EMDB-55736: Focused refinement map on N-terminus of mouse TRPM3 alpha 2 in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-55736

タイトル

Focused refinement map on N-terminus of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagonist Ononetin

マップデータ

Local refinement, filtered

試料

複合体: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin

キーワード

Ca2+ channel Ononetin-bound Closed conformation / MEMBRANE PROTEIN

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å

データ登録者

Shkumatov AV / Schenck S / Brunner JD

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Focused refinement map on N-terminus of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagonist Ononetin
著者: Shkumatov AV / Schenck S / Brunner JD

履歴

登録	2025年11月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2026年2月11日	-
マップ公開	2026年2月11日	-
更新	2026年2月11日	-
現状	2026年2月11日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_55736.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_55736.map.gz	1.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-55736-v30.xml emd-55736.xml	15.1 KB 15.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_55736.png	133.5 KB
Filedesc metadata	emd-55736.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_55736_half_map_1.map.gz emd_55736_half_map_2.map.gz	442.8 MB 442.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-55736 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-55736	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9t9u

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_55736.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Local refinement, filtered

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.69 Å/pix. x 500 pix. = 346.5 Å	0.69 Å/pix. x 500 pix. = 346.5 Å	0.69 Å/pix. x 500 pix. = 346.5 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.693 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0458
最小 - 最大	-0.49347013 - 0.59260505
平均 (標準偏差)	0.000029245546 (±0.0033306463)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: half A

ファイル

emd_55736_half_map_1.map

注釈

half A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half B

ファイル

emd_55736_half_map_2.map

注釈

half B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin

全体	名称: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin
要素	複合体: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin

-
超分子 #1: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin

超分子	名称: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Ononetin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量	理論値: 161 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

0.3 mg/mL

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	式	名称
10.0 mM	C₈H₁₇N₂NaO₄S	Hepes
150.0 mM	NaCl	Sodium chloride
0.0063 %	C₅₆H₉₂O₂₅	Glycodiosgenin
10.0 uM	C₁₅H₁₄O₄	Ononetin

詳細: 10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.063% Glycodiosgenin, 10 uM Ononetin

グリッド

モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: GP2.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL CRYO ARM 300
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 62.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.0 µm 最小デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 8dds
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 192696
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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