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- EMDB-53923: Structure of the Human Peptide-Loading Complex Arrested by HCMV US6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53923
タイトルStructure of the Human Peptide-Loading Complex Arrested by HCMV US6
マップデータ
試料
  • 複合体: Human peptide-loading complex arrested by HCMV US6
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 5種
キーワードantigen processing / adaptive immunity / cryo-EM / ER chaperones / MHC class I / transporter associated with antigen processing / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / Tapasin-ERp57 complex / MHC class I protein complex binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type peptide antigen transporter activity / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity ...MHC class Ib protein complex assembly / peptide antigen stabilization / Tapasin-ERp57 complex / MHC class I protein complex binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type peptide antigen transporter activity / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP2 binding / TAP1 binding / peptide antigen transport / MHC class Ib protein binding / cytosol to endoplasmic reticulum transport / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of protein complex stability / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / TAP complex binding / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / molecular sequestering activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein folding chaperone / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / defense response / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / ADP binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transmembrane transport / centriolar satellite / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / unfolded protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / protein transport / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / regulation of gene expression / protein refolding / protein-containing complex assembly / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / adaptive immune response / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / nuclear speck / immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Viral unique short region 6 / Viral unique short region 6 / Tapasin / Antigen peptide transporter 2 / ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. ...Viral unique short region 6 / Viral unique short region 6 / Tapasin / Antigen peptide transporter 2 / ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Tapasin / Unique short US6 glycoprotein / Beta-2-microglobulin / Antigen peptide transporter 1 / Antigen peptide transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Stolz M / Susac L / Trowitzsch S / Tampe R
資金援助European Union, ドイツ, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)789121European Union
European Research Council (ERC)101141396European Union
German Research Foundation (DFG)TA157/12-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1507/P18 ドイツ
Other privateUR013222 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2025年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53923.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.042457413 - 0.92385787
平均 (標準偏差)0.008457146 (±0.017306233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human peptide-loading complex arrested by HCMV US6

全体名称: Human peptide-loading complex arrested by HCMV US6
要素
  • 複合体: Human peptide-loading complex arrested by HCMV US6
    • タンパク質・ペプチド: Antigen peptide transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Tapasin
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Antigen peptide transporter 2
    • タンパク質・ペプチド: Unique short US6 glycoprotein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human peptide-loading complex arrested by HCMV US6

超分子名称: Human peptide-loading complex arrested by HCMV US6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Antigen peptide transporter 1

分子名称: Antigen peptide transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type antigen peptide transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Burkitt lymphoma
分子量理論値: 81.080383 KDa
配列文字列: MASSRCPAPR GCRCLPGASL AWLGTVLLLL ADWVLLRTAL PRIFSLLVPT ALPLLRVWAV GLSRWAVLWL GACGVLRATV GSKSENAGA QGWLAALKPL AAALGLALPG LALFRELISW GAPGSADSTR LLHWGSHPTA FVVSYAAALP AAALWHKLGS L WVPGGQGG ...文字列:
MASSRCPAPR GCRCLPGASL AWLGTVLLLL ADWVLLRTAL PRIFSLLVPT ALPLLRVWAV GLSRWAVLWL GACGVLRATV GSKSENAGA QGWLAALKPL AAALGLALPG LALFRELISW GAPGSADSTR LLHWGSHPTA FVVSYAAALP AAALWHKLGS L WVPGGQGG SGNPVRRLLG CLGSETRRLS LFLVLVVLSS LGEMAIPFFT GRLTDWILQD GSADTFTRNL TLMSILTIAS AV LEFVGDG IYNNTMGHVH SHLQGEVFGA VLRQETEFFQ QNQTGNIMSR VTEDTSTLSD SLSENLSLFL WYLVRGLCLL GIM LWGSVS LTMVTLITLP LLFLLPKKVG KWYQLLEVQV RESLAKSSQV AIEALSAMPT VRSFANEEGE AQKFREKLQE IKTL NQKEA VAYAVNSWTT SISCMLLKVG ILYIGGQLVT SGAVSSGNLV TFVLYQMQFT QAVEVLLSIY PRVQKAVGSS EKIFE YLDR TPRCPPSGLL TPLHLEGLVQ FQDVSFAYPN RPDVLVLQGL TFTLRPGEVT ALVGPNGSGK STVAALLQNL YQPTGG QLL LDGKPLPQYE HRYLHRQVAA VGQEPQVFGR SLQENIAYGL TQKPTMEEIT AAAVKSGAHS FISGLPQGYD TEVDEAG SQ LSGGQRQAVA LARALIRKPC VLILDDATSA LDANSQLQVE QLLYESPERY SRSVLLITQH LSLVEQADHI LFLEGGAI R EGGTHQQLME KKGCYWAMVQ APADAPE

