[日本語] English
万見
- EMDB-54078: Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54078
タイトルStructure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 2
マップデータFull map
試料
  • 複合体: BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
      • DNA: x 2種
    • 複合体: BAF complex
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: OCT4/SOX2 heterodimer
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
キーワードChromatin / remodeler / transcription / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / glial cell fate commitment / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / Formation of the posterior neural plate / cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / Positive Regulation of CDH1 Gene Transcription ...negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / glial cell fate commitment / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / Formation of the posterior neural plate / cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / Positive Regulation of CDH1 Gene Transcription / endodermal-mesodermal cell signaling / regulation of asymmetric cell division / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / endodermal cell fate specification / response to oxygen-glucose deprivation / heart induction / adenohypophysis development / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Specification of primordial germ cells / Specification of the neural plate border / pituitary gland development / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of cell-cell adhesion / Transcriptional Regulation by MECP2 / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / neuronal stem cell population maintenance / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / Germ layer formation at gastrulation / bBAF complex / Formation of the embryonic stem cell BAF (esBAF) complex / cellular response to cytochalasin B / eye development / tissue regeneration / neural retina development / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / blastocyst hatching / regulation of transepithelial transport / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / hepatocyte differentiation / response to growth factor / Formation of neuronal progenitor and neuronal BAF (npBAF and nBAF) / morphogenesis of a polarized epithelium / Formation of the polybromo-BAF (pBAF) complex / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / Formation of annular gap junctions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / Gap junction degradation / Formation of the non-canonical BAF (ncBAF) complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / protein localization to adherens junction / Cell-extracellular matrix interactions / dense body / Folding of actin by CCT/TriC / Tat protein binding / nucleosome array spacer activity / histone H3K14ac reader activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / postsynaptic actin cytoskeleton / Ino80 complex / RSC-type complex / blastocyst formation / Regulation of CDH1 Function / cellular response to fatty acid / XY body / host-mediated activation of viral transcription / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Adherens junctions interactions / germ cell nucleus / RHOF GTPase cycle / adherens junction assembly / nucleosome disassembly / apical protein localization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / miRNA binding / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / tight junction / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of T cell differentiation / nuclear androgen receptor binding / apical junction complex / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of double-strand break repair / spinal cord development / nuclear chromosome / regulation of chromosome organization / maintenance of blood-brain barrier
類似検索 - 分子機能
SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DPF1-3, N-terminal domain / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal ...SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DPF1-3, N-terminal domain / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / DPF1-3, N-terminal / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / SWI/SNF complex subunit BRG1 / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / : / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain / Homeobox, conserved site / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / 'Homeobox' domain signature. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / HMG (high mobility group) box / SANT domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / SANT domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Myb-like DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / zinc finger / PHD-finger / BRCT domain superfamily / Actins signature 1. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Green fluorescent protein, GFP / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Actin / Actin family
類似検索 - ドメイン・相同性
AT-rich interactive domain-containing protein 1A / Actin-like protein 6A / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Green fluorescent protein / Transcription factor SOX-2 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 / Actin, cytoplasmic 1 / Histone H4 / Histone H3.1 ...AT-rich interactive domain-containing protein 1A / Actin-like protein 6A / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Green fluorescent protein / Transcription factor SOX-2 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 / Actin, cytoplasmic 1 / Histone H4 / Histone H3.1 / POU domain, class 5, transcription factor 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / Zinc finger protein ubi-d4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Vecchia L / Weiss J / Cavadini S / Kempf G / Kater L / Pathare G / Thoma NH
資金援助European Union, スイス, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
Swiss National Science Foundation スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
Other private
Other private
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 2
著者: Vecchia L / Weiss J / Cavadini S / Kempf G / Kater L / Pathare G / Thoma NH
履歴
登録2025年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_54078.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 240 pix.
= 405.6 Å		1.69 Å/pix.
x 240 pix.
= 405.6 Å		1.69 Å/pix.
x 240 pix.
= 405.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.7982454 - 4.792322
平均 (標準偏差)-0.0012102686 (±0.13900559)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 405.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_54078_half_map_1.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_54078_half_map_2.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6

