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- EMDB-5369: Structural transitions in RCNMV revealing potential mechanism of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5369
タイトルStructural transitions in RCNMV revealing potential mechanism of RNA release (native map)
マップデータthis is EM map of native RCNMV
試料
  • 試料: RCNMV
  • ウイルス: Red clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
キーワードcryo-electron microscopy / virus / red clover necrotic mosaic virus
生物種Red clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Sherman MB / Guenther RH / Tama F / Sit TL / Brooks CL / Mikhailov AM / Orlova EV / Baker TS / Lommel SA
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2006
タイトル: Removal of divalent cations induces structural transitions in red clover necrotic mosaic virus, revealing a potential mechanism for RNA release.
著者: Michael B Sherman / Richard H Guenther / Florence Tama / Tim L Sit / Charles L Brooks / Albert M Mikhailov / Elena V Orlova / Timothy S Baker / Steven A Lommel /
要旨: The structure of Red clover necrotic mosaic virus (RCNMV), an icosahedral plant virus, was resolved to 8.5 A by cryoelectron microscopy. The virion capsid has prominent surface protrusions and ...The structure of Red clover necrotic mosaic virus (RCNMV), an icosahedral plant virus, was resolved to 8.5 A by cryoelectron microscopy. The virion capsid has prominent surface protrusions and subunits with a clearly defined shell and protruding domains. The structures of both the individual capsid protein (CP) subunits and the entire virion capsid are consistent with other species in the Tombusviridae family. Within the RCNMV capsid, there is a clearly defined inner cage formed by complexes of genomic RNA and the amino termini of CP subunits. An RCNMV virion has approximately 390 +/- 30 Ca2+ ions bound to the capsid and 420 +/- 25 Mg2+ ions thought to be in the interior of the capsid. Depletion of both Ca2+ and Mg2+ ions from RCNMV leads to significant structural changes, including (i) formation of 11- to 13-A-diameter channels that extend through the capsid and (ii) significant reorganization within the interior of the capsid. Genomic RNA within native capsids containing both Ca2+ and Mg2+ ions is extremely resistant to nucleases, but depletion of both of these cations results in nuclease sensitivity, as measured by a significant reduction in RCNMV infectivity. These results indicate that divalent cations play a central role in capsid dynamics and suggest a mechanism for the release of viral RNA in low-divalent-cation environments such as those found within the cytoplasm of a cell.
履歴
登録2011年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年12月19日-
マップ公開2011年12月19日-
更新2011年12月19日-
現状2011年12月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5369_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈this is EM map of native RCNMV
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 256 pix.
= 384. Å		1.5 Å/pix.
x 256 pix.
= 384. Å		1.5 Å/pix.
x 256 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.0 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-15.3528 - 36.969900000000003
平均 (標準偏差)0.805978 (±7.82186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 384 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.51.51.5
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.000384.000384.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-15.35336.9700.806

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RCNMV

全体名称: RCNMV
要素
  • 試料: RCNMV
  • ウイルス: Red clover necrotic mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1000: RCNMV

超分子名称: RCNMV / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse sample / Number unique components: 1
分子量理論値: 7 MDa

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超分子 #1: Red clover necrotic mosaic virus

超分子名称: Red clover necrotic mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RCNMV / NCBI-ID: 12267 / 生物種: Red clover necrotic mosaic virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RCNMV
宿主生物種: Dianthus (植物) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
分子量実験値: 7 MDa / 理論値: 7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 366 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 10 mM Tris-HCl
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: cryo-plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度最低: 95 K / 最高: 123 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: manual / Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2003年10月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 2500 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1.5 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49523 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダー: GATAN 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT / 使用した粒子像数: 4000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2tbv

ソフトウェア名称: SITUS
詳細Protocol: NNM
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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