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- EMDB-55321: Cryo-EM structure of yeast telomerase holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55321
タイトルCryo-EM structure of yeast telomerase holoenzyme
マップデータPost-processing map
試料
  • 複合体: Yeast telomerase holoenzyme
    • 複合体: Yeast telomerase holoenzyme
      • タンパク質・ペプチド: Telomere replication protein EST3
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
      • タンパク質・ペプチド: Telomere elongation protein EST1
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
      • RNA: TLC1 RNA
      • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードTelomerase / Telomerase RNA / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / G-quadruplex DNA formation / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / DNA/RNA helicase activity / telomerase catalytic core complex / ribonuclease P / telomerase activity / regulation of telomere maintenance via telomerase ...nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / G-quadruplex DNA formation / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / DNA/RNA helicase activity / telomerase catalytic core complex / ribonuclease P / telomerase activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / tRNA processing / maturation of 5.8S rRNA / telomeric repeat DNA binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / RNA-directed DNA polymerase / rRNA processing / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / viral translational frameshifting / GTPase activity / nucleolus / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / : ...Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal / POPLD (NUC188) domain / POP1 C-terminal domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily / Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomere elongation protein EST1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / Telomere replication protein EST3 / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Hu H / Franco-Echevarria E / Nguyen THD / Ahsan B / Oluwole A / Peak-Chew S / Robinson CV
資金援助 英国, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/19 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2026
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the budding yeast telomerase holoenzyme.
著者: Hongmiao Hu / Hannah Neumann / Gabriela M Teplitz / Elsa Franco-Echevarría / Pascal Chartrand / Raymund J Wellinger / Thi Hoang Duong Nguyen /
要旨: Telomerase is a reverse transcriptase that synthesizes telomeric repeats at chromosome ends, safeguarding genome integrity. We present the cryo-electron microscopy structure of the budding yeast ...Telomerase is a reverse transcriptase that synthesizes telomeric repeats at chromosome ends, safeguarding genome integrity. We present the cryo-electron microscopy structure of the budding yeast telomerase, which exhibits substantial divergence from its ciliate and vertebrate counterparts. The structure reveals a stable core formed by telomerase RNA TLC1; the three ever shorter telomere (Est) proteins, Est1, Est2 and Est3; and the Pop1/Pop6/Pop7 complex (Pop1/6/7). TLC1, Est3, and Pop1/6/7 serve critical roles in complex assembly. We identified a zinc finger (ZnF) motif in the telomerase reverse transcriptase (TERT) subunit Est2 that is crucial for telomerase function. Structure prediction suggests the presence of ZnFs in TERT from diverse species. These findings offer insights into the functional organization of yeast telomerase and underscore the evolutionary diversity of telomerase holoenzymes.
履歴
登録2025年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_55321.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processing map
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 343.8 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 343.8 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 343.8 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.955 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.9386962 - 2.123274
平均 (標準偏差)0.0052027986 (±0.045769572)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 343.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_55321_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refinement half-map 1

ファイルemd_55321_half_map_1.map
注釈Refinement half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refinement half-map 2

ファイルemd_55321_half_map_2.map
注釈Refinement half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast telomerase holoenzyme

全体名称: Yeast telomerase holoenzyme
要素
  • 複合体: Yeast telomerase holoenzyme
    • 複合体: Yeast telomerase holoenzyme
      • タンパク質・ペプチド: Telomere replication protein EST3
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
      • タンパク質・ペプチド: Telomere elongation protein EST1
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
      • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
      • RNA: TLC1 RNA
      • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Yeast telomerase holoenzyme

超分子名称: Yeast telomerase holoenzyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Yeast telomerase holoenzyme

超分子名称: Yeast telomerase holoenzyme / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: Yeast telomerase holoenzyme consists of protein components: Est2, Est1, Est3, Pop1-6-7, Sm proteins,Ku70/80, and a RNA component TLC1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Telomere replication protein EST3

分子名称: Telomere replication protein EST3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.5775 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MPKVILESHS KPTDSVFLQP WIKALIEDNS EHDQYHPSGH VIPSLTKQDL ALPHMSPTIL TNPCHFAKIT KFYNVCDYKV YASIRDSSH QILVEFSQEC VSNFERTHNC RITSETTNCL MIIGDADLVY VTNSRAMSHF KICLSNISSK EIVPVLNVNQ A TIFDIDQV GSLSTFPFVY KYL