全体名称: BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6
要素
  • 複合体: BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
      • DNA: DNA (147-MER)
      • DNA: DNA (147-MER)
    • 複合体: BAF complex
      • タンパク質・ペプチド: Transcription activator BRG1
      • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein 6A
      • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed
      • タンパク質・ペプチド: AT-rich interactive domain-containing protein 1A
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
      • タンパク質・ペプチド: Zinc finger protein ubi-d4
    • 複合体: OCT4/SOX2 heterodimer
      • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
      • タンパク質・ペプチド: Transcription factor SOX-2

+
超分子 #1: BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6

超分子名称: BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Nucleosome core particle

超分子名称: Nucleosome core particle / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #15-#16
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: BAF complex

超分子名称: BAF complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: OCT4/SOX2 heterodimer

超分子名称: OCT4/SOX2 heterodimer / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13-#14
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.719445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMARTKQT ARKSTGGKAP RKQLATKAAR KSAPATGGVK KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQ SSAVMALQEA CEAYLVGLFE DTNLCAIHAK RVTIMPKDIQ LARRIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.676703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKG GKGLGKGGAK RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMD VVYALKRQGR TLYGFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.447825 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKQ GGKARAKAKT RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYSERVGAG APVYLAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGRVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

+
分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.088336 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMPEPAKS APAPKKGSKK AVTKAQKKDG KKRKRSRKES YSIYVYKVLK QVHPDTGISS KAMGIMNSFV NDIFERIAGE ASRLAHYNK RSTITSREIQ TAVRLLLPGE LAKHAVSEGT KAVTKYTSA

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

+
分子 #5: Transcription activator BRG1

分子名称: Transcription activator BRG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 184.923828 KDa
配列文字列: MSTPDPPLGG TPRPGPSPGP GPSPGAMLGP SPGPSPGSAH SMMGPSPGPP SAGHPIPTQG PGGYPQDNMH QMHKPMESMH EKGMSDDPR YNQMKGMGMR SGGHAGMGPP PSPMDQHSQG YPSPLGGSEH ASSPVPASGP SSGPQMSSGP GGAPLDGADP Q ALGQQNRG ...文字列:
MSTPDPPLGG TPRPGPSPGP GPSPGAMLGP SPGPSPGSAH SMMGPSPGPP SAGHPIPTQG PGGYPQDNMH QMHKPMESMH EKGMSDDPR YNQMKGMGMR SGGHAGMGPP PSPMDQHSQG YPSPLGGSEH ASSPVPASGP SSGPQMSSGP GGAPLDGADP Q ALGQQNRG PTPFNQNQLH QLRAQIMAYK MLARGQPLPD HLQMAVQGKR PMPGMQQQMP TLPPPSVSAT GPGPGPGPGP GP GPGPAPP NYSRPHGMGG PNMPPPGPSG VPPGMPGQPP GGPPKPWPEG PMANAAAPTS TPQKLIPPQP TGRPSPAPPA VPP AASPVM PPQTQSPGQP AQPAPMVPLH QKQSRITPIQ KPRGLDPVEI LQEREYRLQA RIAHRIQELE NLPGSLAGDL RTKA TIELK ALRLLNFQRQ LRQEVVVCMR RDTALETALN AKAYKRSKRQ SLREARITEK LEKQQKIEQE RKRRQKHQEY LNSIL QHAK DFKEYHRSVT GKIQKLTKAV ATYHANTERE QKKENERIEK ERMRRLMAED EEGYRKLIDQ KKDKRLAYLL QQTDEY VAN LTELVRQHKA AQVAKEKKKK KKKKKAENAE GQTPAIGPDG EPLDETSQMS DLPVKVIHVE SGKILTGTDA PKAGQLE AW LEMNPGYEVA PRSDSEESGS EEEEEEEEEE QPQAAQPPTL PVEEKKKIPD PDSDDVSEVD ARHIIENAKQ DVDDEYGV S QALARGLQSY YAVAHAVTER VDKQSALMVN GVLKQYQIKG LEWLVSLYNN NLNGILADEM GLGKTIQTIA LITYLMEHK RINGPFLIIV PLSTLSNWAY EFDKWAPSVV KVSYKGSPAA RRAFVPQLRS GKFNVLLTTY EYIIKDKHIL AKIRWKYMIV DEGHRMKNH HCKLTQVLNT HYVAPRRLLL TGTPLQNKLP ELWALLNFLL PTIFKSCSTF EQWFNAPFAM TGEKVDLNEE E TILIIRRL HKVLRPFLLR RLKKEVEAQL PEKVEYVIKC DMSALQRVLY RHMQAKGVLL TDGSEKDKKG KGGTKTLMNT IM QLRKICN HPYMFQHIEE SFSEHLGFTG GIVQGLDLYR ASGKFELLDR ILPKLRATNH KVLLFCQMTS LMTIMEDYFA YRG FKYLRL DGTTKAEDRG MLLKTFNEPG SEYFIFLLST RAGGLGLNLQ SADTVIIFDS DWNPHQDLQA QDRAHRIGQQ NEVR VLRLC TVNSVEEKIL AAAKYKLNVD QKVIQAGMFD QKSSSHERRA FLQAILEHEE QDESRHCSTG SGSASFAHTA PPPAG VNPD LEEPPLKEED EVPDDETVNQ MIARHEEEFD LFMRMDLDRR REEARNPKRK PRLMEEDELP SWIIKDDAEV ERLTCE EEE EKMFGRGSRH RKEVDYSDSL TEKQWLKAIE EGTLEEIEEE VRQKKSSRKR KRDSDAGSST PTTSTRSRDK DDESKKQ KK RGRPPAEKLS PNPPNLTKKM KKIVDAVIKY KDSSSGRQLS EVFIQLPSRK ELPEYYELIR KPVDFKKIKE RIRNHKYR S LNDLEKDVML LCQNAQTFNL EGSLIYEDSI VLQSVFTSVR QKIEKEDDSE GEESEEEEEG EEEGSESESR SVKVKIKLG RKEKAQDRLK GGRRRPSRGS RAKPVVSDDD SEEEQEEDRS GSGSEED

