[日本語] English
万見
- EMDB-54561: RVFV Gn-Ferritin Nanoparticle -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54561
タイトルRVFV Gn-Ferritin Nanoparticle
マップデータ
試料
  • 複合体: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein fused to bullfrog-H. pylori ferritin nanoparticle
    • Other: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein
    • Other: Helicobacter pylori ferritin
キーワードFerritin / Nanoparticle / Rift Valley fever virus / Gn membrane glycoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / bacterial non-heme ferritin / host cell mitochondrial outer membrane / ferroxidase activity / host cell Golgi membrane / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane ...: / bacterial non-heme ferritin / host cell mitochondrial outer membrane / ferroxidase activity / host cell Golgi membrane / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion membrane / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Ferritin, prokaryotic-type ...Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Bacterial non-heme ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) / Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.76 Å
データ登録者Rodrigues MQ
資金援助 ポルトガル, 3件
OrganizationGrant number国
Foundation for Science and Technology (FCT)PhD fellowship (DFA/BD/8167/2020) ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)Research Unit UID/04462: iNOVA4Health - Programme in Translational Medicine ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)Associate Laboratory LS4FUTURE (LA/P/0087/2020) ポルトガル
引用ジャーナル: Virol J / 年: 2026
タイトル: Ferritin nanoparticles displaying rift valley fever virus glycoprotein elicit potent dendritic cell activation in vitro.
著者: Margarida Q Rodrigues / Inês Cardoso / Nádia Duarte / Paula M Alves / António Roldão /
要旨: Rift Valley fever (RVF) is a mosquito-borne zoonosis of major concern for human and animal health, yet no licensed human vaccine exists. Here, we engineered a self-assembling nanoparticle vaccine ...Rift Valley fever (RVF) is a mosquito-borne zoonosis of major concern for human and animal health, yet no licensed human vaccine exists. Here, we engineered a self-assembling nanoparticle vaccine candidate by genetically fusing the RVF virus glycoprotein Gn to the N-terminus of a hybrid bacterial ferritin, generating nanoparticles that display 24 copies of Gn on their surface. Cryo-electron microscopy at 6 Å resolution confirmed ordered and symmetric presentation of the antigens, consistent with the structural models of ferritin and Gn. When incubated with human monocyte-derived dendritic cells, the Gn-ferritin nanoparticles were efficiently internalized and induced robust expression of maturation markers (e.g., CD54, CD83, CD86) and secretion of pro-inflammatory cytokines (e.g., IL-1β, IL-6, IL-12p40, TNF-α), in contrast to soluble Gn or ferritin controls. These findings demonstrate that ferritin nanoparticles provide a structurally defined and immunologically active platform for RVF virus antigen display, establishing a foundation for the development of safe and effective subunit vaccines against this emerging pathogen.
履歴
登録2025年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_54561.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 440 pix.
= 524.04 Å		1.19 Å/pix.
x 440 pix.
= 524.04 Å		1.19 Å/pix.
x 440 pix.
= 524.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.191 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00172
最小 - 最大-0.017098393 - 0.031182222
平均 (標準偏差)0.0010808614 (±0.0045385873)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 524.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_54561_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_54561_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein fused to bullfro...

全体名称: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein fused to bullfrog-H. pylori ferritin nanoparticle
要素
  • 複合体: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein fused to bullfrog-H. pylori ferritin nanoparticle
    • Other: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein
    • Other: Helicobacter pylori ferritin

-
超分子 #1: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein fused to bullfro...

超分子名称: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein fused to bullfrog-H. pylori ferritin nanoparticle
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Histidine tag followed by Rift Valley fever virus membrane glycoprotein Gn head domain sequence (res. 154-467, UniProt ID: P03518, with point mutations E276G, L329, and I444V), followed by a ...詳細: Histidine tag followed by Rift Valley fever virus membrane glycoprotein Gn head domain sequence (res. 154-467, UniProt ID: P03518, with point mutations E276G, L329, and I444V), followed by a GS-linker (GGGGSGGGGS), and finally the bullfrog-Helicobacter pylori ferritin hybrid, composed of bullfrog (Rana catesbeiana) ferritin lower subunit (res. 2-9, PDB ID: 1RCC, with a point mutation N8Q) and H. pylori ferritin (res. 3-167, PDB ID: 3BVE, with point mutations I7E and N19Q). RVFV Gn-ferritin nanoparticles self assemble into 24-mer nanoparticles after recombinant expression of monomeric parts.
由来(天然)生物種: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
分子量理論値: 1.4 MDa

