EMDB-53691: 2.8A AAV from Tundra Falcon C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-53691

タイトル

2.8A AAV from Tundra Falcon C

マップデータ

試料

複合体: AAV9

キーワード

I1 symmetry / Tundra / Falcon C / AAV9 / VIRUS LIKE PARTICLE

生物種

AAV expression vector pTR-UF50-BC (その他)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Koh FA / Karia D / Yang W / Yu L / Khavnekar S / Kotecha A

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sub-3 A resolution structure determination using single-particle cryo-EM at 100 keV
著者: Karia D / Koh A / Yang W / Cushing V / van der Ploeg R / Basanta B / Mihaylov D / Khavnekar S / Vyroubal O / Malinsky M / Shanel O / Dolezal V / Plitzko JM / Yu L / Lander GC / Aricescu R / Greber B / Kotecha A

履歴

登録	2025年5月13日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年6月11日	-
マップ公開	2025年6月11日	-
更新	2025年6月11日	-
現状	2025年6月11日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_53691.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_53691.map.gz	39.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-53691-v30.xml emd-53691.xml	13.3 KB 13.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_53691_fsc.xml	9.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_53691.png	251.8 KB
Filedesc metadata	emd-53691.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_53691_half_map_1.map.gz emd_53691_half_map_2.map.gz	64.6 MB 64.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-53691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-53691	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_53691_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_53691_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_53691_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_53691_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-53691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-53691	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	51481C 51483C 51487C 51503C 51506C 51508C 51511C 51512C 51519C 51525C 51526C 51540C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_53691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.29 Å/pix. x 280 pix. = 359.8 Å	1.29 Å/pix. x 280 pix. = 359.8 Å	1.29 Å/pix. x 280 pix. = 359.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.285 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.03
最小 - 最大	-0.08669228 - 0.16165227
平均 (標準偏差)	0.0011286921 (±0.011078056)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_53691_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_53691_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : AAV9

全体	名称: AAV9
要素	複合体: AAV9

-
超分子 #1: AAV9

超分子	名称: AAV9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: AAV expression vector pTR-UF50-BC (その他)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 2.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS TUNDRA
撮影	フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.2 µm

+
画像解析

詳細	Falcon C
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 20361
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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