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- EMDB-53349: Apo form of the L protein from Rift Valley Fever Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53349
タイトルApo form of the L protein from Rift Valley Fever Virus
マップデータ
試料
  • 複合体: Rift Valley Fever Virus L-protein (LPapo)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
キーワードRift Valley Fever Virus / RNA dependent RNA polymerase / L-protein / Replication / Transcription / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, phlebovirus / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Rift valley fever virus (STRAIN ZH-548 M12) (リフトバレー熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kral M / Das AR / Kotacka T / Blahosova A / Hodek J / Konvalinka J / Demo G / Kozisek M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Union (EU)LX22NPO5103European Union
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2025
タイトル: Targeting the Rift Valley Fever Virus Polymerase: Resistance Mechanisms and Structural Insights.
著者: Michal Král' / Amiyaranjan Das / Tomáš Kotačka / Anna Blahošová / Veronika Liščáková / Jan Hodek / Jan Konvalinka / Gabriel Demo / Milan Kožíšek /
要旨: Rift Valley fever virus (RVFV) is an arbovirus from the family that can cause severe disease in humans and livestock, with outbreaks resulting in substantial economic losses. Despite the ...Rift Valley fever virus (RVFV) is an arbovirus from the family that can cause severe disease in humans and livestock, with outbreaks resulting in substantial economic losses. Despite the availability of attenuated vaccines for animals, there is no approved preventive or therapeutic agent for human RVFV infections. Moreover, the safety and efficacy of the current veterinary vaccines remain uncertain. The RVFV L protein, a 250 kDa polymerase, plays a key role in viral replication and transcription, containing endonuclease, RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), and cap-binding domains. Structurally conserved across related viruses and functionally analogous to the influenza virus polymerase, the L protein is a compelling antiviral target. In our study, we screened a library of polymerase inhibitors and identified several compounds with inhibitory activity against the RVFV polymerase. We validated their effect using both live virus assays and a minigenome luciferase reporter system. Resistance mutants were generated, and key mutations conferring resistance to the inhibitors were identified and characterized. Some of these key mutations were structurally analyzed via cryo-electron microscopy, using a new structure of the apo form of wild-type RVFV L protein resolved at 3.5 Å. This structure provides critical insights into how the mutations can influence inhibitor binding and RVFV polymerase function. These findings provide insight into how these mutations may confer resistance by affecting inhibitor binding and polymerase activity.
履歴
登録2025年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53349.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53349.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.25125945 - 0.63323224
平均 (標準偏差)0.0022474816 (±0.03075206)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_53349_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_53349_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rift Valley Fever Virus L-protein (LPapo)

全体名称: Rift Valley Fever Virus L-protein (LPapo)
要素
  • 複合体: Rift Valley Fever Virus L-protein (LPapo)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L

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超分子 #1: Rift Valley Fever Virus L-protein (LPapo)

