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万見
- EMDB-5438: 3D reconstruction of a self-assembling designed oligomer with oct... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5438
タイトル3D reconstruction of a self-assembling designed oligomer with octahedral symmetry
マップデータReconstruction of designed self-assembling protein oligomer with octahedral symmetry
試料
  • 試料: Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for the design is PduT from Salmonella enterica with the following mutations: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L
  • タンパク質・ペプチド: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
キーワードoctahedral symmetry / designed
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol degradation polyhedral organelle / 1,2-propanediol catabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein PduT / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bacterial microcompartment shell protein PduT
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Vollmar BS / King NP / Baker D / Gonen T
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Computational design of self-assembling protein nanomaterials with atomic level accuracy.
著者: Neil P King / William Sheffler / Michael R Sawaya / Breanna S Vollmar / John P Sumida / Ingemar André / Tamir Gonen / Todd O Yeates / David Baker /
要旨: We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify ...We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify complementary packing arrangements, and low-energy protein-protein interfaces are then designed between the building blocks in order to drive self-assembly. We used trimeric protein building blocks to design a 24-subunit, 13-nm diameter complex with octahedral symmetry and a 12-subunit, 11-nm diameter complex with tetrahedral symmetry. The designed proteins assembled to the desired oligomeric states in solution, and the crystal structures of the complexes revealed that the resulting materials closely match the design models. The method can be used to design a wide variety of self-assembling protein nanomaterials.
履歴
登録2012年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年6月29日-
マップ公開2012年6月29日-
更新2012年12月19日-
現状2012年12月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5438_1.jpg

emd_5438_2.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of designed self-assembling protein oligomer with octahedral symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.47 Å/pix.
x 120 pix.
= 176.88 Å		1.47 Å/pix.
x 120 pix.
= 176.88 Å		1.47 Å/pix.
x 120 pix.
= 176.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.474 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-2.47524214 - 4.30226564
平均 (標準偏差)-0.00000002 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 176.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4741.4741.474
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z176.880176.880176.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-2.4754.302-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for...

全体名称: Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for the design is PduT from Salmonella enterica with the following mutations: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L
要素
  • 試料: Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for the design is PduT from Salmonella enterica with the following mutations: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L
  • タンパク質・ペプチド: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT

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超分子 #1000: Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for...

超分子名称: Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for the design is PduT from Salmonella enterica with the following mutations: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse sample / 集合状態: 24 / Number unique components: 1
分子量理論値: 480 KDa

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分子 #1: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT

分子名称: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Mutations: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L
コピー数: 24 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET29b

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R1.2/1.3 holey carbon 400 mesh copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Blotted with filter paper and plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年7月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k)
実像数: 565
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 217096 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.12 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using the automatic selection program Electron Micrograph Utility (cryoem.ucsf.edu).
CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
詳細: Reconstruction was calculated based on 2x binned images yielding a pixel size of 1.474 A/pixel.
使用した粒子像数: 42025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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