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- EMDB-55310: CryoCARE-denoised tomogram of two cholesterol-depleted HEK293 cel... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55310
タイトルCryoCARE-denoised tomogram of two cholesterol-depleted HEK293 cells in close contact
マップデータCryoCARE-denoised tomogram (bin4) containing two HEK293 cells treated for 30 min with 10 mM MBCD in close contact. Visible features include both plasma membranes and the mitochondria of one cell.
試料
  • 細胞: CryoCARE-denoised tomogram of two cholesterol-depleted HEK293 cells in close contact
キーワードplasma membrane / UNKNOWN FUNCTION
生物種HEK293 (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Glushkova D / Boehm S / Beck M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2026
タイトル: Systematic membrane thickness variation across cellular organelles revealed by cryo-ET.
著者: Desislava Glushkova / Stefanie Böhm / Martin Beck /
要旨: In eukaryotes, membrane-bound organelles create distinct molecular environments. The compartmentalizing lipid bilayer is a dynamic composite material whose thickness and curvature modulate the ...In eukaryotes, membrane-bound organelles create distinct molecular environments. The compartmentalizing lipid bilayer is a dynamic composite material whose thickness and curvature modulate the structure and function of membrane proteins. In vitro, bilayer thickness correlates with lipid composition. Cellular membranes in situ, however, are continuously remodeled, and the spatial variation of their biophysical properties remains understudied. Here, we present a computational approach to measure local membrane thickness in cryo-electron tomograms. Our analysis of Chlamydomonas reinhardtii and human cells reveals systematic thickness variations within and across organelles. Notably, we observe thickness gradients across the Golgi apparatus that orthogonally support long-standing models of differential sorting of transmembrane proteins based on hydrophobic matching. Our publicly available workflow readily integrates within existing tomogram analysis pipelines and, when applied across experimental systems, provides a quantitative foundation for exploring relationships between membrane thickness and function in native cellular environments.
履歴
登録2025年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55310.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoCARE-denoised tomogram (bin4) containing two HEK293 cells treated for 30 min with 10 mM MBCD in close contact. Visible features include both plasma membranes and the mitochondria of one cell.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.88 Å/pix.
x 550 pix.
= 4336.2 Å		7.88 Å/pix.
x 1024 pix.
= 8073.216 Å		7.88 Å/pix.
x 1024 pix.
= 8073.216 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.884 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.033107884 - 0.01337651
平均 (標準偏差)-0.000013614696 (±0.0006266287)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ10241024550
Spacing10241024550
セルA: 8073.216 Å / B: 8073.216 Å / C: 4336.1997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CryoCARE-denoised tomogram of two cholesterol-depleted HEK293 cel...

全体名称: CryoCARE-denoised tomogram of two cholesterol-depleted HEK293 cells in close contact
要素
  • 細胞: CryoCARE-denoised tomogram of two cholesterol-depleted HEK293 cells in close contact

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超分子 #1: CryoCARE-denoised tomogram of two cholesterol-depleted HEK293 cel...

超分子名称: CryoCARE-denoised tomogram of two cholesterol-depleted HEK293 cells in close contact
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: HEK293 (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 名称: Methyl-beta-cyclodextrin
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: SILICON DIOXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.1 / 集束イオンビーム - 時間: 3600 / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2 FIB-SEM. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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