UniProtKB: Telomere replication protein EST3

+
分子 #2: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 18.234959 KDa
配列文字列:
MINGVYYNEI SRDLDISSST QCLRFLKETV IPSLANNGNN STSIQYHGIS KNDNIKKSVN KLDKQINMAD RSLGLQQVVC IFSYGPHIQ KMLSILEIFK KGYIKNNKKI YQWNKLTSFD IKREGRNELQ EERLKVPILV TLVSDSEIID LNLHSFTKQ

UniProtKB: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

+
分子 #3: Telomere elongation protein EST1

分子名称: Telomere elongation protein EST1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 81.920938 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDNEEVNEEC MRLFFKNARA HLDKHLTSRL TCDENAYITF RCFLDGIHRK STRFLEELLL KQENMYHNNN YERINDSVIP LVLKLLWLQ IHEPTLQWFE HWFHDIMRLS NRRKFRVFRI FQKKMIQFFK ITHRYYYDII EHLCAKYDMN SVISNALFAK L NLMQYTDG ...文字列:
MDNEEVNEEC MRLFFKNARA HLDKHLTSRL TCDENAYITF RCFLDGIHRK STRFLEELLL KQENMYHNNN YERINDSVIP LVLKLLWLQ IHEPTLQWFE HWFHDIMRLS NRRKFRVFRI FQKKMIQFFK ITHRYYYDII EHLCAKYDMN SVISNALFAK L NLMQYTDG LSTHEKIILN TSNPLTFSIV ISLQRCVINL GSTHFYKTLL NKPSNKPKSV EGFEKSIRYL NIASLYLPAV GD TYFQRAK IYLITGKFSL YFFELVRGAL VRIPSKCALN NLKDFILTPD FPERRRLMKK LAILVSKDLK GEKSFFEGQI VLQ FLSIVE HTLVPQSWNA SRASNCWLLK EHLQMAALKY HSGNINVILE NLAATMGSFD LMFTTRKSKE QKNKLKYADL SERQ VFFLD LSFDFIANII DVVIKPSWQK NMEDFRYLAI IRLLMCWIKS YRSILQYTHR HRKFCTSFAL LLNDLINSPL NCSGN IYSH RPKRSYLFRE DIIFREFSCI NFALTDFNDD YVYDSPDMIN NIIGCPTLTK VLSPKEECVL RIRSIIFSGM KFLEKN DTG VIWNASKYKF DLISPNIKIK RQIALSEISS KINVKTQQER VVSSRKVEAK RDEQQRKRAG KIAVTELEKQ FANVRRT KK LSPLPEKDGV SSELVKHAAS RGRKTITGPL SSDFLSYPDE AIDADEDITV QVPDTPT

UniProtKB: Telomere elongation protein EST1

+
分子 #4: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.844284 KDa
配列文字列:
MALKKNTHNK STKRVTKHPS LKTLTHKQIH TTIFVKSTTP YVSALKRINK FLDSVHKQGS SYVAVLGMGK AVEKTLALGC HFQDQKNKK IEVYTKTIEV LDEVITEGQA DIDMESDVED DDKETQLKKR AVSGVELRIY V

