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- EMDB-55596: Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55596
タイトルCryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO1 3D class reconstruction)
マップデータConsensus map
試料
  • 複合体: Complement C3d-alphaM/beta2 headpiece complex (wt HPO1)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Integrin alpha-M
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-2
    • タンパク質・ペプチド: C3d-anti-CR3-Nb fusion ligand
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードphagocytosis / integrin / opsonisation / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaD-beta2 complex / integrin alphaX-beta2 complex / ectodermal cell differentiation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin ...integrin alphaD-beta2 complex / integrin alphaX-beta2 complex / ectodermal cell differentiation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / leukocyte migration involved in inflammatory response / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / : / neutrophil migration / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of dopamine metabolic process / receptor clustering / forebrain development / endodermal cell differentiation / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to mechanical stimulus / endothelial cell migration / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / neutrophil chemotaxis / cell adhesion molecule binding / receptor-mediated endocytosis / response to ischemia / cell-matrix adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / response to amphetamine / integrin-mediated signaling pathway / microglial cell activation / cell-cell adhesion / receptor internalization / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / response to estradiol / cell-cell signaling / regulation of cell shape / extracellular vesicle / amyloid-beta binding / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / signaling receptor complex / inflammatory response / external side of plasma membrane / innate immune response / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / cell surface / : / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin alpha cytoplasmic region / : / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-2 / Integrin alpha-M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Andersen GR / Fruergaard MU
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO1 3D class reconstruction)
著者: Andersen GR / Fruergaard MU
履歴
登録2025年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.29 Å/pix.
x 256 pix.
= 331.264 Å		1.29 Å/pix.
x 256 pix.
= 331.264 Å		1.29 Å/pix.
x 256 pix.
= 331.264 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.294 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.60071313 - 1.6555567
平均 (標準偏差)0.0011257511 (±0.029054279)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 331.264 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_55596_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_55596_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complement C3d-alphaM/beta2 headpiece complex (wt HPO1)

全体名称: Complement C3d-alphaM/beta2 headpiece complex (wt HPO1)
要素
  • 複合体: Complement C3d-alphaM/beta2 headpiece complex (wt HPO1)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Integrin alpha-M
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-2
    • タンパク質・ペプチド: C3d-anti-CR3-Nb fusion ligand
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complement C3d-alphaM/beta2 headpiece complex (wt HPO1)

超分子名称: Complement C3d-alphaM/beta2 headpiece complex (wt HPO1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Headpiece of alphaM/beta2 complex in complex with C3d-anti-CR3-Nb fusion ligand (HPO1 orientation)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 190 kDa/nm

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分子 #1: Isoform 2 of Integrin alpha-M

分子名称: Isoform 2 of Integrin alpha-M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.989734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FNLDTENAMT FQENARGFGQ SVVQLQGSRV VVGAPQEIVA ANQRGSLYQC DYSTGSCEPI RLQVPVEAVN MSLGLSLAAT TSPPQLLAC GPTVHQTCSE NTYVKGLCFL FGSNLRQQPQ KFPEALRGCP QEDSDIAFLI DGSGSIIPHD FRRMKEFVST V MEQLKKSK ...文字列:
FNLDTENAMT FQENARGFGQ SVVQLQGSRV VVGAPQEIVA ANQRGSLYQC DYSTGSCEPI RLQVPVEAVN MSLGLSLAAT TSPPQLLAC GPTVHQTCSE NTYVKGLCFL FGSNLRQQPQ KFPEALRGCP QEDSDIAFLI DGSGSIIPHD FRRMKEFVST V MEQLKKSK TLFSLMQYSE EFRIHFTFKE FQNNPNPRSL VKPITQLLGR THTATGIRKV VRELFNITNG ARKNAFKILV VI TDGEKFG DPLGYEDVIP EADREGVIRY VIGVGDAFRS EKSRQELNTI ASKPPRDHVF QVNNFEALKT IQNQLREKIF AIE GTQTGS SSSFEHEMSQ EGFSAAITSN GPLLSTVGSY DWAGGVFLYT SKEKSTFINM TRVDSDMNDA YLGYAAAIIL RNRV QSLVL GAPRYQHIGL VAMFRQNTGM WESNANVKGT QIGAYFGASL CSVDVDSNGS TDLVLIGAPH YYEQTRGGQV SVCPL PRGQ RARWQCDAVL YGEQGQPWGR FGAALTVLGD VNGDKLTDVA IGAPGEEDNR GAVYLFHGTS GSGISPSHSQ RIAGSK LSP RLQYFGQSLS GGQDLTMDGL VDLTVGAQGH VLLLRSQPVL RVKAIMEFNP REVARNVFEC NDQVVKGKEA GEVRVCL HV QKSTRDRLRE GQIQSVVTYD LALDSGRPHS RAVFNETKNS TRRQTQVLGL TQTCETLKLQ LPNCIEDPVS PIVLRLNF S LVGTPLSAFG NLRPVLAEDA QRLFTALFPF EKNTGGENLY FQ