UniProtKB: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4

+
分子 #6: Actin-like protein 6A

分子名称: Actin-like protein 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.509812 KDa
配列文字列: MSGGVYGGDE VGALVFDIGS YTVRAGYAGE DCPKVDFPTA IGMVVERDDG STLMEIDGDK GKQGGPTYYI DTNALRVPRE NMEAISPLK NGMVEDWDSF QAILDHTYKM HVKSEASLHP VLMSEAPWNT RAKREKLTEL MFEHYNIPAF FLCKTAVLTA F ANGRSTGL ...文字列:
MSGGVYGGDE VGALVFDIGS YTVRAGYAGE DCPKVDFPTA IGMVVERDDG STLMEIDGDK GKQGGPTYYI DTNALRVPRE NMEAISPLK NGMVEDWDSF QAILDHTYKM HVKSEASLHP VLMSEAPWNT RAKREKLTEL MFEHYNIPAF FLCKTAVLTA F ANGRSTGL ILDSGATHTT AIPVHDGYVL QQGIVKSPLA GDFITMQCRE LFQEMNIELV PPYMIASKEA VREGSPANWK RK EKLPQVT RSWHNYMCNC VIQDFQASVL QVSDSTYDEQ VAAQMPTVHY EFPNGYNCDF GAERLKIPEG LFDPSNVKGL SGN TMLGVS HVVTTSVGMC DIDIRPGLYG SVIVAGGNTL IQSFTDRLNR ELSQKTPPSM RLKLIANNTT VERRFSSWIG GSIL ASLGT FQQMWISKQE YEEGGKQCVE RKCP

UniProtKB: Actin-like protein 6A

+
分子 #7: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed

分子名称: Actin, cytoplasmic 1, N-terminally processed / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.78266 KDa
配列文字列: MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG ...文字列:
MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG YALPHAILRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFTTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMA TAASSSSLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRC PEALFQPSFL GMESCGIHET TFNSIMKCDV DIRKDLYANT VLSGGTTMYP GIADRMQKEI TAL APSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin, cytoplasmic 1

