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- EMDB-53517: USP7 bound to a nucleosome/p53 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53517
タイトルUSP7 bound to a nucleosome/p53 complex
マップデータLocally filtered map
試料
  • 複合体: p53/USP7 in complex with a nucleosome
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • DNA: DNA 153-mer
      • DNA: DNA 153-mer
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • 複合体: p53/USP7 complex
      • タンパク質・ペプチド: Cellular tumor antigen p53
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDeubiquitination / HYDROLASE
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Chakraborty D / Kater L / Kempf G / Cavadini S / Thoma NH
資金援助European Union, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
Swiss National Science Foundation スイス
Other private
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: USP7 bound to a nucleosome/p53 complex
著者: Tbd TB
履歴
登録2025年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53517.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 210 pix.
= 354.9 Å		1.69 Å/pix.
x 210 pix.
= 354.9 Å		1.69 Å/pix.
x 210 pix.
= 354.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.197
最小 - 最大-1.4571027 - 2.702778
平均 (標準偏差)0.00058068853 (±0.07241655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 354.90002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
追加マップ: Unfiltered and unsharpened map

ファイルemd_53517_additional_1.map
注釈Unfiltered and unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_53517_half_map_1.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_53517_half_map_2.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : p53/USP7 in complex with a nucleosome

全体名称: p53/USP7 in complex with a nucleosome
要素
  • 複合体: p53/USP7 in complex with a nucleosome
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • DNA: DNA 153-mer
      • DNA: DNA 153-mer
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • 複合体: p53/USP7 complex
      • タンパク質・ペプチド: Cellular tumor antigen p53
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: p53/USP7 in complex with a nucleosome

超分子名称: p53/USP7 in complex with a nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #11-#17, #10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Nucleosome core particle

超分子名称: Nucleosome core particle / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11-#15, #10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: p53/USP7 complex

超分子名称: p53/USP7 complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #16-#17
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #10: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMARTKQT ARKSTGGKAP RKQLATKAAR KSAPATGGVK KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQS SAVMALQEAC EAYLVGLFED TNLCAIHAKR VTIMPKDIQL ARRIRGERA

+
分子 #11: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKG GKGLGKGGAK RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMDV VYALKRQGRT LYGFGG

+
分子 #12: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSGRGKQ GGKARAKAKT RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYSERVGAG APVYLAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQLA IRNDEELNKL LGRVTIAQGG VLPNIQAVLL PKKTESHHKA KGK

+
分子 #13: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMPEPAKS APAPKKGSKK AVTKAQKKDG KKRKRSRKES YSIYVYKVLK QVHPDTGISS KAMGIMNSFV NDIFERIAGE ASRLAHYNKR STITSREIQT AVRLLLPGEL AKHAVSEGTK AVTKYTSA

+
分子 #16: Cellular tumor antigen p53

分子名称: Cellular tumor antigen p53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMEEPQS DPSVEPPLSQ ETFSDLWKLL PENNVLSPLP SQAMDDLMLS PDDIEQWFTE DPGPDEAPRM PEAAPPVAPA PAAPTPAAPA PAPSWPLSSS VPSQKTYQGS YGFRLGFLHS GTAKSVTCTY SPALNKMFCQ LAKTCPVQLW ...文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMEEPQS DPSVEPPLSQ ETFSDLWKLL PENNVLSPLP SQAMDDLMLS PDDIEQWFTE DPGPDEAPRM PEAAPPVAPA PAAPTPAAPA PAPSWPLSSS VPSQKTYQGS YGFRLGFLHS GTAKSVTCTY SPALNKMFCQ LAKTCPVQLW VDSTPPPGTR VRAMAIYKQS QHMTEVVRRC PHHERCSDSD GLAPPQHLIR VEGNLRVEYL DDRNTFRHSV VVPYEPPEVG SDCTTIHYNY MCNSSCMGGM NRRPILTIIT LEDSSGNLLG RNSFEVRVCA CPGRDRRTEE ENLRKKGEPH HELPPGSTKR ALPNNTSSSP QPKKKPLDGE YFTLQIRGRE RFEMFRELNE ALELKDAQAG KEPGGSRAHS SHLKSKKGQS TSRHKKLMFK TEGPDSD

