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万見
- EMDB-54567: Human carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus IsdH-N2N3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54567
タイトルHuman carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus IsdH-N2N3 - 2IsdH:Hbdim complex - 3DVA component 4 left tail
マップデータrefined map with cryoSPARC
試料
  • 複合体: Complex between human carboxyhemoglobin and Staphylococcus aureus hemophore IsdH
    • 複合体: Human hemoglobin subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit alpha
    • 複合体: Human hemoglobin subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit beta
    • 複合体: Iron-regulated surface determinant protein H
      • タンパク質・ペプチド: Iron-regulated surface determinant protein H
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
キーワードIron acquisition / Hemophore / Hemoglobin / NEAT domain / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide ...Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Iron-regulated surface determinant protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Buoli Comani V / De Bei O / Gragera M / Luisi BF / Bettati S
資金援助 イタリア, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministero dell Universita e della Ricerca2020AE3LTA イタリア
Wellcome Trust200873/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2025
タイトル: Hemoglobin receptor redundancy in Staphylococcus aureus: molecular flexibility as a determinant of divergent hemophore activity
著者: Comani VB / Bei OD / Pancrazi F / Gragera M / Paris G / Marchetti M / Campanini B / Ronda L / Luisi BF / Faggiano S / Bizzarri AR / Bettati S
履歴
登録2025年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54567.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈refined map with cryoSPARC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.99 Å/pix.
x 260 pix.
= 258. Å		0.99 Å/pix.
x 260 pix.
= 258. Å		0.99 Å/pix.
x 260 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.99231 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.24113941 - 0.60349053
平均 (標準偏差)0.00024954652 (±0.019336566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 258.0001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54567_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: postprocessed map with deepEMhancer

ファイルemd_54567_additional_1.map
注釈postprocessed map with deepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DVA intermediate volume 2

ファイルemd_54567_additional_2.map
注釈3DVA intermediate volume 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DVA intermediate volume 4

ファイルemd_54567_additional_3.map
注釈3DVA intermediate volume 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DVA intermediate volume 1

ファイルemd_54567_additional_4.map
注釈3DVA intermediate volume 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DVA intermediate volume 0 - LEFT TAIL used...

ファイルemd_54567_additional_5.map
注釈3DVA intermediate volume 0 - LEFT TAIL used for the refinement of principal EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DVA intermediate volume 3

ファイルemd_54567_additional_6.map
注釈3DVA intermediate volume 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_54567_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_54567_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between human carboxyhemoglobin and Staphylococcus aureus...

全体名称: Complex between human carboxyhemoglobin and Staphylococcus aureus hemophore IsdH
要素
  • 複合体: Complex between human carboxyhemoglobin and Staphylococcus aureus hemophore IsdH
    • 複合体: Human hemoglobin subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit alpha
    • 複合体: Human hemoglobin subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit beta
    • 複合体: Iron-regulated surface determinant protein H
      • タンパク質・ペプチド: Iron-regulated surface determinant protein H
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Complex between human carboxyhemoglobin and Staphylococcus aureus...

超分子名称: Complex between human carboxyhemoglobin and Staphylococcus aureus hemophore IsdH
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Human hemoglobin subunit alpha

超分子名称: Human hemoglobin subunit alpha / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Human hemoglobin subunit beta

超分子名称: Human hemoglobin subunit beta / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Iron-regulated surface determinant protein H

超分子名称: Iron-regulated surface determinant protein H / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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分子 #1: Hemoglobin subunit alpha

分子名称: Hemoglobin subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.051222 KDa
配列文字列:
LSPADKTNVK AAWGKVGAHA GEYGAEALER MFLSFPTTKT YFPHFDLSHG SAQVKGHGKK VADALTNAVA HVDDMPNALS ALSDLHAHK LRVDPVNFKL LSHCLLVTLA AHLPAEFTPA VHASLDKFLA SVSTVLTSKY R

UniProtKB: Hemoglobin subunit alpha

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分子 #2: Hemoglobin subunit beta

分子名称: Hemoglobin subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.791067 KDa
配列文字列:
HLTPEEKSAV TALWGKVNVD EVGGEALGRL LVVYPWTQRF FESFGDLSTP DAVMGNPKVK AHGKKVLGAF SDGLAHLDNL KGTFATLSE LHCDKLHVDP ENFRLLGNVL VCVLAHHFGK EFTPPVQAAY QKVVAGVANA LAHKYH

UniProtKB: Hemoglobin subunit beta

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分子 #3: Iron-regulated surface determinant protein H

分子名称: Iron-regulated surface determinant protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 41.500141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADESLQDAI KNPAIIDKEH TADNWRPIDF QMKNDKGERQ FYHYASTVEP ATVIFTKTGP IIELGLKTAS TWKKFEVYEG DKKLPVELV SYDSDKDYAY IRFPVSNGTR EVKIVSSIEY GENIHEDYDY TLMVFAQPIT NNPDDYVDEE TYNLQKLLAP Y HKAKTLER ...文字列:
MADESLQDAI KNPAIIDKEH TADNWRPIDF QMKNDKGERQ FYHYASTVEP ATVIFTKTGP IIELGLKTAS TWKKFEVYEG DKKLPVELV SYDSDKDYAY IRFPVSNGTR EVKIVSSIEY GENIHEDYDY TLMVFAQPIT NNPDDYVDEE TYNLQKLLAP Y HKAKTLER QVYELEKLQE KLPEKYKAEY KKKLDQTRVE LADQVKSAVT EFENVTPTND QLTDVQEAHF VVFESEENSE SV MDGFVEH PFYTATLNGQ KYVVMKTKDD SYWKDLIVEG KRVTTVSKDP KNNSRTLIFP YIPDKAVYNA IVKVVVANIG YEG QYHVRI INQDINTKDD DTSQNENLYF QSAWSHPQFE K

UniProtKB: Iron-regulated surface determinant protein H

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分子 #4: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 15 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 38.5 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 3 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2993888
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: ab initio model generated by stochastic gradient descent
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 8528
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9s4k:
Human carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus IsdH-N2N3 - 2IsdH:Hbdim complex - 3DVA component 4 left tail

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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