[日本語] English
万見
- EMDB-54200: Complex of peptidisc-embedded alpha5beta1 integrin and galectin-3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54200
タイトルComplex of peptidisc-embedded alpha5beta1 integrin and galectin-3
マップデータMain map, local filtered
試料
  • 複合体: peptidisc-embedded Alpha5beta1 integrin heterodimer in complex with two Galectin-3
    • 複合体: Alpha5beta1 integrin heterodimer
      • タンパク質・ペプチド: rat alpha5 integrin
      • タンパク質・ペプチド: rat beta1 integrin
    • 複合体: Galectin-3
      • タンパク質・ペプチド: Galectin-3 (human)
キーワードintegrin / clathrin-independent endocytosis / galectin / glycoprotein / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic membrane adhesion to extracellular matrix / Elastic fibre formation / Fibronectin matrix formation / Molecules associated with elastic fibres / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / MET interacts with TNS proteins / protein transport within lipid bilayer / response to gonadotropin / Laminin interactions / MET activates PTK2 signaling ...synaptic membrane adhesion to extracellular matrix / Elastic fibre formation / Fibronectin matrix formation / Molecules associated with elastic fibres / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / MET interacts with TNS proteins / protein transport within lipid bilayer / response to gonadotropin / Laminin interactions / MET activates PTK2 signaling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of cell projection organization / Integrin cell surface interactions / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Syndecan interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / ECM proteoglycans / Basigin interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / GPER1 signaling / RAC2 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex / regulation of collagen catabolic process / cardiac cell fate specification / integrin alpha1-beta1 complex / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / hemidesmosome / cell-cell adhesion mediated by integrin / establishment of Sertoli cell barrier / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / reactive gliosis / formation of radial glial scaffolds / Signal transduction by L1 / response to transforming growth factor beta / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / myelin sheath abaxonal region / CD40 signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of synapse pruning / integrin alphav-beta1 complex / negative regulation of NK T cell activation / basement membrane organization / negative regulation of immunological synapse formation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / disaccharide binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / maintenance of postsynaptic specialization structure / regulation of T cell apoptotic process / bicellular tight junction assembly / mononuclear cell migration / tissue homeostasis / cellular response to vitamin D / receptor ligand inhibitor activity / cardiac muscle cell differentiation / germ cell migration / positive regulation of mononuclear cell migration / leukocyte tethering or rolling / negative regulation of endocytosis / IgE binding / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / eosinophil chemotaxis / cell projection organization / myoblast fusion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / mesodermal cell differentiation / glycinergic synapse / cell-substrate junction assembly / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / myoblast differentiation / axon extension / cell migration involved in sprouting angiogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / signaling receptor inhibitor activity / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of spontaneous synaptic transmission / heterophilic cell-cell adhesion / wound healing, spreading of epidermal cells / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of fibroblast migration / integrin complex / lamellipodium assembly / heterotypic cell-cell adhesion / sarcomere organization / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin subunit alpha 5 / Galectin-3 / Integrin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Roderer D / Hamitouche I / Dransart E / Shafaq-Zadah M / Johannes L
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Spatial N-glycan rearrangement on αβ integrin nucleates galectin-3 oligomers to determine endocytic fate.
著者: Massiullah Shafaq-Zadah / Estelle Dransart / Ilyes Hamitouche / Christian Wunder / Valérie Chambon / Cesar A Valades-Cruz / Ludovic Leconte / Nirod Kumar Sarangi / Jack Robinson / Siau-Kun ...著者: Massiullah Shafaq-Zadah / Estelle Dransart / Ilyes Hamitouche / Christian Wunder / Valérie Chambon / Cesar A Valades-Cruz / Ludovic Leconte / Nirod Kumar Sarangi / Jack Robinson / Siau-Kun Bai / Raju Regmi / Aurélie Di Cicco / Agnès Hovasse / Richard Bartels / Ulf J Nilsson / Sarah Cianférani-Sanglier / Hakon Leffler / Tia E Keyes / Daniel Lévy / Stefan Raunser / Daniel Roderer / Ludger Johannes /
要旨: Membrane glycoproteins frequently adopt different conformations when altering between active and inactive states. Here, we discover a molecular switch that exploits dynamic spatial rearrangements of ...Membrane glycoproteins frequently adopt different conformations when altering between active and inactive states. Here, we discover a molecular switch that exploits dynamic spatial rearrangements of N-glycans during such conformational transitions to control protein function. For the conformationally switchable cell adhesion glycoprotein αβ integrin, we find that only the bent-closed state arranges N-glycans to nucleate the formation of up to tetrameric oligomers of the glycan-binding protein galectin-3. We propose a structural model of how these galectin-3 oligomers are built and how they clamp the bent-closed state to select it for endocytic uptake and subsequent retrograde trafficking to the Golgi for polarized distribution in cells. Our findings reveal the dynamic regulation of the glycan landscape at the cell surface to achieve oligomerization of galectin-3. Galectin-3 oligomers are thereby identified as functional decoders of defined spatial patterns of N-glycans on specifically the bent-closed conformational state of αβ integrin and possibly other integrin family members.
履歴
登録2025年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_54200.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map, local filtered
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.031
最小 - 最大-0.14041336 - 0.3021151
平均 (標準偏差)0.0004362652 (±0.0072487965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_54200_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_54200_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : peptidisc-embedded Alpha5beta1 integrin heterodimer in complex wi...