+
分子 #8: AT-rich interactive domain-containing protein 1A

分子名称: AT-rich interactive domain-containing protein 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 242.250312 KDa
配列文字列: MAAQVAPAAA SSLGNPPPPP PSELKKAEQQ QREEAGGEAA AAAAAERGEM KAAAGQESEG PAVGPPQPLG KELQDGAESN GGGGGGGAG SGGGPGAEPD LKNSNGNAGP RPALNNNLTE PPGGGGGGSS DGVGAPPHSA AAALPPPAYG FGQPYGRSPS A VAAAAAAV ...文字列:
MAAQVAPAAA SSLGNPPPPP PSELKKAEQQ QREEAGGEAA AAAAAERGEM KAAAGQESEG PAVGPPQPLG KELQDGAESN GGGGGGGAG SGGGPGAEPD LKNSNGNAGP RPALNNNLTE PPGGGGGGSS DGVGAPPHSA AAALPPPAYG FGQPYGRSPS A VAAAAAAV FHQQHGGQQS PGLAALQSGG GGGLEPYAGP QQNSHDHGFP NHQYNSYYPN RSAYPPPAPA YALSSPRGGT PG SGAAAAA GSKPPPSSSA SASSSSSSFA QQRFGAMGGG GPSAAGGGTP QPTATPTLNQ LLTSPSSARG YQGYPGGDYS GGP QDGGAG KGPADMASQC WGAAAAAAAA AAASGGAQQR SHHAPMSPGS SGGGGQPLAR TPQPSSPMDQ MGKMRPQPYG GTNP YSQQQ GPPSGPQQGH GYPGQPYGSQ TPQRYPMTMQ GRAQSAMGGL SYTQQIPPYG QQGPSGYGQQ GQTPYYNQQS PHPQQ QQPP YSQQPPSQTP HAQPSYQQQP QSQPPQLQSS QPPYSQQPSQ PPHQQSPAPY PSQQSTTQQH PQSQPPYSQP QAQSPY QQQ QPQQPAPSTL SQQAAYPQPQ SQQSQQTAYS QQRFPPPQEL SQDSFGSQAS SAPSMTSSKG GQEDMNLSLQ SRPSSLP DL SGSIDDLPMG TEGALSPGVS TSGISSSQGE QSNPAQSPFS PHTSPHLPGI RGPSPSPVGS PASVAQSRSG PLSPAAVP G NQMPPRPPSG QSDSIMHPSM NQSSIAQDRG YMQRNPQMPQ YSSPQPGSAL SPRQPSGGQI HTGMGSYQQN SMGSYGPQG GQYGPQGGYP RQPNYNALPN ANYPSAGMAG GINPMGAGGQ MHGQPGIPPY GTLPPGRMSH ASMGNRPYGP NMANMPPQVG SGMCPPPGG MNRKTQETAV AMHVAANSIQ NRPPGYPNMN QGGMMGTGPP YGQGINSMAG MINPQGPPYS MGGTMANNSA G MAASPEMM GLGDVKLTPA TKMNNKADGT PKTESKSKKS SSSTTTNEKI TKLYELGGEP ERKMWVDRYL AFTEEKAMGM TN LPAVGRK PLDLYRLYVS VKEIGGLTQV NKNKKWRELA TNLNVGTSSS AASSLKKQYI QCLYAFECKI ERGEDPPPDI FAA ADSKKS QPKIQPPSPA GSGSMQGPQT PQSTSSSMAE GGDLKPPTPA STPHSQIPPL PGMSRSNSVG IQDAFNDGSD STFQ KRNSM TPNPGYQPSM NTSDMMGRMS YEPNKDPYGS MRKAPGSDPF MSSGQGPNGG MGDPYSRAAG PGLGNVAMGP RQHYP YGGP YDRVRTEPGI GPEGNMSTGA PQPNLMPSNP DSGMYSPSRY PPQQQQQQQQ RHDSYGNQFS TQGTPSGSPF PSQQTT MYQ QQQQNYKRPM DGTYGPPAKR HEGEMYSVPY STGQGQPQQQ QLPPAQPQPA SQQQAAQPSP QQDVYNQYGN AYPATAT AA TERRPAGGPQ NQFPFQFGRD RVSAPPGTNA QQNMPPQMMG GPIQASAEVA QQGTMWQGRN DMTYNYANRQ STGSAPQG P AYHGVNRTDE MLHTDQRANH EGSWPSHGTR QPPYGPSAPV PPMTRPPPSN YQPPPSMQNH IPQVSSPAPL PRPMENRTS PSKSPFLHSG MKMQKAGPPV PASHIAPAPV QPPMIRRDIT FPPGSVEATQ PVLKQRRRLT MKDIGTPEAW RVMMSLKSGL LAESTWALD TINILLYDDN SIMTFNLSQL PGLLELLVEY FRRCLIEIFG ILKEYEVGDP GQRTLLDPGR FSKVSSPAPM E GGEEEEEL LGPKLEEEEE EEVVENDEEI AFSGKDKPAS ENSEEKLISK FDKLPVKIVQ KNDPFVVDCS DKLGRVQEFD SG LLHWRIG GGDTTEHIQT HFESKTELLP SRPHAPCPPA PRKHVTTAEG TPGTTDQEGP PPDGPPEKRI TATMDDMLST RSS TLTEDG AKSSEAIKES SKFPFGISPA QSHRNIKILE DEPHSKDETP LCTLLDWQDS LAKRCVCVSN TIRSLSFVPG NDFE MSKHP GLLLILGKLI LLHHKHPERK QAPLTYEKEE EQDQGVSCNK VEWWWDCLEM LRENTLVTLA NISGQLDLSP YPESI CLPV LDGLLHWAVC PSAEAQDPFS TLGPNAVLSP QRLVLETLSK LSIQDNNVDL ILATPPFSRL EKLYSTMVRF LSDRKN PVC REMAVVLLAN LAQGDSLAAR AIAVQKGSIG NLLGFLEDSL AATQFQQSQA SLLHMQNPPF EPTSVDMMRR AARALLA LA KVDENHSEFT LYESRLLDIS VSPLMNSLVS QVICDVLFLI GQS

