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万見
- EMDB-53422: Structure of the human RalGAP2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53422
タイトルStructure of the human RalGAP2 complex
マップデータComposite cryo EM map of the human RalGAP2 complex
試料
  • 複合体: Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers
    • 複合体: RalGAP subunit alpha2
      • タンパク質・ペプチド: Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2
    • 複合体: RalGAP subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Ral GTPase-activating protein subunit beta
キーワードComplex / GTPase activating protein / RAL / Asn thumb GAP / RalGAP / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Ral protein signal transduction / regulation of exocyst localization / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / GTPase activator activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of protein localization / protein heterodimerization activity / extracellular space / nucleus ...Ral protein signal transduction / regulation of exocyst localization / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / GTPase activator activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of protein localization / protein heterodimerization activity / extracellular space / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ral GTPase-activating protein subunit beta / Ral GTPase-activating protein subunit alpha/beta, N-terminal domain / RALGAPB N-terminal domain / Tuberin/Ral GTPase-activating protein subunit alpha / Rap/Ran-GAP domain / Rap/Ran-GAP superfamily / Rap/ran-GAP / Rap GTPase activating proteins domain profile. / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2 / Ral GTPase-activating protein subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Rasche R / Klink BU / Gatsogiannis C / Kuemmel D
資金援助 ドイツ, 6件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)KU2531/2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)KU2531/6 ドイツ
German Research Foundation (DFG)496113311 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC 1348 A15 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1430 A04 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 211/667-1 ドイツ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: The GTPase κB-Ras is an essential subunit of the RalGAP tumor suppressor complex.
著者: René Rasche / Lisa Helene Apken / Sonja Titze / Esther Michalke / Rohit Kumar Singh / Andrea Oeckinghaus / Daniel Kümmel /
要旨: κB-Ras1 and κB-Ras2 are small GTPases with non-canonical features that act as tumor suppressors downstream of Ras. Via interaction with the RalGAP (GTPase activating protein) complex, they limit ...κB-Ras1 and κB-Ras2 are small GTPases with non-canonical features that act as tumor suppressors downstream of Ras. Via interaction with the RalGAP (GTPase activating protein) complex, they limit activity of Ral GTPases and restrict anchorage-independent proliferation. We here present the crystal structure of κB-Ras1 in complex with the N-terminal domain of RGα2. The structure suggests a mechanism of intrinsic GTP hydrolysis of κB-Ras1 that relies on a scaffolding function of the GTPase rather than on catalytic residues, which we confirm by mutational analysis. The interaction with RGα2 is nucleotide-independent and does not involve κB-Ras1 switch regions, which establishes κB-Ras proteins as a constitutive third subunit of RalGAP complexes. Functional studies demonstrate that κB-Ras proteins are not required for RalGAP catalytic activity in vitro, but for functionality in vivo. We propose that κB-Ras may thus act as regulator of RalGAP localization and thereby control the Ras/Ral signaling pathway.
履歴
登録2025年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53422.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite cryo EM map of the human RalGAP2 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.16 Å/pix.
x 360 pix.
= 417.6 Å		1.16 Å/pix.
x 360 pix.
= 417.6 Å		1.16 Å/pix.
x 360 pix.
= 417.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9.130000000000001
最小 - 最大-27.712185000000002 - 56.165095999999998
平均 (標準偏差)0.0019600154 (±1.0653441)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 417.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers

全体名称: Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers
要素
  • 複合体: Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers
    • 複合体: RalGAP subunit alpha2
      • タンパク質・ペプチド: Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2
    • 複合体: RalGAP subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Ral GTPase-activating protein subunit beta

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超分子 #1: Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers

超分子名称: Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimers / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Co-expression of RalGAP subunit alpha2 and beta
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 170 KDa

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超分子 #2: RalGAP subunit alpha2

超分子名称: RalGAP subunit alpha2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: RalGAP subunit beta

超分子名称: RalGAP subunit beta / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2