UniProtKB: Integrin alpha-M

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分子 #2: Integrin beta-2

分子名称: Integrin beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.281094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QECTKFKVSS CRECIESGPG CTWCQKLNFT GPGDPDSIRC DTRPQLLMRG CAADDIMDPT SLAETQEDHN GGQKQLSPQK VTLYLRPGQ AAAFNVTFRR AKGYPIDLYY LMDLSYSMLD DLRNVKKLGG DLLRALNEIT ESGRIGFGSF VDKTVLPFVN T HPDKLRNP ...文字列:
QECTKFKVSS CRECIESGPG CTWCQKLNFT GPGDPDSIRC DTRPQLLMRG CAADDIMDPT SLAETQEDHN GGQKQLSPQK VTLYLRPGQ AAAFNVTFRR AKGYPIDLYY LMDLSYSMLD DLRNVKKLGG DLLRALNEIT ESGRIGFGSF VDKTVLPFVN T HPDKLRNP CPNKEKECQP PFAFRHVLKL TNNSNQFQTE VGKQLISGNL DAPEGGLDAM MQVAACPEEI GWRNVTRLLV FA TDDGFHF AGDGKLGAIL TPNDGRCHLE DNLYKRSNEF DYPSVGQLAH KLAENNIQPI FAVTSRMVKT YEKLTEIIPK SAV GELSED SSNVVHLIKN AYNKLSSRVF LDHNALPDTL KVTYDSFCSN GVTHRNQPRG DCDGVQINVP ITFQVKVTAT ECIQ EQSFV IRALGFTDIV TVQVLPQCEC RCRDQSRDRS LCHGKGFLEC GICRCDTGYI GKNCEPAAEN LYFQ

UniProtKB: Integrin beta-2

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分子 #3: C3d-anti-CR3-Nb fusion ligand

分子名称: C3d-anti-CR3-Nb fusion ligand / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Nb fused with C3d with flexible linkers / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 49.171129 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCTTSGFTFD DYAIGWFRQA PGKEREGVSC ISSSEGKYYS DGGGGSGGGG SGGGGSVDAE RLKHLIVTP SGSGEQNMIG MTPTVIAVHY LDETEQWEKF GLEKRQGALE LIKKGYTQQL AFRQPSSAFA AFVKRAPSTW L TAYVVKVF ...文字列:
QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCTTSGFTFD DYAIGWFRQA PGKEREGVSC ISSSEGKYYS DGGGGSGGGG SGGGGSVDAE RLKHLIVTP SGSGEQNMIG MTPTVIAVHY LDETEQWEKF GLEKRQGALE LIKKGYTQQL AFRQPSSAFA AFVKRAPSTW L TAYVVKVF SLAVNLIAID SQVLCGAVKW LILEKQKPDG VFQEDAPVIH QEMIGGLRNN NEKDMALTAF VLISLQEAKD IC EEQVNSL PGSITKAGDF LEANYMNLQR SYTVAIAGYA LAQMGRLKGP LLNKFLTTAK DKNRWEDPGK QLYNVEATSY ALL ALLQLK DFDFVPPVVR WLNEQRYYGG GYGSTQATFM VFQALAQYQK DAPDHKGGGG SGRFTISSDN AKNTVYLQMN NLKP EDTAV YYCAAEWNNF GRLCMYPDYW GQGTQVTVSS ENLYFQGHHH HHH

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #10: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 9 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.88 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.02 MC8H18N2O4SHEPES
0.15 MNaClsodium chloride
0.001 MMnCl2manganese chloride
2e-05 MCaCl2calcium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 詳細: 25 mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 36689
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9t5v:
Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO1 3D class reconstruction)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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