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万見
- EMDB-5528: Cryo-EM structure of the contracted bacteriophage T4 tail contain... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5528
タイトルCryo-EM structure of the contracted bacteriophage T4 tail containing the collar and whiskers made of fibritin molecules.
マップデータCryo-EM reconstruction of the contracted T4 tail containing the collar and whiskers
試料
  • 試料: bacteriophage T4
  • ウイルス: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
キーワードbacteriophage / T4 / phage / collar / whiskers / fibritin
機能・相同性Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / virion component / Fibritin
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Fokine A / Zhang Z / Kanamaru S / Bowman VD / Aksyuk AA / Arisaka F / Rao VB / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013
タイトル: The molecular architecture of the bacteriophage T4 neck.
著者: Andrei Fokine / Zhihong Zhang / Shuji Kanamaru / Valorie D Bowman / Anastasia A Aksyuk / Fumio Arisaka / Venigalla B Rao / Michael G Rossmann /
要旨: A hexamer of the bacteriophage T4 tail terminator protein, gp15, attaches to the top of the phage tail stabilizing the contractile sheath and forming the interface for binding of the independently ...A hexamer of the bacteriophage T4 tail terminator protein, gp15, attaches to the top of the phage tail stabilizing the contractile sheath and forming the interface for binding of the independently assembled head. Here we report the crystal structure of the gp15 hexamer, describe its interactions in T4 virions that have either an extended tail or a contracted tail, and discuss its structural relationship to other phage proteins. The neck of T4 virions is decorated by the "collar" and "whiskers", made of fibritin molecules. Fibritin acts as a chaperone helping to attach the long tail fibers to the virus during the assembly process. The collar and whiskers are environment-sensing devices, regulating the retraction of the long tail fibers under unfavorable conditions, thus preventing infection. Cryo-electron microscopy analysis suggests that twelve fibritin molecules attach to the phage neck with six molecules forming the collar and six molecules forming the whiskers.
履歴
登録2012年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年12月5日-
マップ公開2013年3月6日-
更新2013年5月15日-
現状2013年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j2o
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j2o
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5528_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the contracted T4 tail containing the collar and whiskers
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.57 Å/pix.
x 250 pix.
= 893. Å		3.57 Å/pix.
x 250 pix.
= 893. Å		3.57 Å/pix.
x 250 pix.
= 893. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.572 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-7.67521191 - 11.692408560000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-125-125-125
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 893.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.5723.5723.572
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z893.000893.000893.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-125-125-125
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-7.67511.692-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : bacteriophage T4

全体名称: bacteriophage T4 (ファージ)
要素
  • 試料: bacteriophage T4
  • ウイルス: Enterobacteria phage T4 (ファージ)

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超分子 #1000: bacteriophage T4

超分子名称: bacteriophage T4 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The phage tails were contracted using 4M urea. / Number unique components: 1

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超分子 #1: Enterobacteria phage T4

超分子名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Enterobacteria phage T4 / NCBI-ID: 10665 / 生物種: Enterobacteria phage T4 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Enterobacteria phage T4
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M NaCl, 8 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2007年3月7日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 97 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39190 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: The reconstruction of the contracted T4 tail which lacked the collar and whiskers (EMDB accession code 1086; Leiman et al., 2004, Cell 118, 419-429) was used as the initial model.
使用した粒子像数: 2727

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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