分子名称: Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: N-terminal 3xFLAG tag MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKLAAA / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 214.046469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLAAAFSR RSHGDVKKST QKVLDPKKDV LTRLKHLRAL LDNVDANDLK QFFETNYSQI YFIFYENFI ALENSLKLKG NNKSQREELD SILFLFEKIL QFLPERIFFR WHYQSIGSTL KKLLHTGNSI KIRCEGIRLF L LWLQALQT ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLAAAFSR RSHGDVKKST QKVLDPKKDV LTRLKHLRAL LDNVDANDLK QFFETNYSQI YFIFYENFI ALENSLKLKG NNKSQREELD SILFLFEKIL QFLPERIFFR WHYQSIGSTL KKLLHTGNSI KIRCEGIRLF L LWLQALQT NCAEEQVLIF ACLVPGFPAV MSSRGPCTLE TLINPSPSVA DVKIYPEEIT PLLPAISGEK IAEDQTCFFL QI LLKYMVI QAASLEWKNK ENQDTGFKFL FTLFRKYYLP HLFPSFTKLT NIYKPVLDIP HLRPKPVYIT TTRDNENIYS TKI PYMAAR VVFIKWIVTF FLEKKYLTAT QNTKNGVDVL PKIIQTVGGG AVQERAPELD GGGPTEQDKS HSNSSTLSDR RLSN SSLCS IEEEHRMVYE MVQRILLSTR GYVNFVNEVF HQAFLLPSCE IAVTRKVVQV YRKWILQDKP VFMEEPDRKD VAQED AEKL GFSETDSKEA SSESSGHKRS SSWGRTYSFT SAMSRGCVTE EENTNVKAGV QALLQVFLTN SANIFLLEPC AEVPVL LKE QVDACKAVLI IFRRMIMELT MNKKTWEQML QILLRITEAV MQKPKDKQIK DLFAQSLAGL LFRTLMVAWI RANLCVY IS RELWDDFLGV LSSLTEWEEL INEWANIMDS LTAVLARTVY GVEMTNLPLD KLSEQKEKKQ RGKGCVLDPQ KGTTVGRS F SLSWRSHPDV TEPMRFRSAT TSGAPGVEKA RNIVRQKATE VEECQQSENA PAAGSGHLTV GQQQQVLRSS STSDIPEPL CSDSSQGQKA ENTQNSSSSE PQPIQENKGH VKREHEGITI LVRRSSSPAE LDLKDDLQQT QGKCRERQKS ESTNSDTTLG CTNEAELSM GPWQTCEEDP ELNTPTDVVA DADARHWLQL SPTDASNLTD SSECLTDDCS IIAGGSLTGW HPDSAAVLWR R VLGILGDV NNIQSPKIHA RVFCYLYELW YKLAKIRDNL AISLDNQSSP SPPVLIPPLR MFASWLFKAA TLPNEYKEGK LQ AYRLICA MMTRRQDVLP NSDFLVHFYL VMHLGLTSED QDILNTIIRH CPPRFFSLGF PGFSMLVGDF ITAAARVLST DIL TAPRSE AVTVLGSLVC FPNTYQEIPL LQSVPEVNEA ITGTEDVKHY LINILLKNAT EEPNEYARCI AVCSLGVWIC EELA QCTSH PQVKEAINVI GVTLKFPNKI VAQVACDVLQ LLVSYWEKLQ MFETSLPRKM AEILVATVAF LLPSAEYSSV ETDKK FIVS LLLCLLDWCM ALPVSVLLHP VSTAVLEEQH SARAPLLDYI YRVLHCCVCG SSTYTQQSHY ILTLADLSST DYDPFL PLA NVKSSEPVQY HSSAELGNLL TVEEEKKRRS LELIPLTARM VMAHLVNHLG HYPLSGGPAI LHSLVSENHD NAHVEGS EL SFEVFRSPNL QLFVFNDSTL ISYLQTPTEG PVGGSPVGSL SDVRVIVRDI SGKYSWDGKV LYGPLEGCLA PNGRNPSF L ISSWHRDTFG PQKDSSQVEE GDDVLDKLLE NIGHTSPECL LPSQLNLNEP SLTPCGMNYD QEKEIIEVIL RQNAQEDEY IQSHNFDSAM KVTSQGQPSP VEPRGPFYFC RLLLDDLGMN SWDRRKNFHL LKKNSKLLRE LKNLDSRQCR ETHKIAVFYI AEGQEDKCS ILSNERGSQA YEDFVAGLGW EVDLSTHCGF MGGLQRNGST GQTAPYYATS TVEVIFHVST RMPSDSDDSL T KKLRHLGN DEVHIVWSEH SRDYRRGIIP TAFGDVSIII YPMKNHMFFI AITKKPEVPF FGPLFDGAIV SGKLLPSLVC AT CINASRA VKCLIPLYQS FYEERALYLE AIIQNHREVM TFEDFAAQVF SPSPSYSLSG TD

UniProtKB: Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2

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分子 #2: Ral GTPase-activating protein subunit beta