-
分子 #1: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein

分子名称: Rift Valley fever virus Gn membrane glycoprotein / タイプ: other / ID: 1
詳細: Histidine tag followed by Rift Valley fever virus membrane glycoprotein Gn head domain sequence (res. 154-467, UniProt ID: P03518, with point mutations E276G, L329, and I444V), followed by a ...詳細: Histidine tag followed by Rift Valley fever virus membrane glycoprotein Gn head domain sequence (res. 154-467, UniProt ID: P03518, with point mutations E276G, L329, and I444V), followed by a GS-linker (GGGGSGGGGS), and finally the bullfrog-Helicobacter pylori ferritin hybrid, composed of bullfrog (Rana catesbeiana) ferritin lower subunit (res. 2-9, PDB ID: 1RCC, with a point mutation N8Q) and H. pylori ferritin (res. 3-167, PDB ID: 3BVE, with point mutations I7E and N19Q)
分類: other
由来(天然)生物種: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
配列文字列: HHHHHHEDPH LRNRPGKGHN YIDGMTQEDA TCKPVTYAGA CSSFDVLLEK GKFPLFQSYA HHRTLLEAVH DTIIAKADPP SCDLQSAHGN PCMKEKLVMK THCPNDYQSA HYLNNDGKMA SVKCPPKYEL TEDCNFCRQM TGASLKKGSY PLQDLFCQSS EDDGSKLKTK ...文字列:
HHHHHHEDPH LRNRPGKGHN YIDGMTQEDA TCKPVTYAGA CSSFDVLLEK GKFPLFQSYA HHRTLLEAVH DTIIAKADPP SCDLQSAHGN PCMKEKLVMK THCPNDYQSA HYLNNDGKMA SVKCPPKYEL TEDCNFCRQM TGASLKKGSY PLQDLFCQSS EDDGSKLKTK MKGVCEVGVQ ALKKCDGQLS TAHEVVPFAV FKNSKKVYLD KLDLKTEENL LPDSFVCFEH KGQYKGTMDS GQTKRELKSF DISQCPKIGG HGSKKCTGDA AFCSAYECTA QYANAYCSHA NGSGVVQIQV SGVWKKPLCV GYERVVVKRE GGGGSGGGGS ESQVRQQFSK DIEKLLNEQV NKEMQSSNLY MSMSSWCYTH SLDGAGLFLF DHAAEEYEHA KKLIIFLNEN NVPVQLTSIS APEHKFEGLT QIFQKAYEHE QHISESINNI VDHAIKSKDH ATFNFLQWYV AEQHEEEVLF KDILDKIELI GNENHGLYLA DQYVKGIAKS RKS

UniProtKB: Envelopment polyprotein
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
分子 #2: Helicobacter pylori ferritin

