+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5438 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 3D reconstruction of a self-assembling designed oligomer with octahedral symmetry | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of designed self-assembling protein oligomer with octahedral symmetry | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | octahedral symmetry / designed | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Vollmar BS / King NP / Baker D / Gonen T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Computational design of self-assembling protein nanomaterials with atomic level accuracy. 著者: Neil P King / William Sheffler / Michael R Sawaya / Breanna S Vollmar / John P Sumida / Ingemar André / Tamir Gonen / Todd O Yeates / David Baker / 要旨: We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify ...We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify complementary packing arrangements, and low-energy protein-protein interfaces are then designed between the building blocks in order to drive self-assembly. We used trimeric protein building blocks to design a 24-subunit, 13-nm diameter complex with octahedral symmetry and a 12-subunit, 11-nm diameter complex with tetrahedral symmetry. The designed proteins assembled to the desired oligomeric states in solution, and the crystal structures of the complexes revealed that the resulting materials closely match the design models. The method can be used to design a wide variety of self-assembling protein nanomaterials. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5438.map.gz | 2.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5438-v30.xml emd-5438.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5438_1.jpg emd_5438_2.tif | 49.5 KB 178.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5438 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of designed self-assembling protein oligomer with octahedral symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.474 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for...
全体 | 名称: Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for the design is PduT from Salmonella enterica with the following mutations: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for...
超分子 | 名称: Designed protein oligomer with octahedral symmetry. The model for the design is PduT from Salmonella enterica with the following mutations: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse sample / 集合状態: 24 / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 480 KDa |
-分子 #1: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT
分子 | 名称: Propanediol utilization polyhedral body protein PduT タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Mutations: K15A, C38S, M67L, N148A, N149L, E156S, E160A, K161Y, R167A, V169L コピー数: 24 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET29b |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT |
グリッド | 詳細: Quantifoil R1.2/1.3 holey carbon 400 mesh copper grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III 手法: Blotted with filter paper and plunged into liquid ethane. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
日付 | 2011年7月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) 実像数: 565 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 217096 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.12 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were selected using the automatic selection program Electron Micrograph Utility (cryoem.ucsf.edu). |
---|---|
CTF補正 | 詳細: CTFFIND3 |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN 詳細: Reconstruction was calculated based on 2x binned images yielding a pixel size of 1.474 A/pixel. 使用した粒子像数: 42025 |