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万見
- EMDB-55368: Noc2-TAP pre-60S particle - state 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55368
タイトルNoc2-TAP pre-60S particle - state 2
マップデータ
試料
  • 複合体: Noc2-TAP pre-60S particle - state 2
キーワードpreLSU / preribosome / complex / Noc2-TAP particle / RIBOSOME
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Grundmann L / Gerhalter M / Prattes M / Grishkovskaya I / Kotisch H / Haselbach D / Bergler H
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundPAT1908524 オーストリア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: A comprehensive view on r-protein binding and rRNA domain structuring during early eukaryotic ribosome formation.
著者: Magdalena Gerhalter / Michael Prattes / Lorenz Emanuel Grundmann / Irina Grishkovskaya / Enrico F Semeraro / Gertrude Zisser / Harald Kotisch / Juliane Merl-Pham / Stefanie M Hauck / David ...著者: Magdalena Gerhalter / Michael Prattes / Lorenz Emanuel Grundmann / Irina Grishkovskaya / Enrico F Semeraro / Gertrude Zisser / Harald Kotisch / Juliane Merl-Pham / Stefanie M Hauck / David Haselbach / Helmut Bergler /
要旨: Formation of the eukaryotic ribosomal subunits follows a strict regime to assemble ribosomal proteins (r-protein) with ribosomal RNAs (rRNA) while removing internal (ITS) and external (ETS) ...Formation of the eukaryotic ribosomal subunits follows a strict regime to assemble ribosomal proteins (r-protein) with ribosomal RNAs (rRNA) while removing internal (ITS) and external (ETS) transcribed rRNA spacers. During the early stages of large subunit (LSU) formation, ITS2, together with six assembly factors, forms the characteristic foot structure of early nuclear pre-LSU particles. Here, we address the function of this foot structure during the early stages of ribosome assembly. We present cryo-EM structures from wild-type cells and cells depleted for the foot structure factor Rlp7. We show that compaction of domain I of the 25S rRNA is strictly dependent on the presence of foot factors, while domain II folds independently. Furthermore, Rlp7-depletion accumulated small subunit (SSU) processome intermediates prior to A1 cleavage and compaction of the individual domains of the 18S rRNA, providing also novel insights into the SSU-assembly process. SILAC labeling and affinity purification of co-transcriptionally assembled pre-ribosomes enabled us to resolve the assembly line of most early binding r-proteins step by step. This showed that incorporation of r-proteins in eukaryotes neither follows the bacterial regime nor a strict linear co-transcriptional mode. Instead, seed r-proteins might structurally define the individual rRNA domains before their compaction and fixation in the context of early pre-ribosomes.
履歴
登録2025年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55368.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 536. Å		1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 536. Å		1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 536. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.281
最小 - 最大-0.7886247 - 1.8724227
平均 (標準偏差)0.00040179683 (±0.055326335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 536.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_55368_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_55368_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Noc2-TAP pre-60S particle - state 2

全体名称: Noc2-TAP pre-60S particle - state 2
要素
  • 複合体: Noc2-TAP pre-60S particle - state 2

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超分子 #1: Noc2-TAP pre-60S particle - state 2

超分子名称: Noc2-TAP pre-60S particle - state 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16 / 詳細: Noc2-TAP particle from untreated yeast
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11250 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0 - 4.6) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0 - 4.6) / 使用した粒子像数: 16006
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0 - 4.6)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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