[日本語] English
万見
- EMDB-55211: In situ cryo-ET tomogram of HeLa TMEM192-3xHA ASAH1-/- cell showc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55211
タイトルIn situ cryo-ET tomogram of HeLa TMEM192-3xHA ASAH1-/- cell showcasing an endolysosomal structure
マップデータIn situ cryo-ET tomogram of HeLa TMEM192-3xHA ASAH1-/- cell.
試料
  • 細胞: HeLa TMEM192-3xHA
キーワードLysosome / Endosome / Ultrastructure / Organelle / ENDOCYTOSIS
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kraus F / Li D / Wilfling F / Harper JW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Aligning Science Across Parkinsons (ASAP)ASAP-000282 and 024268 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Proteome Landscapes Decode Organelle Vulnerabilities in cortical and dopaminergic-like induced neurons Across Lysosomal Storage Disorders.
著者: Felix Kraus / Yuchen He / Yizhi Jiang / Delong Li / Yohannes A Ambaw / Federico M Gasparoli / Joao A Paulo / Tobias C Walther / Robert Farese / Steven P Gygi / Florian Wilfling / J Wade Harper
要旨: Lysosomes maintain cellular homeostasis by degrading proteins delivered via endocytosis and autophagy and recycling building blocks for organelle biogenesis. Lysosomal Storage Disorders (LSDs) ...Lysosomes maintain cellular homeostasis by degrading proteins delivered via endocytosis and autophagy and recycling building blocks for organelle biogenesis. Lysosomal Storage Disorders (LSDs) comprise a broad group of diseases affecting lysosomal degradation, ion flux, and lipid catabolism. Within this group, sphingolipidoses genes involved in glycosphingolipid breakdown are known (GBA1) or candidate (SMPD1, ASAH1) risk factors for Parkinsons Disease, though disease mechanisms remain unclear. Using our previously reported LSD mutant proteomic landscape in HeLa cells, we observed pronounced variability in endolysosomal proteome signatures among sphingolipid pathway mutants, with ASAH1 knockout cells showing altered lysosomal lipid composition, impaired endocytic trafficking, and disrupted ultrastructure by cryo-electron tomography. To extend these findings in a more physiologic context, we generated a human embryonic stem (ES) cell library comprising 23 LSD gene knockouts and profiled proteomic changes during differentiation into cortical and midbrain dopaminergic neurons over a 7 to 10 week period. LSD mutants exhibited lineage-specific alterations in organellar proteomes, revealing diverse vulnerabilities. Notably, GBA1 knockout and ASAH1knockout dopaminergic neurons showed disruptions in synaptic and mitochondrial compartments, correlating with impaired dopaminergic neuronal firing and disrupted presynaptic protein localization. This LSD mutant toolkit and associated proteomic landscape provides a resource for defining molecular signatures of LSD gene loss and highlights convergence of lysosomal dysfunction, synaptic integrity, and mitochondrial health as potential links between sphingolipidoses and PD risk.
履歴
登録2025年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_55211.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55211.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ cryo-ET tomogram of HeLa TMEM192-3xHA ASAH1-/- cell.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.88 Å/pix.
x 574 pix.
= 4525.416 Å		7.88 Å/pix.
x 1024 pix.
= 8073.216 Å		7.88 Å/pix.
x 1024 pix.
= 8073.216 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.884 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.068181515 - 0.027204413
平均 (標準偏差)0.0000011215373 (±0.00043029583)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ10241024574
Spacing10241024574
セルA: 8073.216 Å / B: 8073.216 Å / C: 4525.416 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : HeLa TMEM192-3xHA

全体名称: HeLa TMEM192-3xHA
要素
  • 細胞: HeLa TMEM192-3xHA

-
超分子 #1: HeLa TMEM192-3xHA

超分子名称: HeLa TMEM192-3xHA / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa TMEM192-3xHA Control

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: SILICON DIOXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 1 / 集束イオンビーム - 時間: 120 / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 130
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos2 FIB/SEM. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.
位置合わせマーカーManufacturer: Thermo Fisher Scientific / 直径: 100 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.12.62) / ソフトウェア - 詳細: AreTomo2 v.1.0.0 / 詳細: Denoising of tomogram using cryoCARE / 使用した粒子像数: 61
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る