全体名称: peptidisc-embedded Alpha5beta1 integrin heterodimer in complex with two Galectin-3
要素
  • 複合体: peptidisc-embedded Alpha5beta1 integrin heterodimer in complex with two Galectin-3
    • 複合体: Alpha5beta1 integrin heterodimer
      • タンパク質・ペプチド: rat alpha5 integrin
      • タンパク質・ペプチド: rat beta1 integrin
    • 複合体: Galectin-3
      • タンパク質・ペプチド: Galectin-3 (human)

-
超分子 #1: peptidisc-embedded Alpha5beta1 integrin heterodimer in complex wi...

超分子名称: peptidisc-embedded Alpha5beta1 integrin heterodimer in complex with two Galectin-3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

-
超分子 #2: Alpha5beta1 integrin heterodimer

超分子名称: Alpha5beta1 integrin heterodimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
超分子 #3: Galectin-3

超分子名称: Galectin-3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: rat alpha5 integrin

分子名称: rat alpha5 integrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
配列文字列: FNLDAEAPAV LSGPPG SLF GFSVEFYRPG RDGVSVLVGA PKANTSQPGV LQGGAVYVCP WGTSPIQCST IQFDSKG SR ILESSLYSEE PVEYKSLQWF GATVRAHGSS ILACAPLYSW RTEKDPQNDP VGTCYLST E NFTRILEYAP CRSDFGSAAG QGYCQGGFSA ...文字列:
FNLDAEAPAV LSGPPG SLF GFSVEFYRPG RDGVSVLVGA PKANTSQPGV LQGGAVYVCP WGTSPIQCST IQFDSKG SR ILESSLYSEE PVEYKSLQWF GATVRAHGSS ILACAPLYSW RTEKDPQNDP VGTCYLST E NFTRILEYAP CRSDFGSAAG QGYCQGGFSA EFTKTGRVVL GGPGSYFWQG QILSATQEQ ISESYYPQYL INPVQGQLQT RQASSVYDDS YLGYSVAVGE FSGDDTEDFV AGVPKGNLTY GYVTVLNGS DIHSLYNVSG EQMASYFGYA VAATDTNGDG LDDLLVGAPL LMERTADGRP Q EVGRVYIY LQHPEGIEPT PSLTLTGQDE FGRFGSSLTP LGDLDQDGYN DVAIGAPFGG EA QQGVVFI FPGGPGGLNT KPSQVLQPLW AAGHTPDFFG SALRGGRDLD GNGYPDLIVG SFG VDKALV YRGRPIISAS ASLTIFPSMF NPEERSCSLE GNPVSCINLS FCLNASGKHV PNSI GFEVE LQLDWQKQKG GVRRALFLAS KQATLTQTLL IQNGAREDCR EMKIYLRNES EFRDK LSPI HIALNFSLDP KAPMDSHGLR PVLHYQSKSR IEDKAQILLD CGEDNICVPD LQLAVY GEK KHVYLGDKNA LNLTFLAQNL GEGGAYEAEL RVTAPLEAEY SGLVRHPGNF SSLSCDY FA VNQSRQLVCD LGNPMKAGTS IWGGLRFTVP HLQDTKKTIQ FDFQILSKNL NNSQSNMV S FPLSVEAQAQ VSLNGVSKPE AVIFPVSDWN PQDQPQKEGD LGPAVHHVYE LINQGPSSI SQGVLEISCP QALEGQQLLY VTKVTGLNNC TSNYTPNSQG LELDPEVSPH HLQRREAPGR SSTTSGTQV LKCPEAKCFR LRCEFGPLHR QESRSLQLHF RVWAKTFLQE YQPFSLQCEA L YEALKMPY QILPRQLPQK KLQVATAVQW TKAEGSNGVP LWIIILAILF GLLLLGLLIY VL YKLGFFK PNPPLSSNPP NLFKLCC

