[日本語] English
万見
- EMDB-55099: Structure of cis-basal conformer of human CBS induced by non-acti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55099
タイトルStructure of cis-basal conformer of human CBS induced by non-activating allosteric SAO ligand - by single particle approach.
マップデータ
試料
  • 複合体: human CBS protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Cystathionine beta-synthase
  • タンパク質・ペプチド: Cystathionine beta-synthase
  • リガンド: SINEFUNGIN
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
キーワードtranssulfuration pathway / L-serine hydro-lyase / heme-binding protein / CBS domain / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine formation from homocysteine / L-homocysteine catabolic process / modified amino acid binding / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / carbon monoxide binding / hydrogen sulfide biosynthetic process / L-serine catabolic process / homocysteine metabolic process ...Cysteine formation from homocysteine / L-homocysteine catabolic process / modified amino acid binding / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / carbon monoxide binding / hydrogen sulfide biosynthetic process / L-serine catabolic process / homocysteine metabolic process / L-cysteine catabolic process / L-cysteine biosynthetic process / L-serine metabolic process / transsulfuration / nitric oxide binding / DNA protection / S-adenosyl-L-methionine binding / nitrite reductase (NO-forming) activity / oxygen binding / response to nutrient levels / cellular response to insulin stimulus / pyridoxal phosphate binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily ...Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.11 Å
データ登録者Inayathulla M / Tomas M
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis for a filamentous morpheein model of human cystathionine beta-synthase.
著者: Inayathulla Mohammed / Ela Mijatovic / Thilo Magnus Philipp / Lucia Janickova / Kelly Ascencao / Francisco J Asturias / Luis Alfonso Martinez-Cruz / Csaba Szabo / Henning Stahlberg / Tomas Majtan /
要旨: Human cystathionine beta-synthase (CBS) is a vital enzyme that regulates sulfur amino acid metabolism, hydrogen sulfide production, and cellular redox balance. Using a multidisciplinary approach, we ...Human cystathionine beta-synthase (CBS) is a vital enzyme that regulates sulfur amino acid metabolism, hydrogen sulfide production, and cellular redox balance. Using a multidisciplinary approach, we demonstrate that CBS functions as a filamentous morpheein, with its stability, turnover, and activity governed by dynamic quaternary structural transitions. Three distinct filamentous assemblies were resolved by cryo-EM and are mediated by the oligomerization loop (residues 516-525): (i) ligand-free trans-dimers that form trans-basal filaments with basal stability and activity, (ii) adenosylornithine-bound cis-dimers that assemble into stabilized cis-basal filaments and (iii) S-adenosylmethionine-bound allo-dimers, which, together with cis-dimers, form highly stable, allo-activated stacked filaments. These reversible filamentous assemblies redefine CBS biology by integrating oligomerization and allosteric regulation within a morpheein framework. These findings provide a transformative perspective on CBS function and open avenues for pharmacological targeting of dysregulated CBS in various diseases including homocystinuria, cancer, and Down syndrome.
履歴
登録2025年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年7月29日-
マップ公開2026年7月29日-
更新2026年9月2日-
現状2026年9月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_55099.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.33872378 - 0.7105725
平均 (標準偏差)0.0005593959 (±0.013039743)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_55099_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_55099_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_55099_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_55099_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : human CBS protein complex

全体名称: human CBS protein complex
要素
  • 複合体: human CBS protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Cystathionine beta-synthase
  • タンパク質・ペプチド: Cystathionine beta-synthase
  • リガンド: SINEFUNGIN
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

-
超分子 #1: human CBS protein complex

超分子名称: human CBS protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Cystathionine beta-synthase

