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- EMDB-54907: Cryo-EM structure of the endogeneous MIWI in complex with pachyte... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54907
タイトルCryo-EM structure of the endogeneous MIWI in complex with pachytene piRNA at 3.3A
マップデータ
試料
  • 複合体: MIWI in complex with piRNA
    • タンパク質・ペプチド: Piwi-like protein 1
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*CP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードMIWI / PIWIL1 / piRNA / slicer / pachytene piRNA / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / regulation of cytoplasmic translation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing / sperm DNA condensation / chromatoid body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ ...primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / regulation of cytoplasmic translation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing / sperm DNA condensation / chromatoid body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / dense body / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / hydrolase activity / mRNA binding / protein kinase binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GAGE / GAGE protein / GAGE / Piwi, N-terminal domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi ...GAGE / GAGE protein / GAGE / Piwi, N-terminal domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Piwi-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Raad NG / Fernandez-Rodriguez C / Pandey RR / Mohammed I / Uchikawa E / Burger F / Homolka D / Pillai RS
資金援助 スイス, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_215346 スイス
Swiss National Science Foundation#51NF40-205601 スイス
Other privateThe Lalor Foundation
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2026
タイトル: Structure of the MIWI endoribonuclease bound to pachytene piRNAs from mouse testes.
著者: Nicole Raad / Carmen Fernandez-Rodriguez / Radha Raman Pandey / Inayathulla Mohammed / Emiko Uchikawa / Fabienne Burger / David Homolka / Ramesh S Pillai /
要旨: PIWI-interacting RNAs (piRNAs) guide PIWI endoribonucleases to destroy transposon transcripts, ensuring animal fertility. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the MIWI-pachytene ...PIWI-interacting RNAs (piRNAs) guide PIWI endoribonucleases to destroy transposon transcripts, ensuring animal fertility. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the MIWI-pachytene piRNA complex isolated from mouse testes. The piRNA is held via non-specific charge-based interactions with the RNA backbone and by specific recognition of the first nucleotide uridine by residues within the MID and PIWI domains. The first six nucleotides of the guide RNA take up the A-form conformation to facilitate pairing with the target. The RNA channel is wider than that observed in insect PIWI proteins, explaining the tolerance for piRNA seed:target mismatches. The PIWI endonuclease domain is in an inactive "un-plugged" state, with the loop containing a catalytic residue (E671) requiring structural re-orientation for activity. Furthermore, the PIWI domain reveals a conserved pre-formed pocket that may serve to accommodate a conserved tryptophan from the interacting factor GTSF1 to promote small RNA-guided endoribonuclease activity.
履歴
登録2025年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54907.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 256 pix.
= 351.92 Å		1.37 Å/pix.
x 256 pix.
= 351.92 Å		1.37 Å/pix.
x 256 pix.
= 351.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37469 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.35053465 - 0.7827391
平均 (標準偏差)0.0002997995 (±0.012817524)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 351.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_54907_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54907_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54907_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MIWI in complex with piRNA

全体名称: MIWI in complex with piRNA
要素
  • 複合体: MIWI in complex with piRNA
    • タンパク質・ペプチド: Piwi-like protein 1
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*CP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: MIWI in complex with piRNA

超分子名称: MIWI in complex with piRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Piwi-like protein 1

分子名称: Piwi-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 99.751188 KDa
配列文字列: MTGRARARAR GRARGQETVQ HVGAAASQQP GYIPPRPQQS PTEGDLVGRG RQWSHPQFEK RGMVVGATSK SQELQISAGF QELSLAERG GRRRDFHDLG VNTRQNLDHV KESKTGSSGI IVKLSTNHFR LTSRPQWALY QYHIDYNPLM EARRLRSALL F QHEDLIGR ...文字列:
MTGRARARAR GRARGQETVQ HVGAAASQQP GYIPPRPQQS PTEGDLVGRG RQWSHPQFEK RGMVVGATSK SQELQISAGF QELSLAERG GRRRDFHDLG VNTRQNLDHV KESKTGSSGI IVKLSTNHFR LTSRPQWALY QYHIDYNPLM EARRLRSALL F QHEDLIGR CHAFDGTILF LPKRLQHKVT EVFSQTRNGE HVRITITLTN ELPPTSPTCL QFYNIIFRRL LKIMNLQQIG RN YYNPSDP IDIPNHRLVI WPGFTTSILQ YENNIMLCTD VSHKVLRSET VLDFMFNLYQ QTEEHKFQEQ VSKELIGLIV LTK YNNKTY RVDDIDWDQN PKSTFKKADG SEVSFLEYYR KQYNQEITDL KQPVLVSQPK RRRGPGGTLP GPAMLIPELC YLTG LTDKM RNDFNVMKDL AVHTRLTPEQ RQREVGRLID YIHKDDNVQR ELRDWGLSFD SNLLSFSGRI LQSEKIHQGG KTFDY NPQF ADWSKETRGA PLISVKPLDN WLLIYTRRNY EAANSLIQNL FKVTPAMGIQ MKKAIMIEVD DRTEAYLRAL QQKVTS DTQ IVVCLLSSNR KDKYDAIKKY LCTDCPTPSQ CVVARTLGKQ QTVMAIATKI ALQMNCKMGG ELWRVDMPLK LAMIVGI DC YHDTTAGRRS IAGFVASINE GMTRWFSRCV FQDRGQELVD GLKVCLQAAL RAWSGCNEYM PSRVIVYRDG VGDGQLKT L VNYEVPQFLD CLKSVGRGYN PRLTVIVVKK RVNARFFAQS GGRLQNPLPG TVIDVEVTRP EWYDFFIVSQ AVRSGSVSP THYNVIYDSS GLKPDHIQRL TYKLCHVYYN WPGVIRVPAP CQYAHKLAFL VGQSIHREPN LSLSNRLYYL

UniProtKB: Piwi-like protein 1

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*CP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*CP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 1.836149 KDa
配列文字列:
UUACCA

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7kx7

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 444624
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9shp:
Cryo-EM structure of the endogeneous MIWI in complex with pachytene piRNA at 3.3A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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