分子名称: Ral GTPase-activating protein subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: N-terminal 3xHA tag MYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAGS
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 170.796406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYPYDVPDYA GSYPYDVPDY AGSYPYDVPD YAGSMYSEWR SLHLVIQNDQ GHTSVLHSYP ESVGREVANA VVRPLGQVLG TPSVAGSEN LLKTDKEVKW TMEVICYGLT LPLDGETVKY CVDVYTDWIM ALVLPKDSIP LPVIKEPNQY VQTILKHLQN L FVPRQEQG ...文字列:
MYPYDVPDYA GSYPYDVPDY AGSYPYDVPD YAGSMYSEWR SLHLVIQNDQ GHTSVLHSYP ESVGREVANA VVRPLGQVLG TPSVAGSEN LLKTDKEVKW TMEVICYGLT LPLDGETVKY CVDVYTDWIM ALVLPKDSIP LPVIKEPNQY VQTILKHLQN L FVPRQEQG SSQIRLCLQV LRAIQKLARE SSLMARETWE VLLLFLLQIN DILLAPPTVQ GGIAENLAEK LIGVLFEVWL LA CTRCFPT PPYWKTAKEM VANWRHHPAV VEQWSKVICA LTSRLLRFTY GPSFPAFKVP DEDASLIPPE MDNECVAQTW FRF LHMLSN PVDLSNPAII SSTPKFQEQF LNVSGMPQEL NQYPCLKHLP QIFFRAMRGI SCLVDAFLGI SRPRSDSAPP TPVN RLSMP QSAAVSTTPP HNRRHRAVTV NKATMKTSTV STAHASKVQH QTSSTSPLSS PNQTSSEPRP LPAPRRPKVN SILNL FGSW LFDAAFVHCK LHNGINRDSS MTAITTQASM EFRRKGSQMS TDTMVSNPMF DASEFPDNYE AGRAEACGTL CRIFCS KKT GEEILPAYLS RFYMLLIQGL QINDYVCHPV LASVILNSPP LFCCDLKGID VVVPYFISAL ETILPDRELS KFKSYVN PT ELRRSSINIL LSLLPLPHHF GTVKSEVVLE GKFSNDDSSS YDKPITFLSL KLRLVNILIG ALQTETDPNN TQMILGAM L NIVQDSALLE AIGCQMEMGG GENNLKSHSR TNSGISSASG GSTEPTTPDS ERPAQALLRD YALNTDSAAG LLIRSIHLV TQRLNSQWRQ DMSISLAALE LLSGLAKVKV MVDSGDRKRA ISSVCTYIVY QCSRPAPLHS RDLHSMIVAA FQCLCVWLTE HPDMLDEKD CLKEVLEIVE LGISGSKSKN NEQEVKYKGD KEPNPASMRV KDAAEATLTC IMQLLGAFPS PSGPASPCSL V NETTLIKY SRLPTINKHS FRYFVLDNSV ILAMLEQPLG NEQNDFFPSV TVLVRGMSGR LAWAQQLCLL PRGAKANQKL FV PEPRPVP KNDVGFKYSV KHRPFPEEVD KIPFVKADLS IPDLHEIVTE ELEERHEKLR SGMAQQIAYE IHLEQQSEEE LQK RSFPDP VTDCKPPPPA QEFQTARLFL SHFGFLSLEA LKEPANSRLP PHLIALDSTI PGFFDDIGYL DLLPCRPFDT VFIF YMKPG QKTNQEILKN VESSRTVQPH FLEFLLSLGW SVDVGRHPGW TGHVSTSWSI NCCDDGEGSQ QEVISSEDIG ASIFN GQKK VLYYADALTE IAFVVPSPVE SLTDSLESNI SDQDSDSNMD LMPGILKQPS LTLELFPNHT DNLNSSQRLS PSSRMR KLP QGRPVPPLGP ETRVSVVWVE RYDDIENFPL SELMTEISTG VETTANSSTS LRSTTLEKEV PVIFIHPLNT GLFRIKI QG ATGKFNMVIP LVDGMIVSRR ALGFLVRQTV INICRRKRLE SDSYSPPHVR RKQKITDIVN KYRNKQLEPE FYTSLFQE V GLKNCSS

UniProtKB: Ral GTPase-activating protein subunit beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mmol/lC8H18N2O4SHEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
150.0 mmol/lNaClsodium chloride
2.0 mmol/lMgCl2magnesium chloride
1.0 mmol/lC9H15O6PTCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine)
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: double blotting.
詳細Co-expression of RalGAP alpha2 and beta Monodisperse sample from size exclusion chromatography

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 64606 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Images were collected in EER mode with 793-819 fractions were generated for motion correction. Micrographs were collected at 0, 10 and 30 degree tilt, in 5 subsets of data.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 215000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5519589
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: A model of the RGalpha2/RGbeta complex was calculated using AlphaFold2
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 420975
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 221930 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細A model of the RGalpha2/RGbeta complex was calculated using AlphaFold2 running on a local high performance computing cluster (PALMA II), docked into map from 3D reconstruction with ChimeraX and energy optimized with ISOLDE. In an iterative process, the model was optimized using real space refinement in Phenix Refine against the full density map, and manual model building with Coot using the full density map as well as the resampled multi body refinement maps.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 129.72 / 当てはまり具合の基準: cross correlation
得られたモデル

PDB-9qwp:
Structure of the human RalGAP2 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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