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万見
- EMDB-5418: Subunit organization of the membrane-bound HIV-1 envelope glycopr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5418
タイトルSubunit organization of the membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer
マップデータReconstruction of the membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor
試料
  • 試料: The membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor
キーワードHIV-1 / envelope glycoprotein / virus entry
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Mao Y / Wang L / Gu C / Herschhorn A / Xiang SH / Haim H / Yang X / Sodroski J
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Subunit organization of the membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer.
著者: Youdong Mao / Liping Wang / Christopher Gu / Alon Herschhorn / Shi-Hua Xiang / Hillel Haim / Xinzhen Yang / Joseph Sodroski /
要旨: The trimeric human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env) spike is a molecular machine that mediates virus entry into host cells and is the sole target for virus- ...The trimeric human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env) spike is a molecular machine that mediates virus entry into host cells and is the sole target for virus-neutralizing antibodies. The mature Env spike results from cleavage of a trimeric glycoprotein precursor, gp160, into three gp120 and three gp41 subunits. Here, we describe an ~11-Å cryo-EM structure of the trimeric HIV-1 Env precursor in its unliganded state. The three gp120 and three gp41 subunits form a cage-like structure with an interior void surrounding the trimer axis. Interprotomer contacts are limited to the gp41 transmembrane region, the torus-like gp41 ectodomain and a trimer-association domain of gp120 composed of the V1, V2 and V3 variable regions. The cage-like architecture, which is unique among characterized viral envelope proteins, restricts antibody access, reflecting requirements imposed by HIV-1 persistence in the host.
履歴
登録2012年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年7月12日-
マップ公開2012年8月15日-
更新2012年8月15日-
現状2012年8月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5418.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.99 Å/pix.
x 80 pix.
= 239.2 Å		2.99 Å/pix.
x 80 pix.
= 239.2 Å		2.99 Å/pix.
x 80 pix.
= 239.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.99 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.07084963 - 0.15849437
平均 (標準偏差)0.00000176 (±0.00686896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 239.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.992.992.99
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z239.200239.200239.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0710.1580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor

全体名称: The membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor
要素
  • 試料: The membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor

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超分子 #1000: The membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor

超分子名称: The membrane-bound HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The membrane glycoprotein was monodisperse and solubilized in detergents.
集合状態: trimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 440 KDa / 理論値: 435 KDa / 手法: Sedimentation, SDS-PAGE

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分子 #1: HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor

分子名称: HIV-1 envelope glycoprotein trimer precursor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Env trimer, gp160 trimer
詳細: The membrane glycoprotein is solubilized in detergents.
コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: JF-FL / 別称: HIV-1 / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量実験値: 440 KDa / 理論値: 435 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pcDNA3.1 in 293F cell line

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 300 mM NaCl, 0.01% Cymal-6
グリッド詳細: 200 or 400 mesh copper grid with thin holey carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 89 K / 最高: 93 K / 平均: 91 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2009年8月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 200835 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダー: CT3500 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, XIMPP / 使用した粒子像数: 90306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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