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- EMDB-54705: CryoEM map of Yeast RNA polymerase II elongation complex apo-state-I-A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54705
タイトルCryoEM map of Yeast RNA polymerase II elongation complex apo-state-I-A
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Yeast RNA polymerase II elongation complex
キーワードCryoEM / RNA Polymerase / Transcription
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Yi G / Li Q / Wang D / Zhang P
資金援助 英国, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102362 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM148476 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM147652 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI170791-7522 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)CA280467 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Structural Dynamics of RNA Polymerase II During Nucleotide Addition Cycle.
著者: Gangshun Yi / Qingrong Li / Hannah Holmberg / Shisheng Li / Daniel K Clare / Dong Wang / Peijun Zhang
要旨: RNA polymerase II (RNAPII) drives gene expression through iterative nucleotide addition cycles (NACs) comprising translocation, substrate binding, and catalysis. The lack of pre-catalysis and post- ...RNA polymerase II (RNAPII) drives gene expression through iterative nucleotide addition cycles (NACs) comprising translocation, substrate binding, and catalysis. The lack of pre-catalysis and post-catalysis intermediates has precluded a complete mechanistic understanding of the NAC. Here we present 43 cryo-EM structures capturing distinct stages of the RNAPII elongation complex (EC) NAC, including previously intractable transition intermediates. We establish a continuous spectrum of RNAPII EC structural dynamics during the NAC, which can be divided into two coordinated phases: a substrate-induced EC tightening phase and a post-catalysis EC relaxation phase. For the substrate-induced EC tightening phase, the substrate binding initiates allosteric conformational changes across the entire RNAPII EC, including TL folding, funnel closure, clamp closure, transcription bubble ordering, and precise alignment of the RNA 3'-end with substrate to form a catalysis-competent configuration. For the post-catalysis EC relaxation phase, we captured the long-sought, short-lived post-catalysis product state and identified a series of intermediates that reveal a reverse conformational transition that facilitates rapid translocation. Together, our findings define a comprehensive structural and dynamic framework for RNAPII NAC, yielding a "molecular movie" of RNAPII in action and revealing a fundamental principle by which the enzyme balances speed and fidelity through coordinated conformational dynamics.
履歴
登録2025年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年7月8日-
マップ公開2026年7月8日-
更新2026年7月8日-
現状2026年7月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイル公開
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.18 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.18 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 348.18 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08806 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.56366456 - 1.0123707
平均 (標準偏差)-0.0007985027 (±0.030962622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 348.18 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_54705_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_54705_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast RNA polymerase II elongation complex

全体名称: Yeast RNA polymerase II elongation complex
要素
  • 複合体: Yeast RNA polymerase II elongation complex

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超分子 #1: Yeast RNA polymerase II elongation complex

超分子名称: Yeast RNA polymerase II elongation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 513 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2e2h


詳細: 2E2H and 8U9R
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: UCSF Chimera, UCSF ChimeraX, PHENIX)
使用した粒子像数: 56940
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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