UniProtKB: Antigen peptide transporter 1

+
分子 #2: Tapasin

分子名称: Tapasin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Burkitt lymphoma
分子量理論値: 47.673539 KDa
配列文字列: MKSLSLLLAV ALGLATAVSA GPAVIECWFV EDASGKGLAK RPGALLLRQG PGEPPPRPDL DPELYLSVHD PAGALQAAFR RYPRGAPAP HCEMSRFVPL PASAKWASGL TPAQNCPRAL DGAWLMVSIS SPVLSLSSLL RPQPEPQQEP VLITMATVVL T VLTHTPAP ...文字列:
MKSLSLLLAV ALGLATAVSA GPAVIECWFV EDASGKGLAK RPGALLLRQG PGEPPPRPDL DPELYLSVHD PAGALQAAFR RYPRGAPAP HCEMSRFVPL PASAKWASGL TPAQNCPRAL DGAWLMVSIS SPVLSLSSLL RPQPEPQQEP VLITMATVVL T VLTHTPAP RVRLGQDALL DLSFAYMPPT SEAASSLAPG PPPFGLEWRR QHLGKGHLLL AATPGLNGQM PAAQEGAVAF AA WDDDEPW GPWTGNGTFW LPRVQPFQEG TYLATIHLPY LQGQVTLELA VYKPPKVSLM PATLARAAPG EAPPELLCLV SHF YPSGGL EVEWELRGGP GGRSQKAEGQ RWLSALRHHS DGSVSLSGHL QPPPVTTEQH GARYACRIHH PSLPASGRSA EVTL EVAGL SGPSLEDSVG LFLSAFLLLG LFKALGWAAV YLSTCKDSKK KAE

UniProtKB: Tapasin

+
分子 #3: MHC class I antigen

分子名称: MHC class I antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: HLA-B*15:10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Burkitt lymphoma
分子量理論値: 40.480973 KDa
配列文字列: MLVMAPRTVL LLLSAALALT ETWAGSHSMR YFYTSVSRPG RGEPRFISVG YVDDTQFVRF DSDAASPREE PRAPWIEQEG PEYWDRNTQ IYKAQAQTDR ESLRNLRGYY NQSEAGSHTL QSMYGCDVGP DGRLLRGHDQ YAYDGKDYIA LNEDLRSWTA A DTAAQITQ ...文字列:
MLVMAPRTVL LLLSAALALT ETWAGSHSMR YFYTSVSRPG RGEPRFISVG YVDDTQFVRF DSDAASPREE PRAPWIEQEG PEYWDRNTQ IYKAQAQTDR ESLRNLRGYY NQSEAGSHTL QSMYGCDVGP DGRLLRGHDQ YAYDGKDYIA LNEDLRSWTA A DTAAQITQ RKWEAAREAE QRRAYLEGEC VEWLRRYLEN GKDKLERADP PKTHVTHHPI SDHEATLRCW ALGFYPAEIT LT WQRDGED QTQDTELVET RPAGDRTFQK WAAVVVPSGE EQRYTCHVQH EGLPKPLTLR WEPSSQSTVP IVGIVAGLAV LAV VVIGAV VAAVMCRKKS SGGKGGSYSQ AACSDSAQGS DVSLTA

