid map with the available crystal structure of HSV-1 pUL25 failed to find a satisfactory fit, suggesting either a different fold for PRV pUL25 or a capsid-bound conformation for pUL25 that does not match the X-ray model determined from protein crystallized in solution. The PRV capsid imaged within virions closely resembles C-capsids with the addition of weak but significant density shrouding the pentons that we attribute to tegument proteins. Our results demonstrate significant structure conservation between the PRV and HSV capsids. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5655.map.gz | 305.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5655-v30.xml emd-5655.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5655.tif | 1.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5655 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5655_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5655_full_validation.pdf.gz | 76.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5655_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5655 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5655 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 614.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of pseudorabies virus (PRV) capsid from virion particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pseudorabies virus capsid from virion
全体 | 名称: Pseudorabies virus capsid from virion |
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要素 |
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-超分子 #1000: Pseudorabies virus capsid from virion
超分子 | 名称: Pseudorabies virus capsid from virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Suid herpesvirus 1
超分子 | 名称: Suid herpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: pseudorabies virus / 詳細: Capsid contains viral dsDNA. / NCBI-ID: 10345 / 生物種: Suid herpesvirus 1 / Sci species strain: Becker / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: pseudorabies virus |
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宿主 | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Virion capsid / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: TNE: 500mM NaCl, 10mM Tris, 1mM EDTA |
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グリッド | 詳細: Quantifoil R2/1, 200 mesh copper, glow discharged for 10-15 secs |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 8 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 6 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 95 K |
日付 | 2012年7月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.42 µm / 実像数: 150 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were picked with x3dpreprocess. |
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CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM(v4.02) / 使用した粒子像数: 2647 |