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- EMDB-54924: Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54924
タイトルChromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Borealin
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (147-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Inner centromere protein
キーワードNucleosome-binding DNA-binding Stabilising Nucleosome Acidic-patch interaction / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


central element / meiotic spindle midzone / chromosome localization / survivin complex / meiotic spindle midzone assembly / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle midzone assembly ...central element / meiotic spindle midzone / chromosome localization / survivin complex / meiotic spindle midzone assembly / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / interphase microtubule organizing center / chromosome passenger complex / lateral element / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cobalt ion binding / protein-containing complex localization / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / nuclear chromosome / spindle midzone / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / mitotic cytokinesis / mitotic sister chromatid segregation / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / chromosome organization / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / pericentric heterochromatin / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / positive regulation of mitotic cell cycle / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / molecular function activator activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / mitotic spindle organization / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / spindle microtubule / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / chromosome segregation / centriole / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / tubulin binding / sensory perception of sound / RHO GTPases Activate Formins / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / G2/M DNA damage checkpoint / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / kinetochore / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / small GTPase binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / Separation of Sister Chromatids / UCH proteinases
類似検索 - 分子機能
Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Inner centromere protein, ARK binding region / : ...Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Inner centromere protein, ARK binding region / : / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Histone H2B type 1-J / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Borealin / Inner centromere protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Gireesh A / Abad MA / Sotelo-Parrilla P / Jeyaprakash AA
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Nucleosome interaction of the CPC secures centromeric chromatin integrity and chromosome segregation fidelity.
著者: Anjitha Gireesh / Maria Alba Abad / Ryu-Suke Nozawa / Paula Sotelo-Parrilla / Léa C Dury / Mariia Likhodeeva / Martin Wear / Christos Spanos / Cristina Cardenal Peralta / Juri Rappsilber / ...著者: Anjitha Gireesh / Maria Alba Abad / Ryu-Suke Nozawa / Paula Sotelo-Parrilla / Léa C Dury / Mariia Likhodeeva / Martin Wear / Christos Spanos / Cristina Cardenal Peralta / Juri Rappsilber / Karl-Peter Hopfner / Marcus D Wilson / Willem Vanderlinden / Toru Hirota / A Arockia Jeyaprakash /
要旨: The chromosomal passenger complex (CPC; Borealin-Survivin-INCENP-Aurora B kinase) ensures accurate chromosome segregation by orchestrating sister chromatid cohesion, error correction of kinetochore- ...The chromosomal passenger complex (CPC; Borealin-Survivin-INCENP-Aurora B kinase) ensures accurate chromosome segregation by orchestrating sister chromatid cohesion, error correction of kinetochore-microtubule attachments, and spindle assembly checkpoint signaling. Correct spatiotemporal regulation of CPC is critical for its function. Phosphorylations of histone H3 Thr3 and histone H2A Thr120 and modification-independent nucleosome interactions involving Survivin and Borealin contribute to CPC centromere enrichment. However, how various nucleosome binding elements collectively contribute to CPC centromere enrichment at the mechanistic level, and whether CPC has any non-catalytic role at centromere remain open questions. Combining the high-resolution cryo-EM structure of a CPC-bound H3Thr3ph nucleosome with atomic force microscopy and biochemical and cellular assays, we demonstrate that CPC employs multipartite interactions, which facilitate its engagement with nucleosome acidic patch and the DNA entry-exit site. Perturbing the CPC-nucleosome interaction compromises chromatin protection against MNase digestion in vitro, and centromeric chromatin stability and error-free chromosome segregation in cells. Our work suggests a non-catalytic chromatin-stabilizing role of CPC in maintaining centromeric chromatin features critical for kinetochore function.
履歴
登録2025年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54924.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 279.168 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 279.168 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 279.168 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.727 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.061
最小 - 最大-0.32538873 - 0.9028934
平均 (標準偏差)-0.0004064405 (±0.028908184)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 279.168 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_54924_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54924_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54924_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome

全体名称: Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome
要素
  • 複合体: Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Borealin
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (147-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Inner centromere protein

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超分子 #1: Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome

超分子名称: Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
詳細: Cryo-EM Structure of CPC in complex with H3T3ph Nucleosome
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 341 KDa