+
分子 #17: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7

分子名称: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMNHQQQ QQQQKAGEQQ LSEPEDMEME AGDTDDPPRI TQNPVINGNV ALSDGHNTAE EDMEDDTSWR SEATFQFTVE RFSRLSESVL SPPCFVRNLP WKIMVMPRFY PDRPHQKSVG FFLQCNAESD STSWSCHAQA VLKIINYRDD ...文字列:
MDWSHPQFEK SAVDENLYFQ GGGRMNHQQQ QQQQKAGEQQ LSEPEDMEME AGDTDDPPRI TQNPVINGNV ALSDGHNTAE EDMEDDTSWR SEATFQFTVE RFSRLSESVL SPPCFVRNLP WKIMVMPRFY PDRPHQKSVG FFLQCNAESD STSWSCHAQA VLKIINYRDD EKSFSRRISH LFFHKENDWG FSNFMAWSEV TDPEKGFIDD DKVTFEVFVQ ADAPHGVAWD SKKHTGYVGL KNQGATCYMN SLLQTLFFTN QLRKAVYMMP TEGDDSSKSV PLALQRVFYE LQHSDKPVGT KKLTKSFGWE TLDSFMQHDV QELCRVLLDN VENKMKGTCV EGTIPKLFRG KMVSYIQCKE VDYRSDRRED YYDIQLSIKG KKNIFESFVD YVAVEQLDGD NKYDAGEHGL QEAEKGVKFL TLPPVLHLQL MRFMYDPQTD QNIKINDRFE FPEQLPLDEF LQKTDPKDPA NYILHAVLVH SGDNHGGHYV VYLNPKGDGK WCKFDDDVVS RCTKEEAIEH NYGGHDDDLS VRHCTNAYML VYIRESKLSE VLQAVTDHDI PQQLVERLQE EKRIEAQKRK ERQEAHLYMQ VQIVAEDQFC GHQGNDMYDE EKVKYTVFKV LKNSSLAEFV QSLSQTMGFP QDQIRLWPMQ ARSNGTKRPA MLDNEADGNK TMIELSDNEN PWTIFLETVD PELAASGATL PKFDKDHDVM LFLKMYDPKT RSLNYCGHIY TPISCKIRDL LPVMCDRAGF IQDTSLILYE EVKPNLTERI QDYDVSLDKA LDELMDGDII VFQKDDPEND NSELPTAKEY FRDLYHRVDV IFCDKTIPND PGFVVTLSNR MNYFQVAKTV AQRLNTDPML LQFFKSQGYR DGPGNPLRHN YEGTLRDLLQ FFKPRQPKKL YYQQLKMKIT DFENRRSFKC IWLNSQFREE EITLYPDKHG CVRDLLEECK KAVELGEKAS GKLRLLEIVS YKIIGVHQED ELLECLSPAT SRTFRIEEIP LDQVDIDKEN EMLVTVAHFH KEVFGTFGIP FLLRIHQGEH FREVMKRIQS LLDIQEKEFE KFKFAIVMMG RHQYINEDEY EVNLKDFEPQ PGNMSHPRPW LGLDHFNKAP KRSRYTYLEK AIKIHN

+
分子 #14: DNA 153-mer

分子名称: DNA 153-mer / タイプ: dna / ID: 14 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
ATCCTGGAGA AACATGCCCG GGCATGTCCT CAATTGGTCG TAGACAGCTC TAGCACCGCT TAAACGCACG TACGCGCTGT CCCCCGCGTT TTAACCGCCA AGGGGATTAC TCCCTAGTCT CCAGGCACGT GTCAGATATA TACATCCTGT GAT

+
分子 #15: DNA 153-mer

分子名称: DNA 153-mer / タイプ: dna / ID: 15 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
ATCACAGGAT GTATATATCT GACACGTGCC TGGAGACTAG GGAGTAATCC CCTTGGCGGT TAAAACGCGG GGGACAGCGC GTACGTGCGT TTAAGCGGTG CTAGAGCTGT CTACGACCAA TTGAGGACAT GCCCGGGCAT GTTTCTCCAG GAT

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / 式: ZN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18392
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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