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万見
- EMDB-55873: Roseiflexus cells from microbial mat with contractile injection s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55873
タイトルRoseiflexus cells from microbial mat with contractile injection systems.
マップデータ
試料
  • 細胞: Contracted contractile injection system in lysed Roseiflexus cell from microbial mat
キーワードcontractile injection system microbial mat Roseiflexus / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Roseiflexus (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Gaisin AV
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)CoG 101000232European Union
引用ジャーナル: ISME J / 年: 2025
タイトル: Thermophilic bacteria employ a contractile injection system in hot spring microbial mats.
著者: Vasil A Gaisin / Corina Hadjicharalambous / Izabela Mujakić / Cristian Villena-Alemany / Jiangning Li / Michal Koblížek / Martin Pilhofer /
要旨: Bacterial contractile injection systems (CISs) are multiprotein complexes that facilitate the bacterial response to environmental factors or interactions with other organisms. Multiple novel CISs ...Bacterial contractile injection systems (CISs) are multiprotein complexes that facilitate the bacterial response to environmental factors or interactions with other organisms. Multiple novel CISs have been characterised in laboratory bacterial cultures recently; however, studying CISs in the context of the native microbial community remains challenging. Here, we present an approach to characterise a bioinformatically predicted CIS by directly analysing bacterial cells from their natural environment. Using cryo-focused ion beam milling and cryo-electron tomography (cryoET) imaging, guided by 16S rRNA gene amplicon sequencing, we discovered that thermophilic Chloroflexota bacteria produce intracellular CIS particles in a natural hot spring microbial mat. We then found a niche-specific production of CIS in the structured microbial community using an approach combining metagenomics, proteomics, and immunogold staining. Bioinformatic analysis and imaging revealed CISs in other extremophilic Chloroflexota and Deinococcota. This Chloroflexota/Deinococcota CIS lineage shows phylogenetic and structural similarity to previously described cytoplasmic CIS from Streptomyces and probably shares the same cytoplasmic mode of action. Our integrated environmental cryoET approach is suitable for discovering and characterising novel macromolecular complexes in environmental samples.
履歴
登録2025年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55873.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 843.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.53 Å/pix.
x 300 pix.
= 4059. Å		13.53 Å/pix.
x 1440 pix.
= 19483.199 Å		13.53 Å/pix.
x 1024 pix.
= 13854.72 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.53 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-180.0 - 139.0
平均 (標準偏差)1.0598552 (±13.994272)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-209208-150
サイズ14401024300
Spacing10241440300
セルA: 13854.72 Å / B: 19483.2 Å / C: 4059.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Contracted contractile injection system in lysed Roseiflexus cell...

全体名称: Contracted contractile injection system in lysed Roseiflexus cell from microbial mat
要素
  • 細胞: Contracted contractile injection system in lysed Roseiflexus cell from microbial mat

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超分子 #1: Contracted contractile injection system in lysed Roseiflexus cell...

超分子名称: Contracted contractile injection system in lysed Roseiflexus cell from microbial mat
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Roseiflexus (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 360 / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 180
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.247 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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