UniProtKB: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

+
分子 #5: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 100.559555 KDa
配列文字列: MSGSLSRGNG GKKVLNKNQL LKRNRIRNAR SIRAEAVAAS STKTGTPSDL SESGSKLNVD QFISSRQFEV KQLQLAMHNS KAASSTRIF QALPRKLRRR TASHNVRRIP KRMRNRALRE MRKSDQQDVL KGSSASSRKA HGLNAKQLYK ARMSIKLLRL A SKSTSMKL ...文字列:
MSGSLSRGNG GKKVLNKNQL LKRNRIRNAR SIRAEAVAAS STKTGTPSDL SESGSKLNVD QFISSRQFEV KQLQLAMHNS KAASSTRIF QALPRKLRRR TASHNVRRIP KRMRNRALRE MRKSDQQDVL KGSSASSRKA HGLNAKQLYK ARMSIKLLRL A SKSTSMKL SMPPEVTSSN CHVRQKIKTL KRMIKESSTA NPNIKLLNNR MGSYDCTGVN ELAPIPKGRV KYTKRQKHFA WL PTHIWNA KRSHMMKRWG YQMVWAPTQK CFKLTHRLGG DTCSSDGALC MDSSYIGTII VKDKSNDSEG DFLKSIIGKL TAE RANLRK YREGQVLFQG LIYSFNEENG EDSTKPLGPC DVFWVQKDTA IIRLHPSIYT QVFNILLQHK EKLTVQDCRY SLAS VTLKG AKALESLASC LRSTEYSKSF EQFKMVSMIT DHNALPQRCT FAFEAIDPRH LAAPKKLNDS QRKTVNSDDI LSLHE NYPQ DEINAVFNEL CDPESRTQSY NNQNTLKEIS ARRYKLLTAT PNSINKTTVP FKESDDPSIP LVIIRRLKTR DWIVVL PWF WLLPLWHLLN RIPRMYHIGL RQFQQIQYEN KQLYFPDDYP FTQLGYIENS FYKKEASKTK WDRKPMGKRI NFEKIKD IH NTKLPAYSGE IGDFFSSDWR FLQILRNGID YLQRNDKTLE LMDSKKTGQF NAQGVRDINC VNDVLEFCKD YEAKTKAM S LSIEENIPVA LCKNRKCQFR TPDSISVNSS SFSLTFFPRC IIAVSCTLLE RGHPKDNARI YQVPEKDLEH WLQLAKGVY RPNGRKDHDL KIPLPEVHDL IGFITSGTYH LNCGNGMGIG FIDHHAAIRQ PTRYVLIRNV GTNTYRLGEW SKISV

UniProtKB: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

+
分子 #7: Telomerase reverse transcriptase

分子名称: Telomerase reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 102.768094 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKILFEFIQD KLDIDLQTNS TYKENLKCGH FNGLDEILTT CFALPNSRKI ALPCLPGDLS HKAVIDHCII YLLTGELYNN VLTFGYKIA RNEDVNNSLF CHSANVNVTL LKGAAWKMFH SLVGTYAFVD LLINYTVIQF NGQFFTQIVG NRCNEPHLPP K WAQRSSSS ...文字列:
MKILFEFIQD KLDIDLQTNS TYKENLKCGH FNGLDEILTT CFALPNSRKI ALPCLPGDLS HKAVIDHCII YLLTGELYNN VLTFGYKIA RNEDVNNSLF CHSANVNVTL LKGAAWKMFH SLVGTYAFVD LLINYTVIQF NGQFFTQIVG NRCNEPHLPP K WAQRSSSS SATAAQIKQL TEPVTNKQFL HKLNINSSSF FPYSKILPSS SSIKKLTDLR EAIFPTNLVK IPQRLKVRIN LT LQKLLKR HKRLNYVSIL NSICPPLEGT VLDLSHLSRQ SPKERVLKFI IVILQKLLPQ EMFGSKKNKG KIIKNLNLLL SLP LNGYLP FDSLLKKLRL KDFRWLFISD IWFTKHNFEN LNQLAICFIS WLFRQLIPKI IQTFFYCTEI SSTVTIVYFR HDTW NKLIT PFIVEYFKTY LVENNVCRNH NSYTLSNFNH SKMRIIPKKS NNEFRIIAIP CRGADEEEFT IYKENHKNAI QPTQK ILEY LRNKRPTSFT KIYSPTQIAD RIKEFKQRLL KKFNNVLPEL YFMKFDVKSC YDSIPRMECM RILKDALKNE NGFFVR SQY FFNTNTGVLK LFNVVNASRV PKPYELYIDN VRTVHLSNQD VINVVEMEIF KTALWVEDKC YIREDGLFQG SSLSAPI VD LVYDDLLEFY SEFKASPSQD TLILKLADDF LIISTDQQQV INIKKLAMGG FQKYNAKANR DKILAVSSQS DDDTVIQF C AMHIFVKELE VWKHSSTMNN FHIRSKSSKG IFRSLIALFN TRISYKTIDT NLNSTNTVLM QIDHVVKNIS ECYKSAFKD LSINVTQNMQ FHSFLQRIIE MTVSGCPITK CDPLIEYEVR FTILNGFLES LSSNTSKFKD NIILLRKEIQ HLQAYIYIYI HIVN