UniProtKB: MHC class I antigen

+
分子 #4: Beta-2-microglobulin

分子名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Burkitt lymphoma
分子量理論値: 13.732547 KDa
配列文字列:
MSRSVALAVL ALLSLSGLEA IQRTPKIQVY SRHPAENGKS NFLNCYVSGF HPSDIEVDLL KNGERIEKVE HSDLSFSKDW SFYLLYYTE FTPTEKDEYA CRVNHVTLSQ PKIVKWDRDM

UniProtKB: Beta-2-microglobulin

+
分子 #5: Antigen peptide transporter 2

分子名称: Antigen peptide transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type antigen peptide transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Burkitt lymphoma
分子量理論値: 74.697242 KDa
配列文字列: RPWTSLLLVD AALLWLLQGP LGTLLPQGLP GLWLEGTLRL GGLWGLLKLR GLLGFVGTLL LPLCLATPLT VSLRALVAGA SRAPPARVA SAPWSWLLVG YGAAGLSWSL WAVLSPPGAQ EKEQDQVNNK VLMWRLLKLS RPDLPLLVAA FFFLVLAVLG E TLIPHYSG ...文字列:
RPWTSLLLVD AALLWLLQGP LGTLLPQGLP GLWLEGTLRL GGLWGLLKLR GLLGFVGTLL LPLCLATPLT VSLRALVAGA SRAPPARVA SAPWSWLLVG YGAAGLSWSL WAVLSPPGAQ EKEQDQVNNK VLMWRLLKLS RPDLPLLVAA FFFLVLAVLG E TLIPHYSG RVIDILGGDF DPHAFASAIF FMCLFSFGSS LSAGCRGGCF TYTMSRINLR IREQLFSSLL RQDLGFFQET KT GELNSRL SSDTTLMSNW LPLNANVLLR SLVKVVGLYG FMLSISPRLT LLSLLHMPFT IAAEKVYNTR HQEVLREIQD AVA RAGQVV REAVGGLQTV RSFGAEEHEV CRYKEALEQC RQLYWRRDLE RALYLLVRRV LHLGVQMLML SCGLQQMQDG ELTQ GSLLS FMIYQESVGS YVQTLVYIYG DMLSNVGAAE KVFSYMDRQP NLPSPGTLAP TTLQGVVKFQ DVSFAYPNRP DRPVL KGLT FTLRPGEVTA LVGPNGSGKS TVAALLQNLY QPTGGQVLLD EKPISQYEHC YLHSQVVSVG QEPVLFSGSV RNNIAY GLQ SCEDDKVMAA AQAAHADDFI QEMEHGIYTD VGEKGSQLAA GQKQRLAIAR ALVRDPRVLI LDEATSALDV QCEQALQ DW NSRGDRTVLV IAHRLQTVQR AHQILVLQEG KLQKL

UniProtKB: Antigen peptide transporter 2

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分子 #6: Unique short US6 glycoprotein

分子名称: Unique short US6 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.671127 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDLLIRLGFL LMCALPTPGE RSSRDPKTLL SLSPRQQACV PRTKSHRPVC YNDTGDCTDA DDSWKQLGED FAHQCLQAAK KRPKTHKSR PNDRNLEGRL TCQRVRRLLP CDLDIHPSHR LLTLMNNCVC DGAVWNAFRL IERHGFFAVT LYLCCGITLL V VILALLCS ITYESTGRGI RRCGS

UniProtKB: Unique short US6 glycoprotein

+
分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
分子 #11: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #12: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S-NaOHHEPES-sodium hydroxide
150.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.05 %C56H92O25glycodiosgenin
2.5 mMC10H16N2O3Sbiotin

詳細: 20 mM HEPES-NaOH pH 6.5, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 2.5 mM biotin, 0.05% (w/v) glycodiosgenin
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 5, Blot time 5 s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 25454 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60241 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 726723
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: OTHER
詳細: Composite map generated from 4 focus maps ranging 2.59 - 2.88 A
使用した粒子像数: 269213
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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