分子名称: Cystathionine beta-synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cystathionine beta-synthase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.665375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPSETPQAEV GPTGCPHRSG PHSAKGSLEK GSPEDKEAKE PLWIRPDAPS RCTWQLGRPA SESPHHHTAP AKSPKILPDI LKKIGDTPM VRINKIGKKF GLKCELLAKC EFFNAGGSVK DRISLRMIED AERDGTLKPG DTIIEPTSGN TGIGLALAAA V RGYRCIIV ...文字列:
MPSETPQAEV GPTGCPHRSG PHSAKGSLEK GSPEDKEAKE PLWIRPDAPS RCTWQLGRPA SESPHHHTAP AKSPKILPDI LKKIGDTPM VRINKIGKKF GLKCELLAKC EFFNAGGSVK DRISLRMIED AERDGTLKPG DTIIEPTSGN TGIGLALAAA V RGYRCIIV MPEKMSSEKV DVLRALGAEI VRTPTNARFD SPESHVGVAW RLKNEIPNSH ILDQYRNASN PLAHYDTTAD EI LQQCDGK LDMLVASVGT GGTITGIARK LKEKCPGCRI IGVDPEGSIL AEPEELNQTE QTTYEVEGIG YDFIPTVLDR TVV DKWFKS NDEEAFTFAR MLIAQEGLLC GGSAGSTVAV AVKAAQELQE GQRCVVILPD SVRNYMTKFL SDRWMLQKGF LKEE DLTEK KPWWWHLRVQ ELGLSAPLTV LPTITCGHTI EILREKGFDQ APVVDEAGVI LGMVTLGNML SSLLAGKVQP SDQVG KVIY KQFKQIRLTD TLGRLSHILE MDHFALVVHE QIQYHSTGKS SQRQMVFGVV TAIDLLNFVA AQERDQK

UniProtKB: Cystathionine beta-synthase

-
分子 #2: Cystathionine beta-synthase

分子名称: Cystathionine beta-synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cystathionine beta-synthase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.8935 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPSETPQAEV GPTGCPHRSG PHSAKGSLEK GSPEDKEAKE PLWIRPDAPS RCTWQLGRPA SESPHHHTAP AKSPKILPDI LKKIGDTPM VRINKIGKKF GLKCELLAKC EFFNAGGSV(LLP) DRISLRMIED AERDGTLKPG DTIIEPTSGN TGIGLAL AA ...文字列:
MPSETPQAEV GPTGCPHRSG PHSAKGSLEK GSPEDKEAKE PLWIRPDAPS RCTWQLGRPA SESPHHHTAP AKSPKILPDI LKKIGDTPM VRINKIGKKF GLKCELLAKC EFFNAGGSV(LLP) DRISLRMIED AERDGTLKPG DTIIEPTSGN TGIGLAL AA AVRGYRCIIV MPEKMSSEKV DVLRALGAEI VRTPTNARFD SPESHVGVAW RLKNEIPNSH ILDQYRNASN PLAHYDTT A DEILQQCDGK LDMLVASVGT GGTITGIARK LKEKCPGCRI IGVDPEGSIL AEPEELNQTE QTTYEVEGIG YDFIPTVLD RTVVDKWFKS NDEEAFTFAR MLIAQEGLLC GGSAGSTVAV AVKAAQELQE GQRCVVILPD SVRNYMTKFL SDRWMLQKGF LKEEDLTEK KPWWWHLRVQ ELGLSAPLTV LPTITCGHTI EILREKGFDQ APVVDEAGVI LGMVTLGNML SSLLAGKVQP S DQVGKVIY KQFKQIRLTD TLGRLSHILE MDHFALVVHE QIQYHSTGKS SQRQMVFGVV TAIDLLNFVA AQERDQK

UniProtKB: Cystathionine beta-synthase

-
分子 #3: SINEFUNGIN

分子名称: SINEFUNGIN / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: SFG
分子量理論値: 381.387 Da
Chemical component information

ChemComp-SFG:
SINEFUNGIN

-
分子 #4: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 106308
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9spw:
Structure of cis-basal conformer of human CBS induced by non-activating allosteric SAO ligand - by single particle approach.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る