+
分子 #1: Borealin

分子名称: Borealin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.376041 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MAPRKGSSRV AKTNSLRRRK LASFLKDFDR EVEIRIKQIE SDRQNLLKEV DNLYNIEILR LPKALREMNW LDYFALGGNK QALEEAATA DLDITEINKL TAEAIQTPLK SAKTRKVIQV DEMIVEEEEE EENERKNLQT ARVKRCPPSK KRTQSIQGKG K GKRSSRAN ...文字列:
MAPRKGSSRV AKTNSLRRRK LASFLKDFDR EVEIRIKQIE SDRQNLLKEV DNLYNIEILR LPKALREMNW LDYFALGGNK QALEEAATA DLDITEINKL TAEAIQTPLK SAKTRKVIQV DEMIVEEEEE EENERKNLQT ARVKRCPPSK KRTQSIQGKG K GKRSSRAN TVTPAVGRLE VSMVKPTPGL TPRFDSRVFK TPGLRTPAAG ERIYNISGNG SPLADSKEIF LTVPVGGGES LR LLASDLQ RHSIAQLDPE ALGNIKKLSN RLAQICSSIR THK

UniProtKB: Borealin

+
分子 #2: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.30393 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #3: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #4: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.990342 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGK VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1

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分子 #5: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.804045 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

+
分子 #8: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.414736 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MGAPTLPPAW QPFLKDHRIS TFKNWPFLEG CACTPERMAE AGFIHCPTEN EPDLAQCFFC FKELEGWEPD DDPIEEHKKH SSGCAFLSV KKQFEELTLG EFLKLDRERA KNKIAKETNN KKKEFEETAK KVRRAIEQLA AMD

UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

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分子 #9: Inner centromere protein

分子名称: Inner centromere protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.620344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MGTTAPGPIH LLELCDQKLM EFLCNMDNKD LVWLEEIQEE AERMFTREFS KEPELMPKTP SQKNRRKKRR ISYVQDENRD PIRRRLSRR KSRSSQLSSR RLRSKDSVEK LATVVGENGS VLRRVTRAAA AAAAATMALA APSSPTPESP TMLTKKPEDN H TQCQLVPV ...文字列:
MGTTAPGPIH LLELCDQKLM EFLCNMDNKD LVWLEEIQEE AERMFTREFS KEPELMPKTP SQKNRRKKRR ISYVQDENRD PIRRRLSRR KSRSSQLSSR RLRSKDSVEK LATVVGENGS VLRRVTRAAA AAAAATMALA APSSPTPESP TMLTKKPEDN H TQCQLVPV VEIGISERQN AEQHVTQLMS TEPLPRTLSP TPASATAPTS QGIPTSDEES TPKKSKARIL ESITVSSLMA TP QDPKGQG VGTGRSASKL RIAQVSPGPR DSPAFPDSPW RERVLAPILP DNFSTPTGSR TDSQSVRHSP IAPSSPSPQV LAQ KYSLVA KQESVVRRAS RRLAKKTAEE PAASGRIICH SYLERLLNVE VPQKVGSEQK EPPEEAEPVA AAEPEVPENN GNNS WPHND TEIANSTPNP KPAASSPETP SAGQQEAKTD QADGPREPPQ SARRKRSYKQ AVSELDEEQH LEDEELQPPR SKTPS SPCP ASKVVRPLRT FLHTVQRNQM LMTPTSAPRS VMKSFIKRNT PLRMDPKCSF VEKERQRLEN LRRKEEAEQL RRQKVE EDK RRRLEEVKLK REERLRKVLQ ARERVEQMKE EKKKQIEQKF AQIDEKTEKA KEERLAEEKA KKKAAAKKME EVEARRK QE EEARRLRWLQ QEEEERRHQE LLQKKKEEEQ ERLRKAAEAK RLAEQREQER REQERREQER REQERREQER REQERQLA E QERRREQERL QAERELQERE KALRLQKEQL QRELEEKKKK EEQQRLAERQ LQEEQEKKAK EAAGASKALN VTVDVQSPA CTSYQMTPQG HRAPPKINPD NYGMDLNSDD STDDEAHPRK PIPTWARGTP LSQAIIHQYY HPPNLLELFG TILPLDLEDI FKKSKPRYH KRTSSAVWNS PPLQGARVPS SLAYSLKKH

UniProtKB: Inner centromere protein

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分子 #6: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.64407 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

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分子 #7: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.105727 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.115 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 75653
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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