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- EMDB-53384: Cryo-EM structure of the human NHA2-Fab complex bound to phloretin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53384
タイトルCryo-EM structure of the human NHA2-Fab complex bound to phloretin
マップデータNHA2_phloretin_J103
試料
  • 複合体: phloretin-bound complex of human NHA2 with Fab
    • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/hydrogen exchanger 9B2
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: 3-(4-HYDROXYPHENYL)-1-(2,4,6-TRIHYDROXYPHENYL)PROPAN-1-ONE
キーワードNa+/H+ exchanger / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sperm principal piece / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / flagellated sperm motility / clathrin-dependent endocytosis / inorganic cation transmembrane transport ...lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sperm principal piece / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / flagellated sperm motility / clathrin-dependent endocytosis / inorganic cation transmembrane transport / sodium ion transport / mitochondrial membrane / recycling endosome / Stimuli-sensing channels / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / basolateral plasma membrane / mitochondrial inner membrane / apical plasma membrane / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/hydrogen exchanger 9B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jung S / Drew D
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)820187European Union
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: Structure and Inhibition of the Human Na/H Exchanger SLC9B2.
著者: Sukkyeong Jung / Surabhi Kokane / Hang Li / So Iwata / Norimichi Nomura / David Drew /
要旨: The sodium/proton exchanger NHA2, also known as SLC9B2, is important for insulin secretion, renal blood pressure regulation, and electrolyte retention. Recent structures of bison NHA2 has revealed ...The sodium/proton exchanger NHA2, also known as SLC9B2, is important for insulin secretion, renal blood pressure regulation, and electrolyte retention. Recent structures of bison NHA2 has revealed its unique 14-transmembrane helix architecture, which is different from SLC9A/NHE members made up from 13-TM helices. Sodium/proton exchangers are functional homodimers, and the additional N-terminal helix in NHA2 was found to alter homodimer assembly. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of apo human NHA2 in complex with a Fab fragment and also with the inhibitor phloretin bound at 2.8 and 2.9 Å resolution, respectively. We show how phosphatidic acid (PA) lipids bind to the homodimer interface of NHA2 on the extracellular side, which we propose has a regulatory role linked to cell volume regulation. The ion binding site of human NHA2 has a salt bridge interaction between the ion binding aspartate D278 and R432, an interaction previously broken in the bison NHA2 structure, and these differences suggest a possible ion coupling mechanism. Lastly, the human NHA2 structure in complex with phloretin offers a template for structure-guided drug design, potentially leading to the development of more selective and potent NHA2 inhibitors.
履歴
登録2025年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53384.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53384.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NHA2_phloretin_J103
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 260. Å		0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 260. Å		0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 260. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.027
最小 - 最大-0.04278281 - 0.09492611
平均 (標準偏差)0.0002117367 (±0.0032334134)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 260.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A NHA2 phloretin J103

ファイルemd_53384_half_map_1.map
注釈half_map_A_NHA2_phloretin_J103
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B NHA2 phloretin J103

ファイルemd_53384_half_map_2.map
注釈half_map_B_NHA2_phloretin_J103
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : phloretin-bound complex of human NHA2 with Fab

全体名称: phloretin-bound complex of human NHA2 with Fab
要素
  • 複合体: phloretin-bound complex of human NHA2 with Fab
    • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/hydrogen exchanger 9B2
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: 3-(4-HYDROXYPHENYL)-1-(2,4,6-TRIHYDROXYPHENYL)PROPAN-1-ONE

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超分子 #1: phloretin-bound complex of human NHA2 with Fab

超分子名称: phloretin-bound complex of human NHA2 with Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.715109 KDa
配列文字列: DIVMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIS NYLNWFQQKP DGTVKLLICY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQ QDSKHPWTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIVMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIS NYLNWFQQKP DGTVKLLICY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQ QDSKHPWTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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分子 #2: Fab heavy chain

分子名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.757529 KDa
配列文字列: EVQLQESGPE LVKPGASVKM SCKASGYTFT NYFIHWVKQK PGQGLEWIGY INPYNDITKF NEKFKGKATL TSDKSSRTAY MELSSLTSE DSAVYYCARC DGYYRYYAMD YWGQGTSVTV SSAKTTAPSV YPLAPVCGDT SGSSVTLGCL VKGYFPEPVT L TWNSGSLS ...文字列:
EVQLQESGPE LVKPGASVKM SCKASGYTFT NYFIHWVKQK PGQGLEWIGY INPYNDITKF NEKFKGKATL TSDKSSRTAY MELSSLTSE DSAVYYCARC DGYYRYYAMD YWGQGTSVTV SSAKTTAPSV YPLAPVCGDT SGSSVTLGCL VKGYFPEPVT L TWNSGSLS SGVHTFPAVL QSDLYTLSSS VTVTSSTWPS QSITCNVAHP ASSTKVDKKI EPRGPTIKPC PPCKCPAPNL LG GPSVFIF PPKIKDVLM

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分子 #3: Sodium/hydrogen exchanger 9B2

分子名称: Sodium/hydrogen exchanger 9B2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.611672 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGDEDKRITY EDSEPSTGMN YTPSMHQEAQ EETVMKLKGI DANEPTEGSI LLKSSEKKLQ ETPTEANHVQ RLRQMLACPP HGLLDRVIT NVTIIVLLWA VVWSITGSEC LPGGNLFGII ILFYCAIIGG KLLGLIKLPT LPPLPSLLGM LLAGFLIRNI P VINDNVQI ...文字列:
MGDEDKRITY EDSEPSTGMN YTPSMHQEAQ EETVMKLKGI DANEPTEGSI LLKSSEKKLQ ETPTEANHVQ RLRQMLACPP HGLLDRVIT NVTIIVLLWA VVWSITGSEC LPGGNLFGII ILFYCAIIGG KLLGLIKLPT LPPLPSLLGM LLAGFLIRNI P VINDNVQI KHKWSSSLRS IALSIILVRA GLGLDSKALK KLKGVCVRLS MGPCIVEACT SALLAHYLLG LPWQWGFILG FV LGAVSPA VVVPSMLLLQ GGGYGVEKGV PTLLMAAGSF DDILAITGFN TCLGIAFSTG STVFNVLRGV LEVVIGVATG SVL GFFIQY FPSRDQDKLV CKRTFLVLGL SVLAVFSSVH FGFPGSGGLC TLVMAFLAGM GWTSEKAEVE KIIAVAWDIF QPLL FGLIG AEVSIASLRP ETVGLCVATV GIAVLIRILT TFLMVCFAGF NLKEKIFISF AWLPKATVQA AIGSVALDTA RSHGE KQLE DYGMDVLTVA FLSILITAPI GSLLIGLLGP RLLQKVEHQN KDEEVQGETS VQV

UniProtKB: Sodium/hydrogen exchanger 9B2

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分子 #4: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE

分子名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: LPP
分子量理論値: 648.891 Da
Chemical component information

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

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分子 #5: 3-(4-HYDROXYPHENYL)-1-(2,4,6-TRIHYDROXYPHENYL)PROPAN-1-ONE

分子名称: 3-(4-HYDROXYPHENYL)-1-(2,4,6-TRIHYDROXYPHENYL)PROPAN-1-ONE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: G50
分子量理論値: 274.269 Da
Chemical component information

ChemComp-G50:
3-(4-HYDROXYPHENYL)-1-(2,4,6-TRIHYDROXYPHENYL)PROPAN-1-ONE / フロレチン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 65.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 251355
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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