UniProtKB: AT-rich interactive domain-containing protein 1A

+
分子 #9: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of ch...

分子名称: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.199188 KDa
配列文字列: MMMMALSKTF GQKPVKFQLE DDGEFYMIGS EVGNYLRMFR GSLYKRYPSL WRRLATVEER KKIVASSHGK KTKPNTKDHG YTTLATSVT LLKASEVEEI LDGNDEKYKA VSISTEPPTY LREQKAKRNS QWVPTLPNSS HHLDAVPCST TINRNRMGRD K KRTFPLCF ...文字列:
MMMMALSKTF GQKPVKFQLE DDGEFYMIGS EVGNYLRMFR GSLYKRYPSL WRRLATVEER KKIVASSHGK KTKPNTKDHG YTTLATSVT LLKASEVEEI LDGNDEKYKA VSISTEPPTY LREQKAKRNS QWVPTLPNSS HHLDAVPCST TINRNRMGRD K KRTFPLCF DDHDPAVIHE NASQPEVLVP IRLDMEIDGQ KLRDAFTWNM NEKLMTPEMF SEILCDDLDL NPLTFVPAIA SA IRQQIES YPTDSILEDQ SDQRVIIKLN IHVGNISLVD QFEWDMSEKE NSPEKFALKL CSELGLGGEF VTTIAYSIRG QLS WHQKTY AFSENPLPTV EIAIRNTGDA DQWCPLLETL TDAEMEKKIR DQDRNTRRMR RLANTAPAW

