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万見
- EMDB-5331: The cryoEM structure of the bacteriophage phiKZ polysheath -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5331
タイトルThe cryoEM structure of the bacteriophage phiKZ polysheath
マップデータThis is a map of the bacteriophage phiKZ polysheath
試料
  • 試料: Bacteriophage phiKZ polysheath
  • タンパク質・ペプチド: bacteriophage phiKZ polysheaths
キーワードhomopolymer of the bacteriophage tail sheath protein
機能・相同性: / Bacteriophage phiKZ, gp29PR / PHIKZ029
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Aksyuk AA / Kurochkina LP / Fokine A / Mesyanzhinov VV / Rossmann MG
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural conservation of the myoviridae phage tail sheath protein fold.
著者: Anastasia A Aksyuk / Lidia P Kurochkina / Andrei Fokine / Farhad Forouhar / Vadim V Mesyanzhinov / Liang Tong / Michael G Rossmann /
要旨: Bacteriophage phiKZ is a giant phage that infects Pseudomonas aeruginosa, a human pathogen. The phiKZ virion consists of a 1450 Å diameter icosahedral head and a 2000 Å-long contractile tail. The ...Bacteriophage phiKZ is a giant phage that infects Pseudomonas aeruginosa, a human pathogen. The phiKZ virion consists of a 1450 Å diameter icosahedral head and a 2000 Å-long contractile tail. The structure of the whole virus was previously reported, showing that its tail organization in the extended state is similar to the well-studied Myovirus bacteriophage T4 tail. The crystal structure of a tail sheath protein fragment of phiKZ was determined to 2.4 Å resolution. Furthermore, crystal structures of two prophage tail sheath proteins were determined to 1.9 and 3.3 Å resolution. Despite low sequence identity between these proteins, all of these structures have a similar fold. The crystal structure of the phiKZ tail sheath protein has been fitted into cryo-electron-microscopy reconstructions of the extended tail sheath and of a polysheath. The structural rearrangement of the phiKZ tail sheath contraction was found to be similar to that of phage T4.
履歴
登録2011年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年8月29日-
マップ公開2011年12月6日-
更新2012年3月19日-
現状2012年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j0i
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j0i
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5331.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of the bacteriophage phiKZ polysheath
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 597.6 Å		2.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 597.6 Å		2.49 Å/pix.
x 240 pix.
= 597.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.6 / ムービー #1: 2.6
最小 - 最大-5.54504299 - 8.81647396
平均 (標準偏差)-0.00043717 (±0.83758986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 597.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.492.492.49
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z597.600597.600597.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-5.5458.816-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage phiKZ polysheath

全体名称: Bacteriophage phiKZ polysheath
要素
  • 試料: Bacteriophage phiKZ polysheath
  • タンパク質・ペプチド: bacteriophage phiKZ polysheaths

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超分子 #1000: Bacteriophage phiKZ polysheath

超分子名称: Bacteriophage phiKZ polysheath / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: bacteriophage phiKZ polysheaths

分子名称: bacteriophage phiKZ polysheaths / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: polysheaths / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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