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万見
- EMDB-5481: Cryo electron tomography of sensory cilia in normal and diseased ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5481
タイトルCryo electron tomography of sensory cilia in normal and diseased retinas
マップデータReconstruction of wild type mouse photoreceptor primary cilium
試料
  • 試料: Wild type mouse photoreceptor primary cilium
  • 細胞器官・細胞要素: Photoreceptor primary cilium
キーワードphotoreceptor primary cilium / cryo electron tomography / rod outer segment / mouse / cilia / axoneme / retina / photoreceptor
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Gilliam JC / Chang JT / Sandoval IM / Zhang Y / Li T / Pittler SJ / Chiu W / Wensel TG
引用ジャーナル: Cell / 年: 2012
タイトル: Three-dimensional architecture of the rod sensory cilium and its disruption in retinal neurodegeneration.
著者: Jared C Gilliam / Juan T Chang / Ivette M Sandoval / Youwen Zhang / Tiansen Li / Steven J Pittler / Wah Chiu / Theodore G Wensel /
要旨: Defects in primary cilia lead to devastating disease because of their roles in sensation and developmental signaling but much is unknown about ciliary structure and mechanisms of their formation and ...Defects in primary cilia lead to devastating disease because of their roles in sensation and developmental signaling but much is unknown about ciliary structure and mechanisms of their formation and maintenance. We used cryo-electron tomography to obtain 3D maps of the connecting cilium and adjacent cellular structures of a modified primary cilium, the rod outer segment, from wild-type and genetically defective mice. The results reveal the molecular architecture of the cilium and provide insights into protein functions. They suggest that the ciliary rootlet is involved in cellular transport and stabilizes the axoneme. A defect in the BBSome membrane coat caused defects in vesicle targeting near the base of the cilium. Loss of the proteins encoded by the Cngb1 gene disrupted links between the disk and plasma membranes. The structures of the outer segment membranes support a model for disk morphogenesis in which basal disks are enveloped by the plasma membrane.
履歴
登録2012年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月5日-
マップ公開2012年12月12日-
更新2012年12月12日-
現状2012年12月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5481.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 119.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Reconstruction of wild type mouse photoreceptor primary cilium
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
34.93 Å/pix.
x 660 pix.
= 23053.801 Å		34.93 Å/pix.
x 147 pix.
= 5134.71 Å		34.93 Å/pix.
x 660 pix.
= 23053.801 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 34.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-5229.0 - 3563.0
平均 (標準偏差)182.502456669999987 (±297.678039549999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin7400
サイズ147660660
Spacing147660660
セルA: 23053.8 Å / B: 5134.71 Å / C: 23053.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z34.93000151515234.9334.930001515152
M x/y/z660147660
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z23053.8015134.71023053.801
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0740
NC/NR/NS660147660
D min/max/mean-5229.0003563.000182.502

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Wild type mouse photoreceptor primary cilium

全体名称: Wild type mouse photoreceptor primary cilium
要素
  • 試料: Wild type mouse photoreceptor primary cilium
  • 細胞器官・細胞要素: Photoreceptor primary cilium

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超分子 #1000: Wild type mouse photoreceptor primary cilium

超分子名称: Wild type mouse photoreceptor primary cilium / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Photoreceptor primary cilium

超分子名称: Photoreceptor primary cilium / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL / 別称: mouse / 組織: retina

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

グリッド詳細: 200 mesh copper grid with holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
日付2010年7月5日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 実像数: 63 / 平均電子線量: 90 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -58 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 66 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °

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画像解析

詳細Standard IMOD fiducial alignment with weighted back projection
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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