UniProtKB: Integrin subunit alpha 5

-
分子 #2: rat beta1 integrin

分子名称: rat beta1 integrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
配列文字列: QTDKNRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN TTFLQEGMPT SARCDDLEA LKKKGCHPSD IENPRGSQTI KKNKNVTNRS KGMAEKLRPE DITQIQPQQL L LKLRSGEP QKFTLKFKRA EDYPIDLYYL MDLSYSMKDD LENVKSLGTD LMNEMRRITS DF RIGFGSF ...文字列:
QTDKNRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN TTFLQEGMPT SARCDDLEA LKKKGCHPSD IENPRGSQTI KKNKNVTNRS KGMAEKLRPE DITQIQPQQL L LKLRSGEP QKFTLKFKRA EDYPIDLYYL MDLSYSMKDD LENVKSLGTD LMNEMRRITS DF RIGFGSF VEKTVMPYIS TTPAKLRNPC TSEQNCTSPF SYKNVLSLTD RGEFFNELVG QQR ISGNLD SPEGGFDAIM QVAVCGSLIG WRNVTRLLVF STDAGFHFAG DGKLGGIVLP NDGQ CHLEN NVYTMSHYYD YPSIAHLVQK LSENNIQTIF AVTEEFQPVY KELKNLIPKS AVGTL SGNS SNVIQLIIDA YNSLSSEVIL ENSKLPDGVT INYKSYCKNG VNGTGENGRK CSNISI GDE VQFEISITAN KCPNKESENQ LKLNPLGFTE EVEVVLQFIC KCNCQSHGIP ASPKCHE GN GTFECGACRC NEGRVGRHCE CSTDEVNSED MDAYCRKENS SEICSNNGEC VCGQCVCR K RENTNEIYSG KFCECDNFNC DRSNGLICGG NGVCRCRVCE CYPNYTGSAC DCSLDTVPC VATNGQICNG RGICECGACK CTDPKFQGPT CETCQTCLGV CAEHKECVQC RAFNKGEKKD TCAQECSHF NLTKVESREK LPQPVQVDPV THCKEKDIDD CWFYFTYSVN SKGEAHVHVV E TPDCPTGP DIIPIVAGVV AGIVLIGLAL LLIWKLLMII HDRREFAKFE KEKMNAKWDT GE NPIYKSA VTTVVNPKYE GK

UniProtKB: Integrin beta-1

-
分子 #3: Galectin-3 (human)

分子名称: Galectin-3 (human) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADNFSLHDA LSGSGNPNPQ GWPGAWGNQP AGAGGYPGAS YPGAYPGQAP PGAYPGQAPP GAYPGAPGA YPGAPAPGVY PGPPSGPGAY PSSGQPSATG AYPATGPYGA PAGPLIVPYN L PLPGGVVP RMLITILGTV KPNANRIALD FQRGNDVAFH FNPRFNENNR ...文字列:
MADNFSLHDA LSGSGNPNPQ GWPGAWGNQP AGAGGYPGAS YPGAYPGQAP PGAYPGQAPP GAYPGAPGA YPGAPAPGVY PGPPSGPGAY PSSGQPSATG AYPATGPYGA PAGPLIVPYN L PLPGGVVP RMLITILGTV KPNANRIALD FQRGNDVAFH FNPRFNENNR RVIVCNTKLD NN WGREERQ SVFPFESGKP FKIQVLVEPD HFKVAVNDAH LLQYNHRVKK LNEISKLGIS GDI DLTSAS YTMI

UniProtKB: Galectin-3

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force -1, blotting time 3.5 sec.
詳細Peptidisc-embedded protein complex. Vitrification immediately after elution from NiNTA beads to minimize dissociation.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: No Cs corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 16353 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
詳細: Two data sets with 6028 and 10325 images recorded under identical conditions
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5222335
詳細: template-based picking after initial blob picking in CryoSPARC
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3) / 使用した粒子像数: 111869
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

詳細Models were rigid-body fitted using UCSF Chimera and ChimeraX
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る