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万見
- EMDB-54278: Electron tomogram of resin-embedded, apoptosis-induced HeLa cell ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54278
タイトルElectron tomogram of resin-embedded, apoptosis-induced HeLa cell expressing Apaf1-GFP
マップデータElectron tomogram of resin-embedded, apoptosis-induced HeLa cell expressing Apaf1-GFP
試料
  • 細胞: HeLa cell expressing Apaf1-GFP, treated with ABT-737 and QVD
キーワードApoptosome / Caspase-activation / APOPTOSIS
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Borgeaud AC / Ganeva I / Klein C / Stooss A / Ross-Kaschitza D / Wu L / Riley JS / Tait SWG / Lemmin T / Kaufmann T / Kukulski W
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Large transient assemblies of Apaf1 constitute the apoptosome in cells.
著者: Alicia C Borgeaud / Iva Ganeva / Calvin Klein / Amandine Stooss / Daniela Ross-Kaschitza / Liyang Wu / Joel S Riley / Stephen W G Tait / Thomas Lemmin / Thomas Kaufmann / Wanda Kukulski /
要旨: Upon cell death signals, the apoptotic protease-activating factor Apaf1 and cytochrome c interact to form the apoptosome complex. The apoptosome is crucial for mitochondrial apoptosis, as it ...Upon cell death signals, the apoptotic protease-activating factor Apaf1 and cytochrome c interact to form the apoptosome complex. The apoptosome is crucial for mitochondrial apoptosis, as it activates caspases that dismantle the cell. However, the in vivo assembly mechanism and appearance of the apoptosome remain unclear. We show that upon onset of apoptosis, Apaf1 molecules accumulate into multiple foci per cell. Disassembly of the foci correlates with cell survival. Structurally, Apaf1 foci resemble organelle-sized, cloud-like assemblies. They form through specific interactions with cytochrome c, contain caspase-9, and depend on procaspase-9 expression for their formation. We propose that Apaf1 foci correspond to the apoptosome in cells. Transientness and ultrastructure of Apaf1 foci suggest that the dynamic spatiotemporal organisation of apoptosome components regulates progression of apoptosis.
履歴
登録2025年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54278.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54278.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 112 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Electron tomogram of resin-embedded, apoptosis-induced HeLa cell expressing Apaf1-GFP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
22.04 Å/pix.
x 112 pix.
= 2468.48 Å		22.04 Å/pix.
x 1024 pix.
= 22568.961 Å		22.04 Å/pix.
x 1024 pix.
= 22568.961 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 22.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)55.486812999999998 (±11.850663000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-56
サイズ10241024112
Spacing10241024112
セルA: 22568.96 Å / B: 22568.96 Å / C: 2468.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HeLa cell expressing Apaf1-GFP, treated with ABT-737 and QVD

全体名称: HeLa cell expressing Apaf1-GFP, treated with ABT-737 and QVD
要素
  • 細胞: HeLa cell expressing Apaf1-GFP, treated with ABT-737 and QVD

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超分子 #1: HeLa cell expressing Apaf1-GFP, treated with ABT-737 and QVD

超分子名称: HeLa cell expressing Apaf1-GFP, treated with ABT-737 and QVD
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
糖包埋材質: Lowicryl HM20
凍結凍結剤: NITROGEN
詳細Cells grown on sapphire disks, high-pressure frozen and freeze-substituted
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica HPM100. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM HPM100', 'OTHER', 'BAL-TEC HPM ...詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica HPM100. This is not in a list of allowed values {'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM HPM100', 'OTHER', 'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT'} so OTHER is written into the XML file.
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica / ウルトラミクロトーム - 温度: 293 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 300
位置合わせマーカーManufacturer: Agar Scientific / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細STEM mode on an axial brightfield detector
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 1000.0 e/Å2
詳細: ET was done in STEM mode on an axial brightfield detector with a high-tilt tomography holder at 1.102 nm pixel size with a camera length of 200 mm. [NOTE: Electron dose unknown. Value specified here is a dummy]
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 242
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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