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万見
- EMDB-54070: CryoEM reconstruction of integrase filament at the lumen of nativ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54070
タイトルCryoEM reconstruction of integrase filament at the lumen of native HIV-1 cores (box size 47.3 nm)
マップデータMap locally filtered using EMReady
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: integrase
    • タンパク質・ペプチド: capsid
キーワードHIV-1 / integrase octamer / capsid hexamer / RNA binding / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / viral nucleocapsid / endonuclease activity ...exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell plasma membrane / host cell nucleus / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core ...Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.85 Å
データ登録者Cherepanov P / Singer MR / Hope J / Zhang P
資金援助 米国, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170791 米国
Wellcome TrustCC2058 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2058 英国
Cancer Research UKCC2058 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural bases for integrase-RNA binding and retention of viral RNA within HIV-1 capsid cores
著者: Singer M / Li Z / Rey JS / Hope J / Cook NJ / Puch E / Smith J / Zhou Z / Maslen S / Masino L / Nans A / Skehel M / Taylor IA / Zhang P / Perilla JR / Engelman AN / Cherepanov P
履歴
登録2025年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54070.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 139.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map locally filtered using EMReady
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 332 pix.
= 473.1 Å		1.43 Å/pix.
x 332 pix.
= 473.1 Å		1.43 Å/pix.
x 332 pix.
= 473.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.425 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.59
最小 - 最大-0.10594257 - 12.561370999999999
平均 (標準偏差)0.10718712 (±0.6819789)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ332332332
Spacing332332332
セルA=B=C: 473.09998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54070_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Globally sharpened map from CryoSPARC

ファイルemd_54070_additional_1.map
注釈Globally sharpened map from CryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_54070_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_54070_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: integrase
    • タンパク質・ペプチド: capsid

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: virus was produced by transfection of HEK293T cells with molecular clone
NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / Sci species strain: NL4-3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: NL4-3

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分子 #1: integrase

分子名称: integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL4-3
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: fldgidkaqe ehekyhsnwr amasdfnlpp vvakeivasc dkcqlkgeam hgqvdcspgi wqlncthleg kvilvavhva sgyieaevip aetgqetayf llklagrwpv ktvhtnngsn ftsttvkaac wwagikqefg ipynpqsqgv iesmnkelkk iigqvrdqae ...文字列:
fldgidkaqe ehekyhsnwr amasdfnlpp vvakeivasc dkcqlkgeam hgqvdcspgi wqlncthleg kvilvavhva sgyieaevip aetgqetayf llklagrwpv ktvhtnngsn ftsttvkaac wwagikqefg ipynpqsqgv iesmnkelkk iigqvrdqae hlktavqmav fihnfkrkgg iggysageri vdiiatdiqt kelqkqitki qnfrvyyrds rdpvwkgpak llwkgegavv iqdnsdikvv prrkakiird ygkqmagddc vasrqded

UniProtKB: Gag-Pol polyprotein

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分子 #2: capsid

分子名称: capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL4-3
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: pivqnlqgqm vhqaisprtl nawvkvveek afspevipmf salsegatpq dlntmlntvg ghqaamqmlk etineeaaew drlhpvhagp iapgqmrepr gsdiagttst lqeqigwmth nppipvgeiy krwiilglnk ivrmysptsi ldirqgpkep frdyvdrfyk ...文字列:
pivqnlqgqm vhqaisprtl nawvkvveek afspevipmf salsegatpq dlntmlntvg ghqaamqmlk etineeaaew drlhpvhagp iapgqmrepr gsdiagttst lqeqigwmth nppipvgeiy krwiilglnk ivrmysptsi ldirqgpkep frdyvdrfyk tlraeqasqe vknwmtetll vqnanpdckt ilkalgpgat leemmtacqg vggpghkarv l

UniProtKB: Gag-Pol polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMTris-HClTris hydrochloride
1.0 mMIP6inositol hexaphosphate
糖包埋材質: vitreous ice
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 49.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction in CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / 使用した粒子像数: 46116
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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