EMDB-53460: In situ cryo-EM structure of HIV-1 VLP hexamer after the nuclear ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-53460

タイトル

In situ cryo-EM structure of HIV-1 VLP hexamer after the nuclear import

マップデータ

試料

細胞: Permeabilised CEM cell incubated with purified HIV-1 VLP cores

キーワード

Complex / VIRAL PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å

データ登録者

Hou Z / Chen L / Zhang PJ

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct visualisation of HIV-1 nuclear import
著者: Hou Z / Fronik S / Shen Y / Chen L / Thompson C / Neumann S / Zhang PJ

履歴

登録	2025年4月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年5月7日	-
マップ公開	2025年5月7日	-
更新	2025年5月7日	-
現状	2025年5月7日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_53460.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_53460.map.gz	346.6 KB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-53460-v30.xml emd-53460.xml	14.6 KB 14.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_53460_fsc.xml	37.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_53460.png	97.3 KB
Filedesc metadata	emd-53460.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_53460_half_map_1.map.gz emd_53460_half_map_2.map.gz	3.1 MB 3.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-53460 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-53460	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_53460_validation.pdf.gz	702.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_53460_full_validation.pdf.gz	701.6 KB	表示
XML形式データ	emd_53460_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_53460_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-53460 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-53460	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53458C 53459C 54199C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_53460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	3.8 Å/pix. x 96 pix. = 364.8 Å	3.8 Å/pix. x 96 pix. = 364.8 Å	3.8 Å/pix. x 96 pix. = 364.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 3.8 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 2.04
最小 - 最大	-2.8956196 - 9.505108999999999
平均 (標準偏差)	0.09584805 (±0.63133734)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_53460_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_53460_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Permeabilised CEM cell incubated with purified HIV-1 VLP cores

全体	名称: Permeabilised CEM cell incubated with purified HIV-1 VLP cores
要素	細胞: Permeabilised CEM cell incubated with purified HIV-1 VLP cores

-
超分子 #1: Permeabilised CEM cell incubated with purified HIV-1 VLP cores

超分子	名称: Permeabilised CEM cell incubated with purified HIV-1 VLP cores タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
温度	最低: 77.0 K
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 2.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 64000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終再構成	使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C₆ (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 1.6.2) / 使用したサブトモグラム数: 1106
抽出	トモグラム数: 11 / 使用した粒子像数: 5500
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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