UniProtKB: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1

+
分子 #10: SWI/SNF complex subunit SMARCC2

分子名称: SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 133.048109 KDa
配列文字列: MAVRKKDGGP NVKYYEAADT VTQFDNVRLW LGKNYKKYIQ AEPPTNKSLS SLVVQLLQFQ EEVFGKHVSN APLTKLPIKC FLDFKAGGS LCHILAAAYK FKSDQGWRRY DFQNPSRMDR NVEMFMTIEK SLVQNNCLSR PNIFLCPEIE PKLLGKLKDI I KRHQGTVT ...文字列:
MAVRKKDGGP NVKYYEAADT VTQFDNVRLW LGKNYKKYIQ AEPPTNKSLS SLVVQLLQFQ EEVFGKHVSN APLTKLPIKC FLDFKAGGS LCHILAAAYK FKSDQGWRRY DFQNPSRMDR NVEMFMTIEK SLVQNNCLSR PNIFLCPEIE PKLLGKLKDI I KRHQGTVT EDKNNASHVV YPVPGNLEEE EWVRPVMKRD KQVLLHWGYY PDSYDTWIPA SEIEASVEDA PTPEKPRKVH AK WILDTDT FNEWMNEEDY EVNDDKNPVS RRKKISAKTL TDEVNSPDSD RRDKKGGNYK KRKRSPSPSP TPEAKKKNAK KGP STPYTK SKRGHREEEQ EDLTKDMDEP SPVPNVEEVT LPKTVNTKKD SESAPVKGGT MTDLDEQEDE SMETTGKDED ENST GNKGE QTKNPDLHED NVTEQTHHII IPSYAAWFDY NSVHAIERRA LPEFFNGKNK SKTPEIYLAY RNFMIDTYRL NPQEY LTST ACRRNLAGDV CAIMRVHAFL EQWGLINYQV DAESRPTPMG PPPTSHFHVL ADTPSGLVPL QPKTPQQTSA SQQMLN FPD KGKEKPTDMQ NFGLRTDMYT KKNVPSKSKA AASATREWTE QETLLLLEAL EMYKDDWNKV SEHVGSRTQD ECILHFL RL PIEDPYLEDS EASLGPLAYQ PIPFSQSGNP VMSTVAFLAS VVDPRVASAA AKSALEEFSK MKEEVPTALV EAHVRKVE E AAKVTGKADP AFGLESSGIA GTTSDEPERI EESGNDEARV EGQATDEKKE PKEPREGGGA IEEEAKEKTS EAPKKDEEK GKEGDSEKES EKSDGDPIVD PEKEKEPKEG QEEVLKEVVE SEGERKTKVE RDIGEGNLST AAAAALAAAA VKAKHLAAVE ERKIKSLVA LLVETQMKKL EIKLRHFEEL ETIMDREREA LEYQRQQLLA DRQAFHMEQL KYAEMRARQQ HFQQMHQQQQ Q PPPALPPG SQPIPPTGAA GPPAVHGLAV APASVVPAPA GSGAPPGSLG PSEQIGQAGS TAGPQQQQPA GAPQPGAVPP GV PPPGPHG PSPFPNQQTP PSMMPGAVPG SGHPGVAGNA PLGLPFGMPP PPPPPAPSII PFGSLADSIS INLPAPPNLH GHH HHLPFA PGTLPPPNLP VSMANPLHPN LPATTTMPSS LPLGPGLGSA AAQSPAIVAA VQGNLLPSAS PLPDPGTPLP PDPT APSPG TVTPVPPPQ

UniProtKB: SWI/SNF complex subunit SMARCC2

+
分子 #11: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of ch...

分子名称: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.311391 KDa
配列文字列: MAARAGFQSV APSGGAGASG GAGAAAALGP GGTPGPPVRM GPAPGQGLYR SPMPGAAYPR PGMLPGSRMT PQGPSMGPPG YGGNPSVRP GLAQSGMDQS RKRPAPQQIQ QVQQQAVQNR NHNAKKKKMA DKILPQRIRE LVPESQAYMD LLAFERKLDQ T IMRKRLDI ...文字列:
MAARAGFQSV APSGGAGASG GAGAAAALGP GGTPGPPVRM GPAPGQGLYR SPMPGAAYPR PGMLPGSRMT PQGPSMGPPG YGGNPSVRP GLAQSGMDQS RKRPAPQQIQ QVQQQAVQNR NHNAKKKKMA DKILPQRIRE LVPESQAYMD LLAFERKLDQ T IMRKRLDI QEALKRPIKQ KRKLRIFISN TFNPAKSDAE DGEGTVASWE LRVEGRLLED SALSKYDATK QKRKFSSFFK SL VIELDKD LYGPDNHLVE WHRTATTQET DGFQVKRPGD VNVRCTVLLM LDYQPPQFKL DPRLARLLGI HTQTRPVIIQ ALW QYIKTH KLQDPHEREF VICDKYLQQI FESQRMKFSE IPQRLHALLM PPEPIIINHV ISVDPNDQKK TACYDIDVEV DDTL KTQMN SFLLSTASQQ EIATLDNKIH ETIETINQLK TQREFMLSFA RDPQGFINDW LQSQCRDLKT MTDVVGNPEE ERRAE FYFQ PWAQEAVCRY FYSKVQQRRQ ELEQALGIRN T

