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- EMDB-53488: human FAM118B pentameric filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53488
タイトルhuman FAM118B pentameric filament
マップデータsharpened map for pentameric filament of hFAM118B
試料
  • 複合体: homopolymer/filament of human FAM118B
    • タンパク質・ペプチド: Protein FAM118B
キーワードfilament / enzyme / NAD / nucleus / innate immunity / sirtuin / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性Protein FAM118 / SIR2-like domain / Cajal body / identical protein binding / Protein FAM118B
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Baretic D / Missoury S / Patel K / Coste F / Delarue M / Suskiewicz JM / Ahel I
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Filament formation and NAD processing by noncanonical human FAM118 sirtuins.
著者: Domagoj Baretić / Sophia Missoury / Karishma Patel / Maximilien Martinez / Franck Coste / Kang Zhu / Rebecca Smith / Anna Georgina Kopasz / Yang Lu / Nicolas Bigot / Catherine Chapuis / ...著者: Domagoj Baretić / Sophia Missoury / Karishma Patel / Maximilien Martinez / Franck Coste / Kang Zhu / Rebecca Smith / Anna Georgina Kopasz / Yang Lu / Nicolas Bigot / Catherine Chapuis / Romane Riou / Nina Đukić / Stéphane Goffinont / Valentin Pressoir / Sara Patačko / Gyula Timinszky / Marc Delarue / Bertrand Castaing / Dragana Ahel / Andreja Mikoč / Sébastien Huet / Ivan Ahel / Marcin J Suskiewicz /
要旨: Sirtuins are an ancient family of enzymes with diverse nicotinamide adenine dinucleotide (NAD)-dependent activities. Here we identify family with sequence similarity 118 member B (FAM118B) and ...Sirtuins are an ancient family of enzymes with diverse nicotinamide adenine dinucleotide (NAD)-dependent activities. Here we identify family with sequence similarity 118 member B (FAM118B) and FAM118A-two understudied vertebrate proteins-as vertebrate-specific sirtuins with similarities to bacterial antiphage sirtuins. We show that human FAM118B forms head-to-tail filaments both in vitro and in living human cells, a feature that appears to be conserved in both FAM118B and its paralog FAM118A across vertebrates. While human FAM118B and FAM118A have individually very weak NAD-processing activity in vitro, their interaction leads to markedly increased activity, suggesting a tightly regulated system. The overexpression of wild-type human FAM118B and FAM118A leads to strongly decreased NAD levels in human cells, an effect that is abolished in catalytically dead or filament-deficient mutants. Our study highlights filament formation and NAD processing as conserved mechanisms among immunity-associated sirtuins across evolution.
履歴
登録2025年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53488.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map for pentameric filament of hFAM118B
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 600 pix.
= 498. Å		0.83 Å/pix.
x 600 pix.
= 498. Å		0.83 Å/pix.
x 600 pix.
= 498. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.25704774 - 0.5850272
平均 (標準偏差)-0.000020534328 (±0.006967291)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 498.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53488_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map for pentameric filament of hFAM118B

ファイルemd_53488_additional_1.map
注釈unsharpened map for pentameric filament of hFAM118B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map A for pentameric filament of hFAM118B

ファイルemd_53488_half_map_1.map
注釈half-map_A for pentameric filament of hFAM118B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map B for pentameric filament of hFAM118B

ファイルemd_53488_half_map_2.map
注釈half-map_B for pentameric filament of hFAM118B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : homopolymer/filament of human FAM118B

全体名称: homopolymer/filament of human FAM118B
要素
  • 複合体: homopolymer/filament of human FAM118B
    • タンパク質・ペプチド: Protein FAM118B

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超分子 #1: homopolymer/filament of human FAM118B

超分子名称: homopolymer/filament of human FAM118B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: filament purified from E. coli
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein FAM118B

分子名称: Protein FAM118B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 6xHis-tag with additional residue before and after the tag: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH
コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.724402 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASTGSQASD IDEIFGFFND GEPPTKKPRK LLPSLKTKKP RELVLVIGTG ISAAVAPQVP ALKSWKGLI QALLDAAIDF DLLEDEESKK FQKCLHEDKN LVHVAHDLIQ KLSPRTSNVR STFFKDCLYE VFDDLESKME D SGKQLLQS ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASTGSQASD IDEIFGFFND GEPPTKKPRK LLPSLKTKKP RELVLVIGTG ISAAVAPQVP ALKSWKGLI QALLDAAIDF DLLEDEESKK FQKCLHEDKN LVHVAHDLIQ KLSPRTSNVR STFFKDCLYE VFDDLESKME D SGKQLLQS VLHLMENGAL VLTTNFDNLL ELYAADQGKQ LESLDLTDEK KVLEWAQEKR KLSVLHIHGV YTNPSGIVLH PA GYQNVLR NTEVMREIQK LYENKSFLFL GCGWTVDDTT FQALFLEAVK HKSDLEHFML VRRGDVDEFK KLRENMLDKG IKV ISYGDD YADLPEYFKR LTCEISTRGT SAGMVREGQL NGSSAAHSEI RGCST

UniProtKB: Protein FAM118B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)piperazine-1-ethane-sulfonic acid
150.0 mMNaClsodim chloride
0.5 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
12.5 mMTRISTris(hydroxymethyl)aminomethane

詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP and 12.5 m Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, the sample was originally in the Hepes buffer and prior to vitrification it was diluted in the ...詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP and 12.5 m Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, the sample was originally in the Hepes buffer and prior to vitrification it was diluted in the Tris buffer in 1:3 volume ratio, respectively to a final concentration of protein at 0.1 mg/mL (3.5 uM)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: A 3.5 uL of sample was applied to the holey carbon side of the grid. Without an additional incubation time, the grid was back blotted once for 1.5 s and plunge frozen in liquid ethane..
詳細the sample was purified in the form of filaments of various sizes ranging from about 3 to 10 units

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細: Gatan K3 direct electron detector with energy filter was used
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11630 / 平均電子線量: 43.7 e/Å2 / 詳細: Grid ID 6-1-db251124
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1958302
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
ソフトウェア - 詳細: patch motion correction default settings
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: alphafold3 predicted filament of human FAM118B
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 111156
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 104000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
詳細: The fifth class (22% or 104000 particles) was discarded as junk particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

y3f1


Chain - Residue range: 28-326 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Molecular dynamics flexible fitting was used in ISOLDE/Chimerax
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9r0s:
human FAM118B pentameric filament

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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