分子名称: Helicobacter pylori ferritin / タイプ: other / ID: 2
詳細: Histidine tag followed by Rift Valley fever virus membrane glycoprotein Gn head domain sequence (res. 154-467, UniProt ID: P03518, with point mutations E276G, L329, and I444V), followed by a ...詳細: Histidine tag followed by Rift Valley fever virus membrane glycoprotein Gn head domain sequence (res. 154-467, UniProt ID: P03518, with point mutations E276G, L329, and I444V), followed by a GS-linker (GGGGSGGGGS), and finally the bullfrog-Helicobacter pylori ferritin hybrid, composed of bullfrog (Rana catesbeiana) ferritin lower subunit (res. 2-9, PDB ID: 1RCC, with a point mutation N8Q) and H. pylori ferritin (res. 3-167, PDB ID: 3BVE, with point mutations I7E and N19Q)
分類: other
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
配列文字列: HHHHHHEDPH LRNRPGKGHN YIDGMTQEDA TCKPVTYAGA CSSFDVLLEK GKFPLFQSYA HHRTLLEAVH DTIIAKADPP SCDLQSAHGN PCMKEKLVMK THCPNDYQSA HYLNNDGKMA SVKCPPKYEL TEDCNFCRQM TGASLKKGSY PLQDLFCQSS EDDGSKLKTK ...文字列:
HHHHHHEDPH LRNRPGKGHN YIDGMTQEDA TCKPVTYAGA CSSFDVLLEK GKFPLFQSYA HHRTLLEAVH DTIIAKADPP SCDLQSAHGN PCMKEKLVMK THCPNDYQSA HYLNNDGKMA SVKCPPKYEL TEDCNFCRQM TGASLKKGSY PLQDLFCQSS EDDGSKLKTK MKGVCEVGVQ ALKKCDGQLS TAHEVVPFAV FKNSKKVYLD KLDLKTEENL LPDSFVCFEH KGQYKGTMDS GQTKRELKSF DISQCPKIGG HGSKKCTGDA AFCSAYECTA QYANAYCSHA NGSGVVQIQV SGVWKKPLCV GYERVVVKRE GGGGSGGGGS ESQVRQQFSK DIEKLLNEQV NKEMQSSNLY MSMSSWCYTH SLDGAGLFLF DHAAEEYEHA KKLIIFLNEN NVPVQLTSIS APEHKFEGLT QIFQKAYEHE QHISESINNI VDHAIKSKDH ATFNFLQWYV AEQHEEEVLF KDILDKIELI GNENHGLYLA DQYVKGIAKS RKS

UniProtKB: Bacterial non-heme ferritin
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 4 sec.
詳細: Quantifoil R1.2/1.3 Cu 300-mesh grids were rendered hydrophilic using a Fischione 1020 plasma cleaner for 4 s.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Quantifoil R1.2/1.3 Cu 300-mesh grids were rendered hydrophilic using a Fischione 1020 plasma cleaner for 4 s. A sample at a concentration of 1 mg/mL was vitrified using a Vitrobot Mark IV by ...詳細: Quantifoil R1.2/1.3 Cu 300-mesh grids were rendered hydrophilic using a Fischione 1020 plasma cleaner for 4 s. A sample at a concentration of 1 mg/mL was vitrified using a Vitrobot Mark IV by applying 3.5 uL onto the freshly plasma-cleaned grid under controlled conditions (4C, 100% humidity, blot force 2, blot time 2.5-4 s) before being plunge-frozen in liquid ethane..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4534 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Image acquisition was performed with EPU 3.6; each image was composed of 40 individual frames using a pixel size of 1.191 A and a total exposure dose of 60 e/A^2. A total of 4,534 movie stacks were acquired.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

+
画像解析

詳細The grids were then clipped and loaded into a Glacios 200 kV microscope and imaged using a Falcon 4i camera in EER format, with a dose rate of approximately 6 e/pixel/s. Image acquisition was performed with EPU 3.6; each image was composed of 40 individual frames using a pixel size of 1.191 A and a total exposure dose of 60 e/A^2
粒子像選択選択した数: 616911
詳細: 305 particles were manually picked from eight micrographs and subjected to 2D classification. Selected classes were subsequently used as templates to extract a total of 616,911 particles from 4,534 movies.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6)
詳細: All movie stacks were imported into CryoSPARC v4.6.0 for image processing. Following motion correction and contrast transfer function (CTF) estimation, 305 particles were manually picked from ...詳細: All movie stacks were imported into CryoSPARC v4.6.0 for image processing. Following motion correction and contrast transfer function (CTF) estimation, 305 particles were manually picked from eight micrographs and subjected to 2D classification. Selected classes were subsequently used as templates to extract a total of 616,911 particles from 4,534 movies.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Four iterative rounds of 2D classification were performed, resulting in a final set of 47,705 particles, which were used for ab initio reconstruction with octahedral symmetry to generate the ...詳細: Four iterative rounds of 2D classification were performed, resulting in a final set of 47,705 particles, which were used for ab initio reconstruction with octahedral symmetry to generate the initial model. A single round of 3D classification was then carried out, from which the most populated class, comprising 11,551 particles, was selected for further 3D refinement under octahedral symmetry.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6) / 使用した粒子像数: 11551
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 10000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る