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万見
- EMDB-54245: NetF - ANTXR2 local refinement focused -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54245
タイトルNetF - ANTXR2 local refinement focused
マップデータfocused local refinement map NetF-CMG2/ANTXR2 complex
試料
  • 複合体: local focused refinement of NetF bound to ANTXR2/CMG2 - ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: Anthrax toxin receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Leukocidin/Hemolysin toxin family
キーワードNetF / clostridium perfringens / hemolysin / CMG2 / ANTXR2 / toxin receptor interaction / transmembrane beta-barrel / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / collagen fibril organization / uterus development / Uptake and function of anthrax toxins / single fertilization / transmembrane signaling receptor activity / endosome membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface ...cytolysis in another organism / collagen fibril organization / uterus development / Uptake and function of anthrax toxins / single fertilization / transmembrane signaling receptor activity / endosome membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin receptor, C-terminal / Anthrax toxin receptor, extracellular domain / Anthrax toxin receptor / Anthrax receptor C-terminus region / Anthrax receptor extracellular domain / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / von Willebrand factor type A domain ...Anthrax toxin receptor, C-terminal / Anthrax toxin receptor, extracellular domain / Anthrax toxin receptor / Anthrax receptor C-terminus region / Anthrax receptor extracellular domain / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocidin/Hemolysin toxin family / Anthrax toxin receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang C / Iacovache I / Zuber B
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation10000175 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Anthrax toxin receptor 2 is the Receptor for Clostridium perfringens NetF: Structural Insights into Toxin Binding and Pore Formation
著者: Wang C / Cattalani F / Iacovache I / Arunasalam N / Posthaus H / Zuber B
履歴
登録2025年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54245.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈focused local refinement map NetF-CMG2/ANTXR2 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.56 Å/pix.
x 500 pix.
= 281.5 Å		0.56 Å/pix.
x 500 pix.
= 281.5 Å		0.56 Å/pix.
x 500 pix.
= 281.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.563 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.4887072 - 0.8613046
平均 (標準偏差)0.00020468252 (±0.006234686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 281.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A focused local refinement

ファイルemd_54245_half_map_1.map
注釈half map A focused local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B focused local refinement

ファイルemd_54245_half_map_2.map
注釈half map B focused local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : local focused refinement of NetF bound to ANTXR2/CMG2 - ternary c...

全体名称: local focused refinement of NetF bound to ANTXR2/CMG2 - ternary complex
要素
  • 複合体: local focused refinement of NetF bound to ANTXR2/CMG2 - ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: Anthrax toxin receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Leukocidin/Hemolysin toxin family

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超分子 #1: local focused refinement of NetF bound to ANTXR2/CMG2 - ternary c...

超分子名称: local focused refinement of NetF bound to ANTXR2/CMG2 - ternary complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 418 KDa

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分子 #1: Anthrax toxin receptor 2

分子名称: Anthrax toxin receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: ANTXR2/CMG2 extracellular domain C terminally Flag and hexahistidine tagged
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.765117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGTLSAPPCT QRIKWKGLLL TASLLNFWNL PTTAGQEQPS CRRAFDLYFV LDKSGSVANN WIEIYNFVQQ LAERFVSPEM RLSFIVFSS QATIILPLTG DRGKISKGLE DLKRVSPVGE TYIHEGLKLA NEQIQKAGGL KTSSIIIALT DGKLDGLVPS Y AEKEAKIS ...文字列:
MGTLSAPPCT QRIKWKGLLL TASLLNFWNL PTTAGQEQPS CRRAFDLYFV LDKSGSVANN WIEIYNFVQQ LAERFVSPEM RLSFIVFSS QATIILPLTG DRGKISKGLE DLKRVSPVGE TYIHEGLKLA NEQIQKAGGL KTSSIIIALT DGKLDGLVPS Y AEKEAKIS RSLGASVYCV GVLDFEQAQL ERIADSKEQV FPVKGGFQAL KGIINSILAQ SCTEILELQP SSVCVGEEFQ IV LSGRGFM LGSRNGSVLC TYTVNETYTT SVKPVSVQLN SMLCPAPILN KAGETLDVSV SFNGGKSVIS GSLIVTATEC SNG RTENLY FQGGAGARSI EGRIVKDYKD DDDKHHHHHH

UniProtKB: Anthrax toxin receptor 2

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分子 #2: Leukocidin/Hemolysin toxin family

分子名称: Leukocidin/Hemolysin toxin family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminally hexahistidine tagged NetF / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
分子量理論値: 32.87459 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVHHHHHHNS FPESIINSKG KQAEVYTSSD ASERDGIKTS LSASFIEDPN SNNLTALVSL KGFIPSGLIK TGTYYSANMY WPSKYNINI ETTDEKNNVK ILESIPSNTI ETVRVTESMG YSIGGNVSVS KKSSSVGANA GFNVQRSVQY EQPDFKTIQK S DGIRKASW ...文字列:
MVHHHHHHNS FPESIINSKG KQAEVYTSSD ASERDGIKTS LSASFIEDPN SNNLTALVSL KGFIPSGLIK TGTYYSANMY WPSKYNINI ETTDEKNNVK ILESIPSNTI ETVRVTESMG YSIGGNVSVS KKSSSVGANA GFNVQRSVQY EQPDFKTIQK S DGIRKASW NIVFNKTKDG YDQNSYHALY GNQLFMKSRL HNTGAKNLVE DKDLSPLISG GFTPNMVIAL KAPKGTKKSM IN LNYNLYQ DLYTLEWYKT QWWGENRVAK EPYYTYQTYE LDWENHTVEF IY

UniProtKB: Leukocidin/Hemolysin toxin family

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 30.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: same processing as for EMD-54238 but masked and local refined.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 268296
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other / 詳細: modelangelo
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9rt4:
NetF - ANTXR2 local refinement focused

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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