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- EMDB-54527: Structure of LGR4 with NB21 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54527
タイトルStructure of LGR4 with NB21
マップデータ
試料
  • 複合体: The structure of LGR4 with NB21
    • タンパク質・ペプチド: NB21
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: NB52
キーワードLGR4 / nanobody / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / intestinal stem cell homeostasis / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / male genitalia development / bone remodeling / digestive tract development ...metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / intestinal stem cell homeostasis / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / male genitalia development / bone remodeling / digestive tract development / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of cytokine production / bone mineralization / hair follicle development / Regulation of FZD by ubiquitination / circadian regulation of gene expression / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / spermatogenesis / innate immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein hormone receptor family / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...Glycoprotein hormone receptor family / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Wang L / Geng Y
資金援助1件
OrganizationGrant number
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of LGR4 with NB21
著者: Wang L / Geng Y
履歴
登録2025年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.5 Å
1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.5 Å
1.11 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.105 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.21928321 - 0.5087264
平均 (標準偏差)0.00017681129 (±0.011139878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 331.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54527_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54527_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : The structure of LGR4 with NB21

全体名称: The structure of LGR4 with NB21
要素
  • 複合体: The structure of LGR4 with NB21
    • タンパク質・ペプチド: NB21
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: NB52

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超分子 #1: The structure of LGR4 with NB21

超分子名称: The structure of LGR4 with NB21 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NB21

分子名称: NB21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
分子量理論値: 13.099553 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VALAESGGGS VAAGGAIRLS CTASGYTYSK YCMGWFRQAP GAERAGVSGI TTGGLSPYYA DSVAGRFTIS RDNIANTLYL QMNSLAPAD TAMYYCAASR LSCSAADFKD FRNFVYWGQG TQVTSA

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分子 #2: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

分子名称: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.469375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PCSCDGDRRV DCSGKGLTAV PEGLSAFTQA LDISMNNITQ LPEDAFANFP FLEELQLAGN DLSFIHPKAL SGLKELKVLT LQNNQLKTV PSEAIRGLSA LQSLRLDANH ITSVPEDSFE GLVQLRHLWL DDNSLTEVPV HPLSNLPTLQ ALTLALNKIS S IPDFAFTN ...文字列:
PCSCDGDRRV DCSGKGLTAV PEGLSAFTQA LDISMNNITQ LPEDAFANFP FLEELQLAGN DLSFIHPKAL SGLKELKVLT LQNNQLKTV PSEAIRGLSA LQSLRLDANH ITSVPEDSFE GLVQLRHLWL DDNSLTEVPV HPLSNLPTLQ ALTLALNKIS S IPDFAFTN LSSLVVLHLH NNKIRSLSQH CFDGLDNLET LDLNYNNLGE FPQAIKALPS LKELGFHSNS ISVIPDGAFD GN PLLRTIH LYDNPLSFVG NSAFHNLSDL HSLVIRGASM VQQFPNLTGT VHLESLTLTG TKISSIPNNL CQEQKMLRTL DLS YNNIRD LPSFNGCHAL EEISLQRNQI YQIKEGTFQG LISLRILDLS RNLIHEIHSR AFATLGPITN LDVSFNELTS FPTE GLNGL NQLKLVGNFK LKEALAAKDF VNLRSLSVPY AYQCCAFAGC DSYANLNTED NSLQDHSVAQ EKGTADAANV TSTLE NEEH SQIIIHCTPS TGAFKPCEYL LGSWMIRLTV WFIFLVALFF NLLVILTTFA SCTSLPSSKL FIGLISVSNL FMGIYT GIL TFLDAVSWGR FAEFGIWWET GSGCKVAGFL AVFSSESAIF LLMLATVERS LSAKDIMKNG KSNHLKQFRV AALLAFL GA TVAGCFPLFH RGEYSASPLC LPFPGGETPS LGFTVTLVLL NSLAFLLMAV IYTKLYCNLE KEDLSENSQS SMIKHVAW L IFTNCIFFCP VAFFSFAPLI TAISISPEIM KSVTLIFFPL PACLNPVLYV FFNPKFKEDW KLLKRRVTKK S

UniProtKB: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4

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分子 #3: NB52

分子名称: NB52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
分子量理論値: 10.461716 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
YSPYCMGWFR QAPGKAREGV ATVDLDGSTI YADSVKGRFT ISQDNAKNTL YLQMNSLKPE DTAMYYCASR TRAGVTCGLN WAIFSYWGQ GTQVT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 10
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 1.944 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: UCSF ChimeraX / 使用した粒子像数: 116975
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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