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万見
- EMDB-53736: Human Adenovirus D 10 Capsid Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53736
タイトルHuman Adenovirus D 10 Capsid Structure
マップデータAdditional map of asymmetric unit of adenovirus capsid. Sharpened using phenix autosharpen and used for model building. Note this map does not share Cartesian coordinates with the primary or raw maps.
試料
  • ウイルス: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
キーワードvirus / adenovirus / capsid / conjunctivitis
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / viral procapsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral capsid / host cell / host cell cytoplasm ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / viral procapsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral capsid / host cell / host cell cytoplasm / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI ...Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Hexon-interlacing protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein / Pre-protein VI
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Waraich K / Mundy RM / Bates EA / da Fonseca P / Morris E / Rizkallah PJ / Baker AT / Young MT / Parker AL / Bhella D
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Identification of a novel structural motif and overexpression of key transcripts elucidated in Adenovirus 10
著者: Mundy RM / Waraich K / Bates EA / Rizkallah PJ / Baker AT / Young MT / Morris E / da Fonseca PCA / Bliss CM / Matthews D / Bhella D / Parker AL
履歴
登録2025年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2025年12月17日-
現状2025年12月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53736.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53736.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Additional map of asymmetric unit of adenovirus capsid. Sharpened using phenix autosharpen and used for model building. Note this map does not share Cartesian coordinates with the primary or raw maps.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 720 pix.
= 1193.76 Å		1.66 Å/pix.
x 720 pix.
= 1193.76 Å		1.66 Å/pix.
x 720 pix.
= 1193.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.658 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0216
最小 - 最大-0.09941467 - 0.11087721
平均 (標準偏差)0.0027774307 (±0.008876976)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 1193.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional map of asymmetric unit of adenovirus capsid....

ファイルemd_53736_additional_1.map
注釈Additional map of asymmetric unit of adenovirus capsid. Sharpened using phenix autosharpen and used for model building. Note this map does not share Cartesian coordinates with the primary or raw maps.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2 from RELION Refine3D

ファイルemd_53736_half_map_1.map
注釈Half Map 2 from RELION Refine3D
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1 from RELION Refine3D

ファイルemd_53736_half_map_2.map
注釈Half Map 1 from RELION Refine3D
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus D10

全体名称: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein

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超分子 #1: Human adenovirus D10

超分子名称: Human adenovirus D10 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Propagation of viral stock in immortalised human cell line and purification by Caesium chloride density gradients.
NCBI-ID: 28275 / 生物種: Human adenovirus D10 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Pre-protein VI

分子名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 25.546086 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEDINFASLA PRHGTRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFNWSSV WSGLKNFGST LRTYGNKAWN SSTGQLLREK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAV QREINSRLDP RPPTVVEMED ATLPPPKGEK RPRPDAEETI LQVDEPPSYE EAVKAGMPTT R IIAPLATG ...文字列:
MEDINFASLA PRHGTRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFNWSSV WSGLKNFGST LRTYGNKAWN SSTGQLLREK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAV QREINSRLDP RPPTVVEMED ATLPPPKGEK RPRPDAEETI LQVDEPPSYE EAVKAGMPTT R IIAPLATG VMKPATLDLP PPPAPAPPKA TPVVQAPPVA TAVRRVPARR QAQNWQSTLH SIVGLGVKSL KRRRCY

UniProtKB: Pre-protein VI

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分子 #2: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 106.26843 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMPQWAYMHI AGQDASEYLS PGLVQFARAT DTYFSLGNKF RNPTVAPTHD VTTDRSQRLT LRFVPVDRED TTYSYKARFT LAVGDNRVL DMASTYFDIR GVLDRGPSFK PYSGTAYNSL APKSAPNPSQ WTANEKQTGG QPKSVTQTFG SAPMGGSNIT I EGLVIGTK ...文字列:
MMPQWAYMHI AGQDASEYLS PGLVQFARAT DTYFSLGNKF RNPTVAPTHD VTTDRSQRLT LRFVPVDRED TTYSYKARFT LAVGDNRVL DMASTYFDIR GVLDRGPSFK PYSGTAYNSL APKSAPNPSQ WTANEKQTGG QPKSVTQTFG SAPMGGSNIT I EGLVIGTK EEEGNATEEI FADKTFQPEP QVGEENWQET EAFYGGRALK KDTKMKPCYG SFARPTNEKG GQAKLKLNDQ GQ PTKDYDI DLAFFDTPGG TPPTGSGQQE EYKADIVMYT ENVNLETPDT HVVYKPGKED ESSETNLTQQ SMPNRPNYIG FRD NFVGLM YYNSTGNMGV LAGQASQLNA VVDLQDRNTE LSYQLLLDSL GDRTRYFSMW NSAVDSYDPD VRIIENHGVE DELP NYCFP LNGTGTNSTY QGVKVKTGQD GAEETEWDKD ETVARQNQIA KGNVYAMEIN LQANLWKSFL YSNVALYLPD SYKYT PANV TLPANTNTYE YMNGRVVAPS LVDAYINIGA RWSLDPMDNV NPFNHHRNAG LRYRSMLLGN GRYVPFHIQV PQKFFA IKN LLLLPGSYTY EWNFRKDVNM ILQSSLGNDL RVDGASVRFD SVNLYATFFP MAHNTASTLE AMLRNDTNDQ SFNDYLS AA NMLYPIPAKA TNVPISIPSR NWAAFRGWSF TRLKTKETPS LGSGFDPYFV YSGSIPYLDG TFYLNHTFKK VSIMFDSS V SWPGNDRLLT PNEFEIKRSV DGEGYNVAQC NMTKDWFLVQ MLSHYNIGYQ GFHVPEGYKD RMYSFFRNFQ PMSRQVVDE INYKDYKAVT LPFQHNNSGF TGYLAPTMRQ GQPYPANFPY PLIGQTAVPS VTQKKFLCDR VMWRIPFSSN FMSMGALTDL GQNMLYANS AHALDMTFEV DPMDEPTLLY LLFEVFDVVR VHQPHRGVIE AVYLRTPFSA GN

