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- EMDB-54262: Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54262
タイトルCryo-EM structure of TCRpub/pMHC
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC
    • タンパク質・ペプチド: TCRpub alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: TCRpub beta chain
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: ORF3a protein
キーワードcomplex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lysosome / symbiont-mediated activation of host reticulophagy / Maturation of protein 3a / SARS-CoV-2 modulates autophagy / inorganic cation transmembrane transport / voltage-gated calcium channel complex / host cell endoplasmic reticulum / monoatomic ion channel activity / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / voltage-gated potassium channel complex ...host cell lysosome / symbiont-mediated activation of host reticulophagy / Maturation of protein 3a / SARS-CoV-2 modulates autophagy / inorganic cation transmembrane transport / voltage-gated calcium channel complex / host cell endoplasmic reticulum / monoatomic ion channel activity / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / voltage-gated potassium channel complex / molecular function activator activity / cytoplasmic side of plasma membrane / host cell endosome / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein 3a, betacoronavirus / 3a-like viroporin, transmembrane domain, alpha/betacoronavirus / 3a-like viroporin, cytosolic domain, alpha/betacoronavirus / Betacoronavirus viroporin / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile. / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile. / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...Protein 3a, betacoronavirus / 3a-like viroporin, transmembrane domain, alpha/betacoronavirus / 3a-like viroporin, cytosolic domain, alpha/betacoronavirus / Betacoronavirus viroporin / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile. / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile. / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / ORF3a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Akil C / Zhu Y / Hardenbrook N / Zhang P
資金援助 中国, 英国, 2件
OrganizationGrant number
Chinese Academy of Sciences2024-I2M-2-001-1 中国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC
著者: Akil C / Zhu Y / Hardenbrook N / Zhang P
履歴
登録2025年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54262.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.136
最小 - 最大-0.00180246 - 2.1268234
平均 (標準偏差)0.000621016 (±0.018381009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_54262_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_54262_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC

全体名称: Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC
    • タンパク質・ペプチド: TCRpub alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: TCRpub beta chain
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: ORF3a protein

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超分子 #1: Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC

超分子名称: Cryo-EM structure of TCRpub/pMHC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: TCRpub alpha chain

分子名称: TCRpub alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.175703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVAQPEDQV NVAEGNPLTV KCTYSVSGNP YLFWYVQYPN RGLQFLLKYI TGDNLVKGSY GFEAEFNKSQ TSFHLKKPSA LVSDSALYF CAVRVVTSGG SYIPTFGRGT SLIVHPYIQN PDPAVYQLRD SKSSDKSVCL FTDFDSQTNV SQSKDSDVYI T DKCVLDMR ...文字列:
QSVAQPEDQV NVAEGNPLTV KCTYSVSGNP YLFWYVQYPN RGLQFLLKYI TGDNLVKGSY GFEAEFNKSQ TSFHLKKPSA LVSDSALYF CAVRVVTSGG SYIPTFGRGT SLIVHPYIQN PDPAVYQLRD SKSSDKSVCL FTDFDSQTNV SQSKDSDVYI T DKCVLDMR SMDFKSNSAV AWSNKSDFAC ANAFNNSIIP EDTFFPSPES S

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分子 #2: TCRpub beta chain

分子名称: TCRpub beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.151094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GVTQTPRYLI KTRGQQVTLS CSPISGHRSV SWYQQTPGQG LQFLFEYFSE TQRNKGNFPG RFSGRQFSNS RSEMNVSTLE LGDSALYLC ASSLAGDLGT EAFFGQGTRL TVVEDLKNVF PPEVAVFEPS EAEISHTQKA TLVCLATGFY PDHVELSWWV N GKEVHSGV ...文字列:
GVTQTPRYLI KTRGQQVTLS CSPISGHRSV SWYQQTPGQG LQFLFEYFSE TQRNKGNFPG RFSGRQFSNS RSEMNVSTLE LGDSALYLC ASSLAGDLGT EAFFGQGTRL TVVEDLKNVF PPEVAVFEPS EAEISHTQKA TLVCLATGFY PDHVELSWWV N GKEVHSGV CTDPQPLKEQ PALNDSRYAL SSRLRVSATF WQNPRNHFRC QVQFYGLSEN DEWTQDRAKP VTQIVSAEAW GR AD

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分子 #3: MHC class I antigen

分子名称: MHC class I antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.909258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HSMRYFFTSV SRPGRGEPRF IAVGYVDDTQ FVRFDSDAAS QKMEPRAPWI EQEGPEYWDQ ETRNMKAHSQ TDRANLGTLR GYYNQSEDG SHTIQIMYGC DVGPDGRFLR GYRQDAYDGK DYIALNEDLR SWTAADMAAQ ITKRKWEAVH AAEQRRVYLE G RCVDGLRR ...文字列:
HSMRYFFTSV SRPGRGEPRF IAVGYVDDTQ FVRFDSDAAS QKMEPRAPWI EQEGPEYWDQ ETRNMKAHSQ TDRANLGTLR GYYNQSEDG SHTIQIMYGC DVGPDGRFLR GYRQDAYDGK DYIALNEDLR SWTAADMAAQ ITKRKWEAVH AAEQRRVYLE G RCVDGLRR YLENGKETLQ RTDPPKTHMT HHPISDHEAT LRCWALGFYP AEITLTWQRD GEDQTQDTEL VETRPAGDGT FQ KWAAVVV PSGEEQRYTC HVQHEGLPKP LTLRWELSS

UniProtKB: MHC class I antigen

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分子 #4: ORF3a protein

分子名称: ORF3a protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 1.199266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
FTSDYYQLY

UniProtKB: ORF3a protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 30 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Titan Krios G4 (Thermo Fisher Scientific), equipped with a Selectris X
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 103583
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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