UniProtKB: Telomerase reverse transcriptase

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分子 #6: TLC1 RNA

分子名称: TLC1 RNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 370.246406 KDa
配列文字列: GAGAGGAAGA UAGGUACCCU AUGAAAAUGU CAAUGGCUGU UGCGUUUGCU UAAUCGUAUU UUUUUUUUUU UCAGUCCGUG UUUUUUGUA CAUUCUACGU UUGAGUUUUC CAUCAUGCAG GCCUCAGAAA UUUGGUAGGC ACUCGAUGGU GAAGAGAUAG U GUCGGAUU ...文字列:
GAGAGGAAGA UAGGUACCCU AUGAAAAUGU CAAUGGCUGU UGCGUUUGCU UAAUCGUAUU UUUUUUUUUU UCAGUCCGUG UUUUUUGUA CAUUCUACGU UUGAGUUUUC CAUCAUGCAG GCCUCAGAAA UUUGGUAGGC ACUCGAUGGU GAAGAGAUAG U GUCGGAUU UCGGAUUGAU CUUUCAGUUG AUAGCCUGCU GCUCUUUUCU UUUCCAAAGA AUUUCGAGUA UGCUGGUGUC AG UGUAGAU GCUUGUGUGU GCGCAAUUUG UGGUUUUUUA UUGUGUUUCU ACUUAUAGAU GGCUAAAAUC UGAGUUUAGA AAA UGCAAA CCGUAAAUUC UUAAACACUG CUAUUGCAUU UAGUUGCUAA AGCAGUGUUU UUGAACUUAU UCCUGUUAUU CCUU CUUCG UACCGAUCCU CUUCUCGACC UAACCUUUUA AUUACCAUGG GAAGCCUACC AUCACCACAC CCACACACAA AUGUU ACAG CUAAUUGUUU AUUAGCAAAG UUUGCACGAG UUCGCUGUUU AUUUUUUUCU CGUUUUCUUA UACCUAGUAU UUUUUC UGA CACUGUUUAA GGUGACAGAA AAAAAGGAGU UUAAGUUAGA UUUGCAAACA GACGGUGCUA AGCGCUGUCA CUUUAUG UC UAUCUUAUCG UUAACUCUGG AAAAAGAAAA AGGAAAAAGA ACGUCAGGGA ACAUGAGUAU AUAUAGAAAU GGUUUAUU C UAGUUUUUUC CGUUUUUUCA GUAGAUUUUU GCCUUUAAAA GAAUAAAUCC CACUACAAAA AGGUAAAAUA AAAAAUCUA UUCACUGAAC UUACUGAUGA AAUUUCCAAA UGUGCCCCGU ACAUCGAACG AUGUGACAGA GAAAAAUACG AGUAGGUAAA UAAGCCAAA AGGCAAGGGU GUCCUUUCUU AAGCAUCGGU UAGGUUUGCG GGCGAUCAGU AACUGAACAA UGACACAAGA U CAAGAACG UAAUUUGAGA UUUUUCAAGA UGGUUUUUUU AGGUAUCUAU UAAAACUACU UUGAUGAUCA AUACGGUAUU UU UGUCGCA UUAUUUUCCA AGCGGAAGGA ACCGUGUGUU CAUUUUAUGA AUCUUGGUGU UGUAUUCACA GCUACUUCUC CUA AUGCCU UCGAUGCAUU UAGAUAAUUU UUGGAAACAU U

GENBANK: GENBANK: U14595.1

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
1.0 %C3H8O3glycerol
0.05 %(C2H4O)nC14H22OIgepal CA-630
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
0.2 mMC7H7FO2SPhenylmethanesulfonyl fluoride

詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES NaOH pH 8.0, 2 mM MgCl2, 1% glycerol, 0.05% IGEPAL CA-630, 1 mM DTT, 0.2 mM PMSF
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot Force: 10 Blot Time: 7.0 s Wait Time: 5 min.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 78.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 24936 / 平均露光時間: 4.4 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Images were processed using RELION5.0 and cryoSPARC
粒子像選択選択した数: 1876851
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 125104
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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