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- EMDB-5370: Cryo-EM structure of full-length NSF in the ADP-AlFx state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5370
タイトルCryo-EM structure of full-length NSF in the ADP-AlFx state
マップデータNSF hexamer in the ADP-AlFx state
試料
  • 試料: N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF)
  • タンパク質・ペプチド: N-ethylmaleimide-sensitive factor
キーワードmembrane fusion / AAA+ ATPase
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Chang LF / Chen S / Liu CC / Pan X / Jiang J / Bai XC / Xie X / Wang HW / Sui SF
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of full-length NSF and 20S particles.
著者: Lei-Fu Chang / Song Chen / Cui-Cui Liu / Xijiang Pan / Jiansen Jiang / Xiao-Chen Bai / Xin Xie / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui /
要旨: The 20S particle, which is composed of the N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF), soluble NSF attachment proteins (SNAPs) and the SNAP receptor (SNARE) complex, has an essential role in ...The 20S particle, which is composed of the N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF), soluble NSF attachment proteins (SNAPs) and the SNAP receptor (SNARE) complex, has an essential role in intracellular vesicle fusion events. Using single-particle cryo-EM and negative stain EM, we reconstructed four related three-dimensional structures: Chinese hamster NSF hexamer in the ATPγS, ADP-AlFx and ADP states, and the 20S particle. These structures reveal a parallel arrangement between the D1 and D2 domains of the hexameric NSF and characterize the nucleotide-dependent conformational changes in NSF. The structure of the 20S particle shows that it holds the SNARE complex at two interaction interfaces around the C terminus and N-terminal half of the SNARE complex, respectively. These findings provide insight into the molecular mechanism underlying disassembly of the SNARE complex by NSF.
履歴
登録2011年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月3日-
マップ公開2012年2月1日-
更新2012年2月13日-
現状2012年2月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5370_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NSF hexamer in the ADP-AlFx state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.6 / ムービー #1: 3.1
最小 - 最大-3.12247753 - 7.14976835
平均 (標準偏差)0.01975193 (±0.99822831)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 230.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z230.400230.400230.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-3.1227.1500.020

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF)

全体名称: N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF)
要素
  • 試料: N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF)
  • タンパク質・ペプチド: N-ethylmaleimide-sensitive factor

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超分子 #1000: N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF)

超分子名称: N-ethylmaleimide-sensitive factor (NSF) / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was freshly purified. / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1

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分子 #1: N-ethylmaleimide-sensitive factor

分子名称: N-ethylmaleimide-sensitive factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NSF / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
別称: Chinese hamster
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2010年9月29日
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: CT3500 / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1nsf

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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