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万見
- EMDB-54522: C. elegans in situ Gap Junction class 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54522
タイトルC. elegans in situ Gap Junction class 1
マップデータ
試料
  • 複合体: in situ Gap Junction C. elegans
キーワードin situ Gap Junction ion transfer cellular communication electrical synapse cell-cell contact / MEMBRANE PROTEIN
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Rosenkranz N / Gottschalk A
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: In situ structure of a gap junction-stomatin complex.
著者: Nils Rosenkranz / Alexandra N Birtasu / Konstantin Wieland / Lisa Rehm / Rachita Sharma / Atal Vats / Sina Manger / Aayush Srivastava / Abhishek Bhattacharya / Gerhard Hummer / Achilleas S ...著者: Nils Rosenkranz / Alexandra N Birtasu / Konstantin Wieland / Lisa Rehm / Rachita Sharma / Atal Vats / Sina Manger / Aayush Srivastava / Abhishek Bhattacharya / Gerhard Hummer / Achilleas S Frangakis / Alexander Gottschalk /
要旨: Gap junctions (GJs) are intercellular channels that mediate electrical signals and transfer of small molecules. They are crucial for brain, heart, and other organ functions. While molecular ...Gap junctions (GJs) are intercellular channels that mediate electrical signals and transfer of small molecules. They are crucial for brain, heart, and other organ functions. While molecular structures of purified homomeric GJs are available, information of in situ structures is lacking. In vivo, GJs can form heteromers with different functionalities and may associate with other proteins. Here, we analyzed GJs by cryo-electron tomography and subtomogram averaging. We observed hexagonal arrays of GJs at cellular junctions in primary embryonal cells that displayed distinct wide and narrow conformations. Moreover, we found a cap-like, cytosolic protein assembly enclosing the channel pore. We propose that the cap is formed by the stomatin UNC-1, known to interact with UNC-9 innexins. This is corroborated by matching AlphaFold3 models of UNC-1 multimers with our subtomogram average structure; by expressing GFP-tagged UNC-1, leading to cap structures with additional density; and by coarse-grained MD simulations. UNC-1/stomatin rings may affect GJ formation or functions, possibly beyond nematodes.
履歴
登録2025年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54522.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.58 Å/pix.
x 96 pix.
= 247.219 Å		2.58 Å/pix.
x 96 pix.
= 247.219 Å		2.58 Å/pix.
x 96 pix.
= 247.219 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5752 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0068
最小 - 最大-0.029030444 - 0.022078792
平均 (標準偏差)0.00094825093 (±0.003064019)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 247.21921 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54522_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54522_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54522_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : in situ Gap Junction C. elegans

全体名称: in situ Gap Junction C. elegans
要素
  • 複合体: in situ Gap Junction C. elegans

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超分子 #1: in situ Gap Junction C. elegans

超分子名称: in situ Gap Junction C. elegans / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 4496
抽出トモグラム数: 66 / 使用した粒子像数: 9206 / ソフトウェア - 名称: RELION
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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