UniProtKB: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1

+
分子 #12: Zinc finger protein ubi-d4

分子名称: Zinc finger protein ubi-d4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.554125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAVVENVVK LLGEQYYKDA MEQCHNYNAR LCAERSVRLP FLDSQTGVAQ SNCYIWMEKR HRGPGLASGQ LYSYPARRWR KKRRAHPPE DPRLSFPSIK PDTDQTLKKE GLISQDGSSL EALLRTDPLE KRGAPDPRVD DDSLGEFPVT NSRARKRILE P DDFLDDLD ...文字列:
MAAVVENVVK LLGEQYYKDA MEQCHNYNAR LCAERSVRLP FLDSQTGVAQ SNCYIWMEKR HRGPGLASGQ LYSYPARRWR KKRRAHPPE DPRLSFPSIK PDTDQTLKKE GLISQDGSSL EALLRTDPLE KRGAPDPRVD DDSLGEFPVT NSRARKRILE P DDFLDDLD DEDYEEDTPK RRGKGKSKGK GVGSARKKLD ASILEDRDKP YACDICGKRY KNRPGLSYHY AHSHLAEEEG ED KEDSQPP TPVSQRSEEQ KSKKGPDGLA LPNNYCDFCL GDSKINKKTG QPEELVSCSD CGRSGHPSCL QFTPVMMAAV KTY RWQCIE CKCCNICGTS ENDDQLLFCD DCDRGYHMYC LTPSMSEPPE GSWSCHLCLD LLKEKASIYQ NQNSSGTLEV LFQG PGGSG SAWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK

UniProtKB: Zinc finger protein ubi-d4

+
分子 #13: Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1

分子名称: Green fluorescent protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.735531 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMVSKGE ELFTGVVPIL VELDGDVNGH KFSVSGEGEG DATYGKLTLK FICTTGKLPV PWPTLVTTL TYGVQCFSRY PDHMKQHDFF KSAMPEGYVQ ERTIFFKDDG NYKTRAEVKF EGDTLVNRIE LKGIDFKEDG N ILGHKLEY ...文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMVSKGE ELFTGVVPIL VELDGDVNGH KFSVSGEGEG DATYGKLTLK FICTTGKLPV PWPTLVTTL TYGVQCFSRY PDHMKQHDFF KSAMPEGYVQ ERTIFFKDDG NYKTRAEVKF EGDTLVNRIE LKGIDFKEDG N ILGHKLEY NYNSHNVYIM ADKQKNGIKV NFKIRHNIED GSVQLADHYQ QNTPIGDGPV LLPDNHYLST QSKLSKDPNE KR DHMVLLE FVTAAGITLG MDELYKEAAA KEAAAKMAGH LASDFAFSPP PGGGGDGPGG PEPGWVDPRT WLSFQGPPGG PGI GPGVGP GSEVWGIPPC PPPYEFCGGM AYCGPQVGVG LVPQGGLETS QPEGEAGVGV ESNSDGASPE PCTVTPGAVK LEKE KLEQN PEESQDIKAL QKELEQFAKL LKQKRITLGY TQADVGLTLG VLFGKVFSQT TICRFEALQL SFKNMCKLRP LLQKW VEEA DNNENLQEIC KAETLVQARK RKRTSIENRV RGNLENLFLQ CPKPTLQQIS HIAQQLGLEK DVVRVWFCNR RQKGKR SSS DYAQREDFEA AGSPFSGGPV SFPLAPGPHF GTPGYGSPHF TALYSSVPFP EGEAFPPVSV TTLGSPMHSN LPETGGH HH HHH

UniProtKB: Green fluorescent protein, POU domain, class 5, transcription factor 1

+
分子 #14: Transcription factor SOX-2

分子名称: Transcription factor SOX-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.718679 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGMSPDRVKR PMNAFMVWSR GQRRKMAQEN PKMHNSEISK RLGAEWKLLS ETEKRPFIDE AKRLRALHM KEHPDYKYRP RRKTKT

UniProtKB: Transcription factor SOX-2

+
分子 #15: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 69.794414 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA) ...文字列:
(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)

+
分子 #16: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 70.389781 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG) ...文字列:
(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA) (DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 27074
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9rn2:
Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る