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万見
- EMDB-54523: Cryo-EM structure of Candida albicans Vrg4 bound to an inhibitory... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54523
タイトルCryo-EM structure of Candida albicans Vrg4 bound to an inhibitory nanobody.
マップデータUnsharpened EM map
試料
  • 複合体: Nanobody bound to C.albicans Vrg4 transporter
    • タンパク質・ペプチド: Llama Nanobody
    • タンパク質・ペプチド: GDP-mannose transporter
  • リガンド: water
キーワードGDP-Mannose transporter / Membrane Protein / Nucleotide Sugar Transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-mannose transmembrane transporter activity / GDP-mannose transmembrane transport / hyphal growth / protein N-linked glycosylation via asparagine / antiporter activity / cytoplasmic vesicle membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Deme JC / Parker JL / Lea SM / Newstead S
資金援助 米国, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
Wellcome Trust215519/Z/19/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021043/1 英国
引用ジャーナル: Res Sq / 年: 2025
タイトル: Structural basis for transport and inhibition of nucleotide sugar transport in pathogenic fungi.
著者: Joanne L Parker / Justin C Deme / Bjarne Feddersen / Susan M Lea / Simon Newstead /
要旨: GDP-Mannose transporters are Golgi-localised solute carriers that are essential for the virulence of pathogenic fungi, serving as critical components of fungal glycosylation pathways. However, the ...GDP-Mannose transporters are Golgi-localised solute carriers that are essential for the virulence of pathogenic fungi, serving as critical components of fungal glycosylation pathways. However, the mechanism by which nucleotide sugars are recognised and transported across the Golgi membrane remains unclear, hindering efforts to develop effective inhibitors that could serve as novel antifungal agents. Here, we present cryo-EM structures of the GDP-Mannose transporter, Vrg4, from in complex with nanobodies and in both the cytoplasmic and Golgi-facing states. Structural comparisons between these two states, in addition to a GDP-mannose bound structure, demonstrate the importance of ligand movement during transport. Additionally, we demonstrate the ability of the nanobodies to specifically inhibit Vrg4, presenting proof-of-principle that nanobodies can be used as effective inhibitors of nucleotide sugar transport and glycosylation in cells.
履歴
登録2025年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54523.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å		0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å		0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.417
最小 - 最大-0.92443717 - 1.4518816
平均 (標準偏差)0.0003991672 (±0.021011861)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 286.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54523_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened EM map

ファイルemd_54523_additional_1.map
注釈Sharpened EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_54523_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_54523_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nanobody bound to C.albicans Vrg4 transporter

全体名称: Nanobody bound to C.albicans Vrg4 transporter
要素
  • 複合体: Nanobody bound to C.albicans Vrg4 transporter
    • タンパク質・ペプチド: Llama Nanobody
    • タンパク質・ペプチド: GDP-mannose transporter
  • リガンド: water

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超分子 #1: Nanobody bound to C.albicans Vrg4 transporter

超分子名称: Nanobody bound to C.albicans Vrg4 transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)

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分子 #1: Llama Nanobody

分子名称: Llama Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.376 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGSISE INVMGWYRQA PGKQRELVAR ITTGGSTNYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLKPED TAVYMCNAHR RVVMEWGPLG YDYWGQGTQV TVSS

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分子 #2: GDP-mannose transporter

分子名称: GDP-mannose transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
分子量理論値: 37.183223 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDSKHSTSSS SSGSLATRIS NSGPISIAAY CLSSILMTVT NKYVLSGFSF NLNFFLLAVQ SIVCIVTIGS LKSLNIITYR QFNKDEAKK WSPIAFLLVA MIYTSSKALQ YLSIPVYTIF KNLTIILIAY GEVIWFGGKV TTMALSSFLL MVLSSVIAYY G DNAAVKSH ...文字列:
MDSKHSTSSS SSGSLATRIS NSGPISIAAY CLSSILMTVT NKYVLSGFSF NLNFFLLAVQ SIVCIVTIGS LKSLNIITYR QFNKDEAKK WSPIAFLLVA MIYTSSKALQ YLSIPVYTIF KNLTIILIAY GEVIWFGGKV TTMALSSFLL MVLSSVIAYY G DNAAVKSH DDAFALYLGY FWMLTNCFAS AAFVLIMRKR IKLTNFKDFD TMYYNNLLSI PILLICSFIF EDWSSANVSL NF PADNRVT TITAMILSGA SSVGISYCSA WCVRVTSSTT YSMVGALNKL PIALSGLIFF EAAVNFWSVS SIFVGFGAGL VYA VAKQKQ QKEQSQQLPT TK

UniProtKB: GDP-mannose transporter

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5oge

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 348612
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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