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- EMDB-54584: Arabidopsis thaliana TPLATE complex negative stain EM map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54584
タイトルArabidopsis thaliana TPLATE complex negative stain EM map
マップデータThis map is a reconstruction from negative stain EM data
試料
  • 複合体: TPLATE complex
キーワードendocytosis / plant / adaptor protein complex / TPLATE complex
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Kraus JM / Van Damme D / Pleskot R / Neubergerova M
資金援助European Union, ベルギー, チェコ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)682436European Union
Research Foundation - Flanders (FWO)G017919N ベルギー
Czech Science Foundation22-35680M チェコ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2025
タイトル: A combined biochemical and computational approach provides evidence for membrane remodelling by the structural scaffold of the endocytic TPLATE complex.
著者: Julia M Kraus / Michaela Neubergerová / Alvaro Furones Cuadrado / Neeltje Schilling / Dominique Eeckhout / Nancy De Winne / Eveline Van De Slijke / Michaël Vandorpe / Klaas Yperman / ...著者: Julia M Kraus / Michaela Neubergerová / Alvaro Furones Cuadrado / Neeltje Schilling / Dominique Eeckhout / Nancy De Winne / Eveline Van De Slijke / Michaël Vandorpe / Klaas Yperman / Evelien Mylle / Marcus Fislage / Geert De Jaeger / Roman Pleskot / Daniël Van Damme /
要旨: Eukaryotic cells maintain homeostasis of their outer membrane by controlled internalization of lipid and protein constituents via endocytosis. Endocytosis is evolutionary conserved and uses similarly ...Eukaryotic cells maintain homeostasis of their outer membrane by controlled internalization of lipid and protein constituents via endocytosis. Endocytosis is evolutionary conserved and uses similarly folded domains. How these structural folds are combined into proteins and protein complexes, however, differs between eukaryotic kingdoms. The TPLATE complex (TPC) in plants is an evolutionary ancient protein module that combines several protein domains with a conserved role in endocytosis into a single octameric protein complex. Its molecular architecture, lipid-nucleated condensate formation and requirement for clathrin cage curvature revealed its function in endocytosis initiation in plants. Mechanistic understanding of how this complex drives membrane deformation during plant endocytosis is, however, lacking. Here we used an integrative structural approach to obtain a precise molecular structure of the TPC of Arabidopsis thaliana. In addition, our approach allowed visualizing the structural flexibility that hallmarks this enigmatic complex. We prove that the intrinsic structural flexibility is required for its functionality and membrane recruitment. The membrane-binding interface consists of several domains with differential lipid preferences. Finally, we demonstrate via molecular dynamics simulations that the crescent shape of the structured part of the complex is sufficient for membrane curvature generation. Our mechanistic insight, obtained by a combined biochemical and computational approach, shows that the structured part of the TPC likely contributes to the execution of plant endocytosis, which does not depend on cytoskeletal-based force generation.
履歴
登録2025年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54584.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This map is a reconstruction from negative stain EM data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.94 Å/pix.
x 180 pix.
= 349.2 Å		1.94 Å/pix.
x 180 pix.
= 349.2 Å		1.94 Å/pix.
x 180 pix.
= 349.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.772644 - 2.3047986
平均 (標準偏差)0.017896565 (±0.15731609)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 349.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54584_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54584_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TPLATE complex

全体名称: TPLATE complex
要素
  • 複合体: TPLATE complex

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超分子 #1: TPLATE complex

超分子名称: TPLATE complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The octameric complex was purified from Arabidopsis thaliana PSB-D cell cultures
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 910 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.14 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
250.0 mMNaClSodium chloride
30.0 mMC6H14N4O2L-arginine
0.5 mMC9H15O6PTCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate / 詳細: A 2% uranyl acetate solution was used for staining
グリッドモデル: EMS Formvar Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #0 - Film thickness: 10 / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1728 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / 使用した粒子像数: 156991
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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