超分子名称: Rift Valley Fever Virus L-protein (LPapo) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rift valley fever virus (STRAIN ZH-548 M12) (リフトバレー熱ウイルス)
分子量理論値: 243 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Rift valley fever virus (STRAIN ZH-548 M12) (リフトバレー熱ウイルス)
株: ZH-548
分子量理論値: 241.322812 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MDSILSKQLV DKTGFVRVPI KHFDCTMLTL ALPTFDVSKM VDRITIDFNL DDIQGASEIG STLLPSMSID VEDMANFVHD FTFGHLADK TDRLLMREFP MMNAGFDHLS PDMIIKTTSG MYNIVEFTTF RGDERGAFQA AMTKLAKYEV PCENRSQGRT V VLYVVSAY ...文字列:
MDSILSKQLV DKTGFVRVPI KHFDCTMLTL ALPTFDVSKM VDRITIDFNL DDIQGASEIG STLLPSMSID VEDMANFVHD FTFGHLADK TDRLLMREFP MMNAGFDHLS PDMIIKTTSG MYNIVEFTTF RGDERGAFQA AMTKLAKYEV PCENRSQGRT V VLYVVSAY RHGVWSNLEL EDSEAEEMVY RYRLALSVMD ELRTLFPELS STDEELGKTE RELLAMVSSI QINWSVTESV FP PFSREMF DRFRSSPPDS EYITRIVSRC LINSQEKLIN SSFFAEGNDK ALRFSKNAEE CSLAVERALN QYRAEDNLRD LND HKSTIQ LPPWLSYHDV DGKDLCPLQG LDVRGDHPMC NLWREVVTSA NLEEIERMHD DAAAELEFAL SGVKDRPDER NRYH RVHLN MGSDDSVYIA ALGVNGKKHK ADTLVQQMRD RSKQPFSPDH DVDHISEFLS ACSSDLWATD EDLYSPLSCD KELRL AAQR IHQPSLSERG FNEIITEHYK FMGSRIGSWC QMVSLIGAEL SASVKQHVKP NYFVIKRLLG SGIFLLIKPT SSKSHI FVS FAIKRSCWAF DLSTSRVFKP YIDAGDLLVT DFVSYKLSKL TNLCKCVSLM ESSFSFWAEA FGIPSWNFVG DLFRSSD SA AMDASYMGKL SLLTLLEDKA ATEELQTIAR YIIMEGFVSP PEIPKPHKMT SKFPKVLRSE LQVYLLNCLC RTIQRIAG E PFILKKKDGS ISWGGMFNPF SGRPLLDMQP LISCCYNGYF KNKEEETEPS SLSGMYKKII ELEHLRPQSD AFLGYKDPE LPRMHEFSVS YLKEACNHAK LVLRSLYGQN FMEQIDNQII RELSGLTLER LATLKATSNF NENWYVYKDV ADKNYTRDKL LVKMSKYAS EGKSLAIQKF EDCMRQIESQ GCMHICLFKK QQHGGLREIY VMGAEERIVQ SVVETIARSI GKFFASDTLC N PPNKVKIP ETHGIRARKQ CKGPVWTCAT SDDARKWNQG HFVTKFALML CEFTSPKWWP LIIRGCSMFT RKRMMMNLNY LK ILDGHRE LDIRDDFVMD LFKAYHGEAE VPWAFKGKTY LETTTGMMQG ILHYTSSLLH TIHQEYIRSL SFKIFNLKVA PEM SKSLVC DMMQGSDDSS MLISFPADDE KVLTRCKVAA AICFRMKKEL GVYLAIYPSE KSTANTDFVM EYNSEFYFHT QHVR PTIRW IAACCSLPEV ETLVARQEEA SNLMTSVTEG GGSFSLAAMI QQAQCTLHYM LMGMGVSELF LEYKKAVLKW NDPGL GFFL LDNPYACGLG GFRFNLFKAI TRTDLQKLYA FFMKKVKGSA ARDWADEDVT IPETCSVSPG GALILSSSLK WGSRKK FQK LRDRLNIPEN WIELINENPE VLYRAPRTGP EILLRIAEKV HSPGVVSSLS SGNAVCKVMA SAVYFLSATI FEDTGRP EF NFLEDSKYSL LQKMAAYSGF HGFNDMEPED ILFLFPNIEE LESLDSIVYN KGEIDIIPRV NIRDATQTRV TIFNEQKT L RTSPEKLVSD KWFGTQKSRI GKTTFLAEWE KLKKIVKWLE DTPEATLAHT PLNNHIQVRN FFARMESKPR TVRITGAPV KKRSGVSKIA MVIRDNFSRM GHLRGVEDLA GFTRSVSAEI LKHFLFCILQ GPYSESYKLQ LIYRVLSSVS NVEIKESDGK TKTNLIGIL QRFLDGDHVV PIIEEMGAGT VGGFIKRQQS KVVQNKVVYY GVGIWRGFMD GYQVHLEIEN DIGQPPRLRN V TTNCQSSP WDLSIPIRQW AEDMGVTNNQ DYSSKSSRGA RYWMHSFRMQ GPSKPFGCPV YIIKGDMSDV IRLRKEEVEM KV RGSTLNL YTKHHSHQDL HILSYTASDN DLSPGIFKSI SDEGVAQALQ LFEREPSNCW VRCESVAPKF ISAILEICEG KRQ IKGINR TRLSEIVRIC SESSLRSKVG SMFSFVANVE EAHDVDYDAL MDLMIEDAKN NAFSHVVDCI ELDVSGPYEM ESFD TSDVN LFGPAHYKDI SSLSMIAHPL MDKFVDYAIS KMGRASVRKV LETGRCSSKD YDLSKVLFRT LQRPEESIRI DDLEL YEET DVADDMLGGS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.48 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMTris-HClTris-hydrochloride
250.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細: the grid was glow discharged for 45 seconds at 40W power and 5W range using a Gatan Solaris II
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9046 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2403715
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 185424
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 74978

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7eei

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9qtb:
Apo form of the L protein from Rift Valley Fever Virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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