UniProtKB: Hexon protein

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分子 #3: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 58.631703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRRAVVSSSP PPSYESVMAQ ATLEVPFVPP RYMAPTEGRN SIRYSELAPQ YDTTRVYLVD NKSADIASLN YQNDHSNFLT TVVQNNDFT PAEASTQTIN FDERSRWGGD LKTILHTNMP NVNEYMFTSK FKARVMVARK HPEGVVETDL SQDKLEYEWF E FTLPEGNF ...文字列:
MRRAVVSSSP PPSYESVMAQ ATLEVPFVPP RYMAPTEGRN SIRYSELAPQ YDTTRVYLVD NKSADIASLN YQNDHSNFLT TVVQNNDFT PAEASTQTIN FDERSRWGGD LKTILHTNMP NVNEYMFTSK FKARVMVARK HPEGVVETDL SQDKLEYEWF E FTLPEGNF SETMTIDLMN NAILENYLQV GRQNGVLESD IGVKFDSRNF KLGWDPVTKL VMPGVYTYEA FHPDVVLLPG CG VDFTESR LSNLLGIRKK QPFQEGFRIM YEDLEGGNIP ALLDVPKYLE SKKKVEDETK NAAAATADTT TRGDTFATPA QET AADKKV EVLPIEKDES GRSYNLIQGT HDTLYRSWYL SYTYGDPEKG VQSWTLLTTP DVTCGAEQVY WSLPDLMQDP VTFR STQQV SNYPVVGAEL MPFRAKSFYN DLAVYSQLIR SYTSLTHVFN RFPDNQILCR PPAPTITTVS ENVPALTDHG TLPLR SSIR GVQRVTVTDA RRRTCPYVYK ALGIVAPRVL SSRTF

UniProtKB: Penton protein

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分子 #4: Pre-hexon-linking protein IIIa

分子名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 62.170395 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQQAPDPAIR AALQSQPSGI ASDDWEAAMQ RIMALTTRNP ESFRQQPQAN RLSAILEAVV PSRTNPTHEK VLAIVNALAE NKAIRPDEA GLVYNALLER VGRYNSTNVQ SNLDRLVTDV REAVAQRERF KNEGLGSLVA LNAFLATQPA NVPRGQDDYT N FISALRLM ...文字列:
MQQAPDPAIR AALQSQPSGI ASDDWEAAMQ RIMALTTRNP ESFRQQPQAN RLSAILEAVV PSRTNPTHEK VLAIVNALAE NKAIRPDEA GLVYNALLER VGRYNSTNVQ SNLDRLVTDV REAVAQRERF KNEGLGSLVA LNAFLATQPA NVPRGQDDYT N FISALRLM VTEVPQSEVY QSGPDYFFQT SRQGLQTVNL SQAFKNLRGL WGVQAPVGDR STVSSLLTPN SRLLLLLIAP FT DSGSVNR NSYLGHLLTL YREAIGQAQV DEQTFQEITS VSRALGQNDT DSLRATLNFL LTNRQQKIPA QYALSAEEER ILR YVQQSV GLFLMQEGAT PSAALDMTAR NMEPSMYAAN RPFINKLMDY LHRAAVMNTD YFTNAILNPH WLPPPGFYTG EYDM PDPND GFLWDDVDSV VFSPTFQKRQ EAPPSEGAVG RSPFPSLGSL HSLPGSVNSG RVSRPRLLGE DEYLNDSLLQ PPRAK NAMA NNGIESLVDK LNRWKTYAQD HRDAPAPRRQ RHDRQRGLVW DDEDSADDSS VLDLGGSGGV NPFAHLQPKL GRRMF

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa

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分子 #5: Pre-hexon-linking protein VIII

分子名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 24.660668 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSTR MNWLSAGPSM ISRVNGVRNH RNQILLEQAA VTSTPRAKLN PRNWPSTLVY QEIPGPTTV LLPRDALAEV RMTNSGVQLA GGASRCPLRP QSGIKTLVIR GRGTQLNDEL VSSSIGLRPD GVFQLAGAGR S SFTPNQAY ...文字列:
MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSTR MNWLSAGPSM ISRVNGVRNH RNQILLEQAA VTSTPRAKLN PRNWPSTLVY QEIPGPTTV LLPRDALAEV RMTNSGVQLA GGASRCPLRP QSGIKTLVIR GRGTQLNDEL VSSSIGLRPD GVFQLAGAGR S SFTPNQAY LTLQSSSSEP RSGGIGTLQF VEEFVPSVYF NPFSGSPGLY PDEFIPNFDA VREAVDGYD

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII

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分子 #6: Hexon-interlacing protein

分子名称: Hexon-interlacing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus D10 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 13.773352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MNGTGGAFEG GLFSPYLTTR LPGWAGVRQN VMGSTVDGRP VLPANSSTMT YATVGSSSLD STAAAAAAAA AMTATRLASS YMPSSGSSP SVPSSIIAEE KLLALLAELE ALSRQLAALT QQVSELREQQ QQQNK

UniProtKB: Hexon-interlacing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: Phosphate Buffered Saline (PBS) 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 5524
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9r78:
Human Adenovirus D 10 Capsid Structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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