EMDB-54370: Subtomogram average of purified E. coli 70S ribosome particles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-54370

タイトル

Subtomogram average of purified E. coli 70S ribosome particles

マップデータ

試料

複合体: 70S E. coli ribosome

キーワード

ribosome / 70S / e. coli / averaging / tomography

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å

データ登録者

Szwedziak P

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: In situ structural analysis of mammalian cells using a 200 kV electron cryomicroscope
著者: Szwedziak P

履歴

登録	2025年7月14日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年7月30日	-
マップ公開	2025年7月30日	-
更新	2025年7月30日	-
現状	2025年7月30日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_54370.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_54370.map.gz	7.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-54370-v30.xml emd-54370.xml	12.9 KB 12.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_54370.png	111.8 KB
Filedesc metadata	emd-54370.cif.gz	4 KB
その他	emd_54370_half_map_1.map.gz emd_54370_half_map_2.map.gz	59.3 MB 59.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-54370 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-54370	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_54370_validation.pdf.gz	669.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_54370_full_validation.pdf.gz	669.5 KB	表示
XML形式データ	emd_54370_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_54370_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-54370 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-54370	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	51957 51959

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_54370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.55 Å/pix. x 256 pix. = 395.962 Å	1.55 Å/pix. x 256 pix. = 395.962 Å	1.55 Å/pix. x 256 pix. = 395.962 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.54673 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 3.16
最小 - 最大	-6.97651 - 10.643374
平均 (標準偏差)	0.10557623 (±1.0000005)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_54370_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_54370_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : 70S E. coli ribosome

全体	名称: 70S E. coli ribosome
要素	複合体: 70S E. coli ribosome

-
超分子 #1: 70S E. coli ribosome

超分子	名称: 70S E. coli ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量	理論値: 2.5 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS GLACIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 3.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 4000
抽出	トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 4115 / ソフトウェア - 名称: EMAN2
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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